Protein–RNA interactions for Protein: Q13342

SP140, Nuclear body protein SP140, humanhuman

Predictions only

Length 867 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SP140Q13342 AC003071.1-201ENST00000451219 789 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
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SP140Q13342 AC099563.1-201ENST00000456086 418 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
SP140Q13342 AL512303.1-201ENST00000458693 465 ntTSL 3 BASIC4.79□□□□□ -1.64
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SP140Q13342 AC093689.1-203ENST00000505967 299 ntTSL 3 BASIC4.79□□□□□ -1.64
SP140Q13342 AC091133.4-201ENST00000511142 308 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
SP140Q13342 AC024589.1-201ENST00000512207 263 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
SP140Q13342 AC063919.1-201ENST00000514281 254 ntTSL 3 BASIC4.79□□□□□ -1.64
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SP140Q13342 LECT2-205ENST00000522943 574 ntTSL 3 BASIC4.79□□□□□ -1.64
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SP140Q13342 AL109811.3-202ENST00000612387 651 ntTSL 3 BASIC4.79□□□□□ -1.64
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SP140Q13342 LINC00276-202ENST00000418420 3503 ntTSL 1 (best) BASIC4.79□□□□□ -1.64
SP140Q13342 ACTR3BP5-201ENST00000448440 1479 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
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SP140Q13342 GABRG2-214ENST00000639111 11735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.79□□□□□ -1.64
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SP140Q13342 GPR34-202ENST00000378142 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.78□□□□□ -1.64
SP140Q13342 SGMS2-201ENST00000359079 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.78□□□□□ -1.64
SP140Q13342 IL18R1-202ENST00000334376 537 ntTSL 1 (best) BASIC4.78□□□□□ -1.64
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SP140Q13342 LINC00907-208ENST00000593051 1092 ntTSL 1 (best) BASIC4.78□□□□□ -1.64
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SP140Q13342 AC005392.3-201ENST00000607109 459 ntTSL 2 BASIC4.78□□□□□ -1.64
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SP140Q13342 AL158196.1-201ENST00000616786 434 ntBASIC4.78□□□□□ -1.64
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SP140Q13342 PLCE1-AS2-213ENST00000620469 432 ntTSL 5 BASIC4.78□□□□□ -1.64
SP140Q13342 ALG13-230ENST00000623189 458 ntTSL 3 BASIC4.78□□□□□ -1.64
SP140Q13342 AL138828.1-201ENST00000626414 291 ntTSL 5 BASIC4.78□□□□□ -1.64
SP140Q13342 AC110994.2-201ENST00000635481 492 ntBASIC4.78□□□□□ -1.64
SP140Q13342 SCN1A-202ENST00000375405 8097 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC4.78□□□□□ -1.64
SP140Q13342 PLCH1-201ENST00000334686 6128 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.78□□□□□ -1.64
SP140Q13342 OTOGL-204ENST00000547103 8032 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.78□□□□□ -1.64
SP140Q13342 VPS13D-213ENST00000613099 16245 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC4.78□□□□□ -1.64
SP140Q13342 LINC02516-201ENST00000563724 1771 ntTSL 2 BASIC4.78□□□□□ -1.64
SP140Q13342 GABRG2-202ENST00000361925 3767 ntTSL 3 BASIC4.78□□□□□ -1.64
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