| RUNX3 | Q13761 | CCDC141-202 | ENST00000409284 | 6960 nt | APPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC | 3.14 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | DSG2-AS1-202 | ENST00000583706 | 2024 nt | TSL 5 BASIC | 3.14 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | TFEC-201 | ENST00000265440 | 6628 nt | TSL 1 (best) BASIC | 3.13 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PIK3C2G-201 | ENST00000266497 | 4764 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 3.13 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | IQCG-205 | ENST00000455191 | 1981 nt | APPRIS P1 TSL 2 BASIC | 3.13 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL391994.1-201 | ENST00000254724 | 282 nt | BASIC | 3.13 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | TSHB-201 | ENST00000256592 | 537 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 3.13 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | OR5J1P-201 | ENST00000313544 | 939 nt | BASIC | 3.13 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.311-201 | ENST00000365068 | 96 nt | BASIC | 3.13 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | C1orf100-202 | ENST00000366537 | 483 nt | TSL 1 (best) BASIC | 3.13 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC110754.1-201 | ENST00000399740 | 601 nt | BASIC | 3.13 | □□□□□ -1.91 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AC073264.1-201 | ENST00000411508 | 416 nt | BASIC | 3.13 | □□□□□ -1.91 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AC013401.1-202 | ENST00000422017 | 626 nt | TSL 2 BASIC | 3.13 | □□□□□ -1.91 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AL139132.1-201 | ENST00000431587 | 344 nt | BASIC | 3.13 | □□□□□ -1.91 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AL353699.1-201 | ENST00000529078 | 365 nt | TSL 3 BASIC | 3.13 | □□□□□ -1.91 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | SLC2A13P1-201 | ENST00000531560 | 322 nt | BASIC | 3.13 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AP003170.4-201 | ENST00000543486 | 586 nt | TSL 3 BASIC | 3.13 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | NDUFV2-AS1-202 | ENST00000583081 | 399 nt | TSL 5 BASIC | 3.13 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC092296.3-201 | ENST00000589968 | 249 nt | TSL 3 BASIC | 3.13 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL109653.1-201 | ENST00000603091 | 248 nt | BASIC | 3.13 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL589740.1-208 | ENST00000606913 | 812 nt | TSL 5 BASIC | 3.13 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC099566.1-205 | ENST00000609411 | 657 nt | TSL 5 BASIC | 3.13 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC078883.4-201 | ENST00000623218 | 367 nt | BASIC | 3.13 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | TET2-204 | ENST00000413648 | 4973 nt | TSL 1 (best) BASIC | 3.13 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | C9orf72-202 | ENST00000379997 | 1873 nt | TSL 2 BASIC | 3.13 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ZNF479-202 | ENST00000331162 | 2072 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 3.13 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | FIGNL1-202 | ENST00000395556 | 3485 nt | APPRIS P1 TSL 2 BASIC | 3.13 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MCF2-210 | ENST00000536274 | 3461 nt | APPRIS ALT2 TSL 2 BASIC | 3.13 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC093010.3-201 | ENST00000570269 | 15214 nt | BASIC | 3.13 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL353746.1-201 | ENST00000566293 | 6881 nt | BASIC | 3.12 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MTND4P34-201 | ENST00000572715 | 1371 nt | BASIC | 3.12 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | C6orf10-202 | ENST00000375015 | 2173 nt | APPRIS ALT2 TSL 5 BASIC | 3.12 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | USP44-208 | ENST00000552440 | 1818 nt | TSL 5 BASIC | 3.12 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ROS1-202 | ENST00000368508 | 7435 nt | APPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC | 3.12 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNRPEP3-201 | ENST00000338402 | 276 nt | BASIC | 3.12 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | DEFB110-201 | ENST00000371148 | 384 nt | APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC | 3.12 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1200P-201 | ENST00000384162 | 107 nt | BASIC | 3.12 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL590084.2-201 | ENST00000401481 | 382 nt | BASIC | 3.12 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL356131.1-201 | ENST00000405826 | 414 nt | BASIC | 3.12 | □□□□□ -1.91 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | YWHAZP7-201 | ENST00000436906 | 631 nt | BASIC | 3.12 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL592182.1-201 | ENST00000440897 | 250 nt | TSL 5 BASIC | 3.12 | □□□□□ -1.91 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | OR4G11P-201 | ENST00000492842 | 939 nt | BASIC | 3.12 | □□□□□ -1.91 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AC025465.2-201 | ENST00000502809 | 608 nt | TSL 2 BASIC | 3.12 | □□□□□ -1.91 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AC084116.3-201 | ENST00000519123 | 429 nt | TSL 3 BASIC | 3.12 | □□□□□ -1.91 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AC090888.1-201 | ENST00000561335 | 1141 nt | BASIC | 3.12 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC007493.1-202 | ENST00000567899 | 517 nt | TSL 2 BASIC | 3.12 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC130371.1-204 | ENST00000576197 | 401 nt | TSL 3 BASIC | 3.12 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AP001180.3-201 | ENST00000582221 | 145 nt | BASIC | 3.12 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR4672-201 | ENST00000583126 | 81 nt | BASIC | 3.12 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL358072.1-201 | ENST00000604156 | 575 nt | BASIC | 3.12 | □□□□□ -1.91 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AL592221.1-201 | ENST00000605266 | 382 nt | BASIC | 3.12 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC019080.3-201 | ENST00000606180 | 444 nt | TSL 5 BASIC | 3.12 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC245297.3-203 | ENST00000612135 | 405 nt | TSL 5 BASIC | 3.12 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SOX2OT_exon1.1-201 | ENST00000614902 | 232 nt | BASIC | 3.12 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC008083.4-201 | ENST00000615076 | 444 nt | BASIC | 3.12 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL607023.1-201 | ENST00000620045 | 248 nt | BASIC | 3.12 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC007671.2-201 | ENST00000637344 | 619 nt | BASIC | 3.12 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | CHD9-213 | ENST00000564845 | 11504 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 3.12 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | FASTKD1-205 | ENST00000453929 | 2791 nt | TSL 2 BASIC | 3.12 | □□□□□ -1.91 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MME-201 | ENST00000360490 | 2360 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 3.12 | □□□□□ -1.91 | | |