Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 AC022445.1-201ENST00000457499 408 ntTSL 3 BASIC6.14□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AL645608.2-201ENST00000458555 471 ntTSL 2 BASIC6.14□□□□□ -1.43
USP4Q13107 RPL21P8-201ENST00000465083 535 ntBASIC6.14□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AC097372.3-201ENST00000503593 522 ntTSL 3 BASIC6.14□□□□□ -1.43
USP4Q13107 TBCAP3-201ENST00000512475 312 ntBASIC6.14□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AC092542.1-201ENST00000513155 355 ntTSL 2 BASIC6.14□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AC011389.1-203ENST00000513790 573 ntTSL 4 BASIC6.14□□□□□ -1.43
USP4Q13107 RNA5SP362-201ENST00000516048 118 ntBASIC6.14□□□□□ -1.43
USP4Q13107 RNU6-1016P-201ENST00000516689 94 ntBASIC6.14□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AC069120.1-201ENST00000521623 379 ntTSL 3 BASIC6.14□□□□□ -1.43
USP4Q13107 LINC02366-202ENST00000541949 696 ntTSL 3 BASIC6.14□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AL049779.2-201ENST00000553847 315 ntBASIC6.14□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AC091078.2-201ENST00000557145 559 ntBASIC6.14□□□□□ -1.43
USP4Q13107 SNORD95-201ENST00000579879 68 ntBASIC6.14□□□□□ -1.43
USP4Q13107 NF1P5-201ENST00000588287 448 ntBASIC6.14□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AL031320.1-201ENST00000604177 357 ntBASIC6.14□□□□□ -1.43
USP4Q13107 LAMTOR5-AS1-217ENST00000608152 407 ntTSL 5 BASIC6.14□□□□□ -1.43
USP4Q13107 uc_338.26-201ENST00000612659 160 ntBASIC6.14□□□□□ -1.43
USP4Q13107 HMGB1P24-202ENST00000615653 685 ntBASIC6.14□□□□□ -1.43
USP4Q13107 ATP5A1P2-202ENST00000616464 443 ntBASIC6.14□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AC018692.1-202ENST00000623559 676 ntTSL 5 BASIC6.14□□□□□ -1.43
USP4Q13107 LINC00506-201ENST00000628435 525 ntTSL 4 BASIC6.14□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AL049767.1-202ENST00000637826 242 ntBASIC6.14□□□□□ -1.43
USP4Q13107 CCPG1-202ENST00000425574 1945 ntTSL 2 BASIC6.14□□□□□ -1.43
USP4Q13107 LARP4-203ENST00000398473 6427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC6.14□□□□□ -1.43
USP4Q13107 STYX-202ENST00000442123 4554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.14□□□□□ -1.43
USP4Q13107 PROS2P-201ENST00000474651 1951 ntBASIC6.14□□□□□ -1.43
USP4Q13107 RYR3-202ENST00000415757 15557 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC6.14□□□□□ -1.43
USP4Q13107 ADAM24P-201ENST00000398655 2101 ntBASIC6.14□□□□□ -1.43
USP4Q13107 MRC1-201ENST00000569591 5198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.14□□□□□ -1.43
USP4Q13107 HHLA2-209ENST00000489514 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC6.14□□□□□ -1.43
USP4Q13107 PARP4P2-201ENST00000446672 3326 ntBASIC6.14□□□□□ -1.43
USP4Q13107 MMRN1-202ENST00000394980 5217 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC6.13□□□□□ -1.43
USP4Q13107 TOR1AIP2-206ENST00000609928 4364 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC6.13□□□□□ -1.43
USP4Q13107 PARP8-212ENST00000505697 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.13□□□□□ -1.43
USP4Q13107 ZNF268-205ENST00000536435 13475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.13□□□□□ -1.43
USP4Q13107 PCGF5-204ENST00000543648 7144 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC6.13□□□□□ -1.43
USP4Q13107 MTTP-203ENST00000457717 4092 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC6.13□□□□□ -1.43
USP4Q13107 C1orf141-203ENST00000371007 2153 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC6.13□□□□□ -1.43
USP4Q13107 RNF6-202ENST00000381570 3398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.13□□□□□ -1.43
USP4Q13107 GABRA1-215ENST00000636573 2262 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC6.13□□□□□ -1.43
USP4Q13107 LRRC77P-206ENST00000481578 2350 ntTSL 1 (best) BASIC6.13□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AC019197.1-201ENST00000638199 3611 ntTSL 5 BASIC6.13□□□□□ -1.43
USP4Q13107 SNORD3E-201ENST00000362899 217 ntBASIC6.13□□□□□ -1.43
USP4Q13107 RNU6-960P-201ENST00000364056 120 ntBASIC6.13□□□□□ -1.43
USP4Q13107 RNU6-1078P-201ENST00000364522 103 ntBASIC6.13□□□□□ -1.43
USP4Q13107 RNA5-8SP5-201ENST00000365304 152 ntBASIC6.13□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AC099677.3-201ENST00000427081 395 ntBASIC6.13□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AL591212.2-201ENST00000433923 257 ntBASIC6.13□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AL121974.1-201ENST00000437859 377 ntTSL 3 BASIC6.13□□□□□ -1.43
USP4Q13107 RPS15AP27-201ENST00000449183 343 ntBASIC6.13□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AL161630.1-201ENST00000450938 1299 ntTSL 1 (best) BASIC6.13□□□□□ -1.43
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USP4Q13107 FTH1P24-201ENST00000503502 462 ntBASIC6.13□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AC110794.1-201ENST00000505816 425 ntBASIC6.13□□□□□ -1.43
USP4Q13107 LINC02469-201ENST00000506460 741 ntTSL 3 BASIC6.13□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AC091976.1-202ENST00000509211 630 ntTSL 3 BASIC6.13□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AC108078.2-201ENST00000510750 236 ntBASIC6.13□□□□□ -1.43
USP4Q13107 LINC02283-201ENST00000511634 474 ntTSL 3 BASIC6.13□□□□□ -1.43
USP4Q13107 GAPDHP62-201ENST00000515313 990 ntBASIC6.13□□□□□ -1.43
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USP4Q13107 AC074052.2-201ENST00000562516 214 ntTSL 3 BASIC6.13□□□□□ -1.43
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USP4Q13107 ATP1B3P1-201ENST00000605365 821 ntBASIC6.13□□□□□ -1.43
USP4Q13107 PRR13P7-201ENST00000605538 430 ntBASIC6.13□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AC022467.1-201ENST00000614738 749 ntBASIC6.13□□□□□ -1.43
USP4Q13107 MIR6864-201ENST00000617935 70 ntBASIC6.13□□□□□ -1.43
USP4Q13107 WISP3-211ENST00000639360 1026 ntTSL 5 BASIC6.13□□□□□ -1.43
USP4Q13107 SLC30A7-203ENST00000370112 7898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.13□□□□□ -1.43
USP4Q13107 RFC3-202ENST00000434425 1461 ntTSL 5 BASIC6.13□□□□□ -1.43
USP4Q13107 STAU2-225ENST00000523558 1603 ntTSL 2 BASIC6.13□□□□□ -1.43
USP4Q13107 EDA2R-204ENST00000451436 3464 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC6.13□□□□□ -1.43
USP4Q13107 ROR1-204ENST00000545203 5362 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC6.13□□□□□ -1.43
USP4Q13107 CCDC82-202ENST00000423339 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC6.13□□□□□ -1.43
USP4Q13107 ZNF33CP-201ENST00000432492 2030 ntBASIC6.13□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AP4S1-212ENST00000622409 4113 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC6.13□□□□□ -1.43
USP4Q13107 BBIP1-207ENST00000448814 2119 ntTSL 1 (best) BASIC6.13□□□□□ -1.43
USP4Q13107 ISPD-AS1-202ENST00000438573 2252 ntTSL 1 (best) BASIC6.13□□□□□ -1.43
USP4Q13107 TMOD2-201ENST00000249700 9191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.12□□□□□ -1.43
USP4Q13107 KIAA1328-201ENST00000280020 4853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.12□□□□□ -1.43
USP4Q13107 OR6C4-202ENST00000641569 5141 ntAPPRIS P1 BASIC6.12□□□□□ -1.43
USP4Q13107 FBXO9-201ENST00000244426 4559 ntTSL 1 (best) BASIC6.12□□□□□ -1.43
USP4Q13107 FASTKD3-201ENST00000264669 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC6.12□□□□□ -1.43
USP4Q13107 RNU6-379P-201ENST00000363813 104 ntBASIC6.12□□□□□ -1.43
USP4Q13107 MIR143-201ENST00000385300 106 ntBASIC6.12□□□□□ -1.43
USP4Q13107 KLHL28-202ENST00000396128 6545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.12□□□□□ -1.43
USP4Q13107 SNORA11B-201ENST00000408175 129 ntBASIC6.12□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AL354868.1-201ENST00000417077 482 ntBASIC6.12□□□□□ -1.43
USP4Q13107 RPS4XP5-201ENST00000419038 768 ntBASIC6.12□□□□□ -1.43
USP4Q13107 DPH3P2-201ENST00000422618 250 ntBASIC6.12□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AL157834.1-201ENST00000422744 420 ntTSL 3 BASIC6.12□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AL360007.1-201ENST00000426166 349 ntTSL 3 BASIC6.12□□□□□ -1.43
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