Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 RPL21P91-201ENST00000429231 479 ntBASIC5.65□□□□□ -1.5
USP4Q13107 GSTM5P1-201ENST00000434751 660 ntBASIC5.65□□□□□ -1.5
USP4Q13107 COX6B1P2-201ENST00000489624 230 ntBASIC5.65□□□□□ -1.5
USP4Q13107 GZMAP1-201ENST00000503054 631 ntBASIC5.65□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AC069360.1-201ENST00000503469 431 ntTSL 2 BASIC5.65□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RNU6-397P-201ENST00000516226 104 ntBASIC5.65□□□□□ -1.5
USP4Q13107 SCARNA16.4-201ENST00000516956 187 ntBASIC5.65□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RPL23AP87-202ENST00000573039 466 ntBASIC5.65□□□□□ -1.5
USP4Q13107 KLHL23-207ENST00000602521 630 ntTSL 3 BASIC5.65□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AC005344.1-201ENST00000613391 459 ntBASIC5.65□□□□□ -1.5
USP4Q13107 MIR6133-201ENST00000617057 108 ntBASIC5.65□□□□□ -1.5
USP4Q13107 SNHG5-214ENST00000623001 598 ntTSL 2 BASIC5.65□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AC026523.2-201ENST00000625039 7739 ntBASIC5.65□□□□□ -1.51
USP4Q13107 ZNF24-202ENST00000399061 6282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.65□□□□□ -1.51
USP4Q13107 ERP27-201ENST00000266397 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.65□□□□□ -1.51
USP4Q13107 TET1-201ENST00000373644 9288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.65□□□□□ -1.51
USP4Q13107 ZBTB44-210ENST00000530205 2179 ntTSL 1 (best) BASIC5.65□□□□□ -1.51
USP4Q13107 RC3H1-202ENST00000367694 3775 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC5.64□□□□□ -1.51
USP4Q13107 STARD9-201ENST00000290607 15567 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.64□□□□□ -1.51
USP4Q13107 SAMMSON-213ENST00000641336 1521 ntBASIC5.64□□□□□ -1.51
USP4Q13107 ZNF81-202ENST00000338637 7859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC5.64□□□□□ -1.51
USP4Q13107 ZNF431-201ENST00000311048 13894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.64□□□□□ -1.51
USP4Q13107 PCDH15-207ENST00000395430 7002 ntTSL 5 BASIC5.64□□□□□ -1.51
USP4Q13107 ZFPM2-203ENST00000517361 3300 ntTSL 2 BASIC5.64□□□□□ -1.51
USP4Q13107 OTUD4-202ENST00000454497 7069 ntTSL 2 BASIC5.64□□□□□ -1.51
USP4Q13107 LMO3-201ENST00000261169 3810 ntTSL 1 (best) BASIC5.64□□□□□ -1.51
USP4Q13107 RNU1-35P-201ENST00000362782 153 ntBASIC5.64□□□□□ -1.51
USP4Q13107 RNU1-106P-201ENST00000384382 164 ntBASIC5.64□□□□□ -1.51
USP4Q13107 SNORA51.11-201ENST00000384442 131 ntBASIC5.64□□□□□ -1.51
USP4Q13107 Y_RNA.562-201ENST00000384695 113 ntBASIC5.64□□□□□ -1.51
USP4Q13107 RNA5SP487-201ENST00000410186 122 ntBASIC5.64□□□□□ -1.51
USP4Q13107 RPS15AP6-201ENST00000420703 385 ntBASIC5.64□□□□□ -1.51
USP4Q13107 TAB3-AS1-201ENST00000428263 245 ntTSL 5 BASIC5.64□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AL590664.1-201ENST00000448065 339 ntBASIC5.64□□□□□ -1.51
USP4Q13107 RPSAP50-201ENST00000481955 852 ntBASIC5.64□□□□□ -1.51
USP4Q13107 RN7SL808P-201ENST00000496066 299 ntBASIC5.64□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AC231760.1-201ENST00000498002 260 ntBASIC5.64□□□□□ -1.51
USP4Q13107 ENSA-211ENST00000503345 793 ntTSL 3 BASIC5.64□□□□□ -1.51
USP4Q13107 ACA59.1-201ENST00000515966 143 ntBASIC5.64□□□□□ -1.51
USP4Q13107 SNORA31.3-201ENST00000516029 96 ntBASIC5.64□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AC127381.1-201ENST00000555979 939 ntBASIC5.64□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AL049839.1-201ENST00000556151 657 ntBASIC5.64□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AC090517.1-201ENST00000569307 266 ntBASIC5.64□□□□□ -1.51
USP4Q13107 MIR4716-201ENST00000579628 84 ntBASIC5.64□□□□□ -1.51
USP4Q13107 MIR4512-201ENST00000583257 77 ntBASIC5.64□□□□□ -1.51
USP4Q13107 ZRANB2-AS2-213ENST00000591654 719 ntTSL 5 BASIC5.64□□□□□ -1.51
USP4Q13107 VN1R91P-201ENST00000594377 169 ntBASIC5.64□□□□□ -1.51
USP4Q13107 SNORD39.4-201ENST00000620099 78 ntBASIC5.64□□□□□ -1.51
USP4Q13107 LINC01002-206ENST00000631772 539 ntTSL 4 BASIC5.64□□□□□ -1.51
USP4Q13107 UBE2W-207ENST00000602593 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.64□□□□□ -1.51
USP4Q13107 MPDZ-212ENST00000538841 3186 ntTSL 2 BASIC5.64□□□□□ -1.51
USP4Q13107 PCGF5-201ENST00000336126 7018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.64□□□□□ -1.51
USP4Q13107 SLFN5-201ENST00000299977 10591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.64□□□□□ -1.51
USP4Q13107 EOGT-210ENST00000615922 1931 ntBASIC5.64□□□□□ -1.51
USP4Q13107 ZNF420-202ENST00000337995 3535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.64□□□□□ -1.51
USP4Q13107 UGT2A1-205ENST00000512704 2519 ntTSL 1 (best) BASIC5.64□□□□□ -1.51
USP4Q13107 MIA3-203ENST00000344922 8142 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC5.64□□□□□ -1.51
USP4Q13107 LINC01197-202ENST00000555332 3568 ntTSL 3 BASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 ATF7IP-214ENST00000540793 4142 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 HMGN5-201ENST00000358130 2126 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 DSPP-202ENST00000399271 4331 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 DIAPH3-208ENST00000498416 2249 ntTSL 1 (best) BASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 PROX1-205ENST00000498508 8498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 ELAVL4-205ENST00000371824 3966 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 RNF213-204ENST00000508628 17730 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AC073136.1-201ENST00000449426 2884 ntBASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 MYO16-201ENST00000251041 3492 ntTSL 5 BASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 ARFGEF2-201ENST00000371917 8852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 ZNF285B-201ENST00000561698 1767 ntBASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 MARCH1-202ENST00000339875 2476 ntTSL 1 (best) BASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 MEG8-223ENST00000638012 3757 ntTSL 5 BASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 LINC02355-201ENST00000503100 2520 ntTSL 1 (best) BASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 RNU6-1155P-201ENST00000363554 107 ntBASIC5.63□□□□□ -1.51
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USP4Q13107 Y_RNA.526-201ENST00000384572 110 ntBASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 MIR578-201ENST00000384828 96 ntBASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 MIR765-201ENST00000390226 114 ntBASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 TRAV24-201ENST00000390453 343 ntAPPRIS P1 BASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 MIR548M-201ENST00000408260 86 ntBASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AC006946.1-201ENST00000429106 328 ntBASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 RPS27AP12-201ENST00000429552 465 ntBASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 LINC02264-201ENST00000442020 576 ntTSL 3 BASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 PRDX3P3-201ENST00000447765 522 ntBASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 RPS3AP46-201ENST00000448352 682 ntBASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 LINC01510-203ENST00000458082 626 ntTSL 3 BASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 BCL2L15-204ENST00000471267 267 ntTSL 1 (best) BASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 RPL7AP6-201ENST00000477943 801 ntBASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 FO393415.2-201ENST00000480085 343 ntBASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 LINC01206-205ENST00000490001 949 ntTSL 5 BASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AC020651.1-201ENST00000490324 360 ntTSL 3 BASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 LINC02508-201ENST00000504165 426 ntTSL 3 BASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 MRPS33P2-201ENST00000507850 322 ntBASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 LINC01337-201ENST00000515871 440 ntTSL 3 BASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 RNU6-570P-201ENST00000517051 105 ntBASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 RNU6-840P-201ENST00000517275 65 ntBASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AC022790.1-201ENST00000522872 204 ntBASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AC008489.1-201ENST00000524271 483 ntBASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 SNHG1-204ENST00000537068 629 ntTSL 5 BASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AL512791.1-201ENST00000555853 300 ntTSL 3 BASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AP005403.1-201ENST00000579720 229 ntBASIC5.63□□□□□ -1.51
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