Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 PRKAR2A-206ENST00000454963 1849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.41■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.4■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 FBXW9-203ENST00000587955 1437 ntTSL 1 (best) BASIC33.4■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.4■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 EPS8L1-203ENST00000540810 2360 ntTSL 2 BASIC33.4■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.4■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 IFT27-205ENST00000433985 1095 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.4■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 RPL26L1-205ENST00000519974 695 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.4■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 YPEL3-204ENST00000563788 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.4■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 DTNBP1-203ENST00000355917 1359 ntTSL 5 BASIC33.4■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.4■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC33.39■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 ZFC3H1-206ENST00000548100 1771 ntTSL 1 (best) BASIC33.39■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 JAKMIP1-208ENST00000637373 1362 ntTSL 5 BASIC33.39■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 CHIC2-201ENST00000263921 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.39■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 MCFD2-203ENST00000409147 671 ntTSL 2 BASIC33.39■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 DMKN-212ENST00000443640 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.39■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 VCX3B-203ENST00000444481 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.39■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 PGAP2-206ENST00000459679 795 ntTSL 2 BASIC33.39■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 IFI27L1-206ENST00000554562 571 ntTSL 3 BASIC33.39■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 VCX3A-203ENST00000612369 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.39■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 FAM57B-204ENST00000564806 1710 ntTSL 2 BASIC33.39■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC33.39■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 MCTP2-205ENST00000543482 1422 ntTSL 2 BASIC33.39■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 C21orf91-203ENST00000400559 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC33.39■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 GAD2-202ENST00000376248 680 ntTSL 5 BASIC33.38■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 HELT-202ENST00000505610 846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.38■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 AC010463.1-201ENST00000596542 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.38■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 AL691432.3-201ENST00000621860 400 ntBASIC33.38■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 CALM2-209ENST00000628793 1103 ntTSL 5 BASIC33.38■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 KCNK4-207ENST00000539216 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.38■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.38■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 SDHAF3-202ENST00000432641 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.38■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC33.38■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.38■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 THTPA-202ENST00000404535 1779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.38■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 PABPC4-204ENST00000372862 2470 ntTSL 5 BASIC33.38■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 PRKRA-203ENST00000432031 1344 ntTSL 1 (best) BASIC33.38■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC33.38■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 ADAD1-202ENST00000388724 1912 ntTSL 1 (best) BASIC33.38■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.38■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.38■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC33.38■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 ETV4-204ENST00000545089 1628 ntTSL 2 BASIC33.38■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 CDHR4-201ENST00000343366 1188 ntTSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 S100A14-201ENST00000344616 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 SLX1A-202ENST00000345535 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 SLX1B-202ENST00000351581 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 PDLIM4-202ENST00000379018 1006 ntTSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 TNFRSF10C-202ENST00000397703 1242 ntTSL 2 BASIC33.37■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 SEC1P-202ENST00000473944 940 ntBASIC33.37■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 PRR29-207ENST00000580752 458 ntTSL 3 BASIC33.37■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 IGFLR1-209ENST00000592537 1195 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 AC079602.3-201ENST00000623931 403 ntBASIC33.37■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 KLHDC4-227ENST00000622456 1422 ntTSL 5 BASIC33.37■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 LMNB1-202ENST00000395354 1572 ntTSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 SBDS-201ENST00000246868 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 SDHAP1-207ENST00000440850 2000 ntBASIC33.37■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 AGPAT2-205ENST00000538402 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 AC016734.2-201ENST00000624325 1377 ntBASIC33.37■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 NCK2-205ENST00000451463 1795 ntTSL 2 BASIC33.37■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 NDUFS7-201ENST00000233627 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC33.37■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC33.36■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC33.36■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 UBE2J2-205ENST00000400930 1021 ntTSL 5 BASIC33.36■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 L34079.3-201ENST00000600242 546 ntTSL 4 BASIC33.36■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 GABARAPL3-202ENST00000624044 1851 ntBASIC33.36■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 AL732314.6-201ENST00000627721 484 ntTSL 4 BASIC33.36■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 CEACAM3-208ENST00000630848 1110 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.36■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 FAM87B-201ENST00000326734 1947 ntTSL 2 BASIC33.36■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 GAMT-202ENST00000447102 1769 ntTSL 2 BASIC33.36■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.35■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 RBFOX1-215ENST00000553186 2196 ntTSL 1 (best) BASIC33.35■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 FUOM-201ENST00000278025 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.35■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 HOPX-201ENST00000317745 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.35■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 AC003075.1-204ENST00000433005 540 ntTSL 2 BASIC33.35■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 AP000721.2-201ENST00000537170 650 ntTSL 4 BASIC33.35■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 NDUFAB1-201ENST00000007516 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.35■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.35■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.35■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 PLPP4-202ENST00000398250 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.35■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 RBPMS-210ENST00000520191 1613 ntTSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 MYD88-206ENST00000443433 914 ntTSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 IRF5-202ENST00000357234 1680 ntTSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 SSH1-209ENST00000551165 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.33■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.33■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 AC099778.1-201ENST00000568593 1911 ntBASIC33.33■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 CENPX-201ENST00000306704 751 ntTSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 AL023284.2-201ENST00000405850 579 ntBASIC33.33■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 AC116353.4-201ENST00000507279 576 ntTSL 4 BASIC33.33■■■□□ 2.93
CCDC88BA6NC98 AC008738.3-201ENST00000589932 659 ntTSL 2 BASIC33.33■■■□□ 2.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 85.6 ms