Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 AC092865.5-201ENST00000545435 363 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 TK1-205ENST00000590862 642 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 SETD3-201ENST00000329331 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 LINC00960-201ENST00000463183 1333 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 PDLIM2-205ENST00000397761 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 CERS4-201ENST00000251363 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 C6orf15-201ENST00000259870 1140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 BAALC-202ENST00000306391 243 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 BAALC-204ENST00000330955 222 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 NT5E-202ENST00000369646 974 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 HYI-201ENST00000372425 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 SBDSP1-202ENST00000423945 618 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 WNT5B-203ENST00000537031 1437 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 UBC-206ENST00000538617 1303 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 GABRG3-206ENST00000555083 1405 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 AC034238.1-212ENST00000596137 723 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 AC099336.1-202ENST00000602961 463 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 HOXA11-AS1_5.1-201ENST00000620211 203 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 UCHL5-202ENST00000367449 1507 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 P2RY6-207ENST00000538328 1425 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 CCDC134-201ENST00000255784 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 DNASE1L2-202ENST00000382437 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 FIGNL1-207ENST00000435566 593 ntTSL 4 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 AL365226.1-201ENST00000448363 349 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 AL162171.1-201ENST00000556328 718 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 FAM220A-205ENST00000578372 207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 SRSF1-209ENST00000585096 568 ntTSL 4 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 MICU2-201ENST00000382374 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 PPM1L-204ENST00000497343 1589 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 NCF1B-201ENST00000423083 1516 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 CD81-AS1-201ENST00000413483 1460 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 IRF3-202ENST00000377135 1442 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 JAKMIP1-208ENST00000637373 1362 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 RNASEH2A-201ENST00000221486 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 OLFM1-207ENST00000371801 568 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 SATB1-AS1-201ENST00000414198 737 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 AC092183.1-201ENST00000469884 875 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 BET1L-206ENST00000486280 665 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 AC011530.1-201ENST00000593999 558 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 MCRIP2-211ENST00000629534 341 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 PCMT1-205ENST00000464889 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 AKR1A1-214ENST00000621846 1360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 C7orf49-209ENST00000483029 596 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 FNDC5-205ENST00000496770 837 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 ZBP1-208ENST00000541799 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 BRICD5-203ENST00000566018 555 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 SLC22A18-202ENST00000347936 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 RUBCN-206ENST00000449205 1603 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 ATP6V0C-201ENST00000330398 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 FAM220CP-201ENST00000395253 831 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 CXXC5-AS1-201ENST00000514287 577 ntTSL 4 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 NCAM1-AS1-202ENST00000533638 618 ntTSL 4 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 PRTN3-202ENST00000544537 1036 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 ATP5G2-204ENST00000549164 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 MIR3917-201ENST00000580971 93 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 ATP5G2-209ENST00000602871 668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 MYOZ3-203ENST00000517768 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 KRT13-208ENST00000587544 1456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 PCAT7-201ENST00000452148 1164 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 AP006621.3-203ENST00000525941 610 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 AC068594.1-202ENST00000581657 749 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 LINC01197-204ENST00000611265 956 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 VSTM2B-201ENST00000335523 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 KCNK4-202ENST00000422670 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SCN4AP35499 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 NOL3-201ENST00000268605 1394 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 CRYBB2P1-202ENST00000382734 1364 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 SCFD2-204ENST00000611795 1320 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 SMG1P5-201ENST00000411546 2362 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 CYP2D7-201ENST00000358097 1655 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 NDUFB9-201ENST00000276689 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 MPIG6B-202ENST00000375805 668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 TLE1-202ENST00000376484 666 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN4AP35499 LIMD2-211ENST00000583211 1298 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.1 ms