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| CHD4 | Q14839 | SOX2-OT-216 | ENST00000497122 | 578 nt | TSL 4 BASIC | 4.1 | □□□□□ -1.75 | | |
| CHD4 | Q14839 | AC021678.1-201 | ENST00000505195 | 936 nt | BASIC | 4.1 | □□□□□ -1.75 | | |
| CHD4 | Q14839 | ARL2BPP6-201 | ENST00000512757 | 439 nt | BASIC | 4.1 | □□□□□ -1.75 | | |
| CHD4 | Q14839 | RNU6-319P-201 | ENST00000516025 | 108 nt | BASIC | 4.1 | □□□□□ -1.75 | | |
| CHD4 | Q14839 | RNA5SP367-201 | ENST00000516557 | 118 nt | BASIC | 4.1 | □□□□□ -1.75 | | |
| CHD4 | Q14839 | AC019227.1-201 | ENST00000526902 | 510 nt | BASIC | 4.1 | □□□□□ -1.75 | | |
| CHD4 | Q14839 | AP003168.1-201 | ENST00000530091 | 307 nt | BASIC | 4.1 | □□□□□ -1.75 | | |
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| CHD4 | Q14839 | AC006116.4-201 | ENST00000589671 | 452 nt | TSL 2 BASIC | 4.1 | □□□□□ -1.75 | | |
| CHD4 | Q14839 | AC008946.1-201 | ENST00000599756 | 421 nt | TSL 3 BASIC | 4.1 | □□□□□ -1.75 | | |
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| CHD4 | Q14839 | ZC3H11A-214 | ENST00000639812 | 11825 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 4.1 | □□□□□ -1.75 | | |
| CHD4 | Q14839 | AC006504.1-201 | ENST00000562493 | 3666 nt | BASIC | 4.1 | □□□□□ -1.75 | | |
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| CHD4 | Q14839 | AL049829.1-201 | ENST00000465411 | 156 nt | BASIC | 4.09 | □□□□□ -1.75 | | |
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| CHD4 | Q14839 | PDE1A-205 | ENST00000435564 | 4885 nt | APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC | 4.09 | □□□□□ -1.75 | | |
| CHD4 | Q14839 | MTND5P23-201 | ENST00000430812 | 1655 nt | BASIC | 4.09 | □□□□□ -1.75 | | |
| CHD4 | Q14839 | ZNF680-202 | ENST00000447137 | 2159 nt | TSL 2 BASIC | 4.09 | □□□□□ -1.75 | | |
| CHD4 | Q14839 | CFTR-201 | ENST00000003084 | 6132 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 4.09 | □□□□□ -1.76 | | |
| CHD4 | Q14839 | NMD3P1-201 | ENST00000439704 | 1488 nt | BASIC | 4.09 | □□□□□ -1.76 | | |
| CHD4 | Q14839 | FIGNL1-202 | ENST00000395556 | 3485 nt | APPRIS P1 TSL 2 BASIC | 4.09 | □□□□□ -1.76 | | |
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| CHD4 | Q14839 | AC098592.2-201 | ENST00000413158 | 265 nt | BASIC | 4.09 | □□□□□ -1.76 | | |
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| CHD4 | Q14839 | PRKG1-AS1-202 | ENST00000426785 | 1111 nt | TSL 1 (best) BASIC | 4.09 | □□□□□ -1.76 | | |
| CHD4 | Q14839 | ZFAND6P1-201 | ENST00000434138 | 605 nt | BASIC | 4.09 | □□□□□ -1.76 | | |
| CHD4 | Q14839 | SKP1P1-201 | ENST00000438081 | 489 nt | BASIC | 4.09 | □□□□□ -1.76 | | |
| CHD4 | Q14839 | AL035706.1-201 | ENST00000439186 | 683 nt | TSL 3 BASIC | 4.09 | □□□□□ -1.76 | | |
| CHD4 | Q14839 | AC093156.1-201 | ENST00000440382 | 670 nt | BASIC | 4.09 | □□□□□ -1.76 | | |
| CHD4 | Q14839 | AC095032.1-201 | ENST00000444810 | 527 nt | TSL 3 BASIC | 4.09 | □□□□□ -1.76 | | |
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| CHD4 | Q14839 | AC006213.5-201 | ENST00000619673 | 288 nt | BASIC | 4.09 | □□□□□ -1.76 | | |
| CHD4 | Q14839 | AC245088.3-201 | ENST00000634383 | 424 nt | APPRIS P1 BASIC | 4.09 | □□□□□ -1.76 | | |
| CHD4 | Q14839 | AL691447.3-201 | ENST00000635020 | 330 nt | BASIC | 4.09 | □□□□□ -1.76 | | |
| CHD4 | Q14839 | AC091948.2-201 | ENST00000636510 | 279 nt | BASIC | 4.09 | □□□□□ -1.76 | | |
| CHD4 | Q14839 | DNAJC2-201 | ENST00000249270 | 1846 nt | TSL 1 (best) BASIC | 4.09 | □□□□□ -1.76 | | |
| CHD4 | Q14839 | AKAP6-201 | ENST00000280979 | 15006 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 4.09 | □□□□□ -1.76 | | |
| CHD4 | Q14839 | AC245100.2-201 | ENST00000454544 | 1679 nt | BASIC | 4.08 | □□□□□ -1.76 | | |
| CHD4 | Q14839 | AC011912.1-201 | ENST00000623483 | 5819 nt | TSL 1 (best) BASIC | 4.08 | □□□□□ -1.76 | | |
| CHD4 | Q14839 | AC107021.2-201 | ENST00000567714 | 2095 nt | BASIC | 4.08 | □□□□□ -1.76 | | |
| CHD4 | Q14839 | IGF2BP3-218 | ENST00000619562 | 2126 nt | TSL 1 (best) BASIC | 4.08 | □□□□□ -1.76 | | |
| CHD4 | Q14839 | SLITRK6-201 | ENST00000400286 | 4318 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 4.08 | □□□□□ -1.76 | | |
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| CHD4 | Q14839 | ATP13A5-205 | ENST00000620313 | 709 nt | TSL 5 BASIC | 4.08 | □□□□□ -1.76 | | |
| CHD4 | Q14839 | AL356490.1-201 | ENST00000623079 | 479 nt | BASIC | 4.08 | □□□□□ -1.76 | | |
| CHD4 | Q14839 | D21S2088E-201 | ENST00000262354 | 1725 nt | TSL 1 (best) BASIC | 4.08 | □□□□□ -1.76 | | |
| CHD4 | Q14839 | AC068647.1-201 | ENST00000489539 | 2265 nt | BASIC | 4.08 | □□□□□ -1.76 | | |
| CHD4 | Q14839 | RTKN2-202 | ENST00000373789 | 6641 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 4.08 | □□□□□ -1.76 | | |
| CHD4 | Q14839 | Y_RNA.118-201 | ENST00000363300 | 101 nt | BASIC | 4.07 | □□□□□ -1.76 | | |
| CHD4 | Q14839 | POLR1D-202 | ENST00000399696 | 668 nt | APPRIS ALT1 TSL 5 BASIC | 4.07 | □□□□□ -1.76 | | |
| CHD4 | Q14839 | AC108681.1-202 | ENST00000417384 | 589 nt | TSL 4 BASIC | 4.07 | □□□□□ -1.76 | | |
| CHD4 | Q14839 | LINC01851-201 | ENST00000443419 | 637 nt | TSL 3 BASIC | 4.07 | □□□□□ -1.76 | | |
| CHD4 | Q14839 | AL929236.1-201 | ENST00000443622 | 518 nt | TSL 3 BASIC | 4.07 | □□□□□ -1.76 | | |
| CHD4 | Q14839 | AC009950.1-206 | ENST00000445199 | 517 nt | TSL 3 BASIC | 4.07 | □□□□□ -1.76 | | |
| CHD4 | Q14839 | AC093903.1-201 | ENST00000507220 | 405 nt | TSL 3 BASIC | 4.07 | □□□□□ -1.76 | | |
| CHD4 | Q14839 | AC084116.2-201 | ENST00000520171 | 415 nt | TSL 4 BASIC | 4.07 | □□□□□ -1.76 | | |
| CHD4 | Q14839 | AC090281.1-201 | ENST00000523019 | 276 nt | BASIC | 4.07 | □□□□□ -1.76 | | |
| CHD4 | Q14839 | RGS5-206 | ENST00000527988 | 373 nt | TSL 1 (best) BASIC | 4.07 | □□□□□ -1.76 | | |
| CHD4 | Q14839 | CYP2C60P-201 | ENST00000566088 | 139 nt | BASIC | 4.07 | □□□□□ -1.76 | | |
| CHD4 | Q14839 | MSMB-202 | ENST00000582163 | 488 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 4.07 | □□□□□ -1.76 | | |
| CHD4 | Q14839 | EXTL2-201 | ENST00000370113 | 2835 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 4.07 | □□□□□ -1.76 | | |
| CHD4 | Q14839 | FZD3-201 | ENST00000240093 | 13736 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 4.07 | □□□□□ -1.76 | | |
| CHD4 | Q14839 | IFI44L-201 | ENST00000370751 | 5874 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 4.07 | □□□□□ -1.76 | | |
| CHD4 | Q14839 | LPP-220 | ENST00000617246 | 18220 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 4.07 | □□□□□ -1.76 | | |
| CHD4 | Q14839 | LRFN5-204 | ENST00000554171 | 4253 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 4.07 | □□□□□ -1.76 | | |
| CHD4 | Q14839 | LUZP2-208 | ENST00000620308 | 4981 nt | TSL 5 BASIC | 4.07 | □□□□□ -1.76 | | |
| CHD4 | Q14839 | RHEBP3-201 | ENST00000411920 | 351 nt | BASIC | 4.07 | □□□□□ -1.76 | | |
| CHD4 | Q14839 | AC019070.1-201 | ENST00000415008 | 1024 nt | BASIC | 4.07 | □□□□□ -1.76 | | |
| CHD4 | Q14839 | AL513174.1-201 | ENST00000423182 | 629 nt | BASIC | 4.07 | □□□□□ -1.76 | | |
| CHD4 | Q14839 | Z97206.2-201 | ENST00000423489 | 589 nt | TSL 3 BASIC | 4.07 | □□□□□ -1.76 | | |