Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

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Length 1,073 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 SLC35A2-217ENST00000635589 1424 ntTSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 WWOX-205ENST00000539474 1670 ntTSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 ACY1-215ENST00000636358 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 C17orf62-204ENST00000437807 2242 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 HCG18-235ENST00000426882 4862 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 GLRX2-201ENST00000367439 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 AC098864.1-204ENST00000513752 805 ntTSL 4 BASIC18.62■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 WWOX-216ENST00000569818 525 ntBASIC18.62■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 CENPX-206ENST00000580435 710 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 CYP2D6-201ENST00000359033 1433 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 EPHX4-201ENST00000370383 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 ACOT2-204ENST00000613168 1553 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 ST3GAL4-203ENST00000392669 1724 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 PIGQ-206ENST00000422307 2052 ntTSL 3 BASIC18.62■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 MAP3K15-201ENST00000338883 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 WNT7B-204ENST00000410089 2202 ntTSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 KANK4-202ENST00000354381 2103 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 PRELID3A-201ENST00000336990 1715 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 PRELID3A-202ENST00000440960 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 MLF2-202ENST00000435120 1379 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 SMN1-209ENST00000514951 1308 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 PEX11G-201ENST00000221480 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 TPPP3-201ENST00000290942 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 GLI4-202ENST00000344692 1012 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 AIF1L-203ENST00000372298 849 ntTSL 3 BASIC18.61■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 ST8SIA1-202ENST00000381424 1036 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 HMGA1P5-201ENST00000412453 271 ntBASIC18.61■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 AC004540.1-203ENST00000421862 907 ntTSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 BX664615.1-201ENST00000443558 458 ntBASIC18.61■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 PSMB5-205ENST00000493471 1117 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 AL929554.1-201ENST00000568665 460 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.61■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 AC005625.1-201ENST00000590304 472 ntTSL 3 BASIC18.61■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 RAB11B-AS1-201ENST00000593581 1013 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 RELT-202ENST00000393580 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 KLC1-208ENST00000452929 2453 ntTSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 EPS8L1-203ENST00000540810 2360 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 TMEM79-201ENST00000295694 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 TMEM44-203ENST00000381975 2197 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 DNAJC1-202ENST00000376980 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 DMPK-203ENST00000354227 1982 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 FAM110A-204ENST00000381941 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 P4HB-203ENST00000439918 1502 ntTSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 TMEM175-220ENST00000515740 1514 ntTSL 3 BASIC18.6■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 NARS2-201ENST00000281038 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 PLEKHH3-201ENST00000293349 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 FGF8-201ENST00000320185 799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 ZCCHC24-201ENST00000372333 906 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 BID-204ENST00000399767 2129 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 AK4P3-201ENST00000418260 669 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 BX890604.1-205ENST00000425492 856 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 SLC25A1P2-201ENST00000430693 912 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC18.6■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 AC007663.1-201ENST00000438948 1240 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
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USP53Q70EK8 SAXO1-202ENST00000380534 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 FLT1-207ENST00000615840 6453 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 PARP2-202ENST00000429687 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 NFE2L1-204ENST00000536222 2172 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 NAPA-210ENST00000595227 1460 ntTSL 3 BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 OGG1-217ENST00000449570 1948 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 ZGPAT-203ENST00000357119 1896 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 CCM2-202ENST00000381112 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 NPNT-214ENST00000514622 2362 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 UQCRQ-201ENST00000378665 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 SHBG-203ENST00000416273 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 AC002467.1-201ENST00000457510 657 ntTSL 3 BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 SHBG-215ENST00000575903 1196 ntTSL 3 BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 RNF165-206ENST00000590330 1049 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 FBXL22-204ENST00000638704 729 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 PPHLN1-213ENST00000549190 1777 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 FAM129C-205ENST00000595684 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 MPZL1-201ENST00000359523 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 ADAD1-202ENST00000388724 1912 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 KRT16P3-203ENST00000580621 1939 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 PROB1-201ENST00000434752 5122 ntAPPRIS P1 BASIC18.58■□□□□ 0.57
USP53Q70EK8 ITPKB-203ENST00000429204 6162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
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