Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 PHOSPHO1-201ENST00000310544 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 WIPI2-203ENST00000401525 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 ALDH3B1-206ENST00000615463 1300 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 THNSL2-205ENST00000449349 1616 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 RBPMS-210ENST00000520191 1613 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 OGG1-217ENST00000449570 1948 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 KLHL21-206ENST00000610898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 FUOM-201ENST00000278025 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 SLC11A2-208ENST00000546743 1740 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 KRT13-202ENST00000336861 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 TMEM176A-210ENST00000484928 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 AGAP2-AS1-201ENST00000542466 1500 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 CERS4-201ENST00000251363 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 GPR42-201ENST00000454971 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 IFRD1-201ENST00000005558 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 TRPM4-213ENST00000599628 1829 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 ZNF821-221ENST00000611294 1833 ntTSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 LINC00910-203ENST00000587874 544 ntTSL 4 BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 CDX4-201ENST00000373514 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 RUBCN-206ENST00000449205 1603 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 CASKIN2-205ENST00000581870 1612 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 ACTG1-201ENST00000331925 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 SDHAP1-207ENST00000440850 2000 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 MRPL43-205ENST00000370234 798 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 FXN-203ENST00000396366 922 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 SEC1P-202ENST00000473944 940 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 TMEM218-206ENST00000527766 812 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 CHRNB1-207ENST00000575379 1095 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 AL121894.2-201ENST00000602977 491 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 FAM50A-202ENST00000393600 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 PHKG2-202ENST00000424889 1566 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 FDXR-201ENST00000293195 1875 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 CYP21A1P-201ENST00000342991 1971 ntTSL 3 BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 MTX1-202ENST00000368376 1632 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 NEURL2-201ENST00000372518 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 AC064834.1-201ENST00000606986 503 ntTSL 3 BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 AC026412.3-201ENST00000605200 1661 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 UNKL-202ENST00000301712 1431 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 ETV4-204ENST00000545089 1628 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 HEBP2-201ENST00000367697 844 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 KRTAP5-11-201ENST00000398530 1021 ntAPPRIS P2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 PLAC8-202ENST00000411416 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 LINC01063-201ENST00000441644 348 ntTSL 3 BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 PTGIR-204ENST00000596260 1009 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 AC004076.1-201ENST00000596831 664 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 PNMA8A-203ENST00000602246 572 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 PDE9A-213ENST00000398236 1776 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 CARD9-201ENST00000371732 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 C6orf89-203ENST00000373685 1400 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 SSH1-209ENST00000551165 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 HDAC11-204ENST00000404040 967 ntTSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 LCN10-205ENST00000497771 723 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 RAP1B-228ENST00000542145 1060 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 ABCC5-204ENST00000392579 1848 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 NR1H2-202ENST00000411902 1466 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 CA11-201ENST00000084798 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 MRPL24-202ENST00000368211 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 RASA4DP-201ENST00000460726 1199 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 FIS1-207ENST00000474120 915 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 AC021739.3-201ENST00000557908 855 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 FAM189B-201ENST00000350210 2379 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 FAM129C-203ENST00000449408 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.71
USP54Q70EL1 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
USP54Q70EL1 TMSB4X-203ENST00000380636 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
USP54Q70EL1 DNAJC1-202ENST00000376980 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
USP54Q70EL1 AANAT-202ENST00000392492 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
USP54Q70EL1 AL117335.1-203ENST00000619200 948 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
USP54Q70EL1 PPM1L-204ENST00000497343 1589 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
USP54Q70EL1 AC093525.10-201ENST00000625130 1569 ntBASIC25.7■■□□□ 1.7
USP54Q70EL1 AC005906.2-207ENST00000639005 1580 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
USP54Q70EL1 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP54Q70EL1 AC140125.2-201ENST00000502515 1517 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP54Q70EL1 PTAR1-205ENST00000472967 1689 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP54Q70EL1 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP54Q70EL1 AP003396.3-201ENST00000530918 778 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP54Q70EL1 CLEC4GP1-201ENST00000596555 870 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
USP54Q70EL1 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP54Q70EL1 LMNB1-202ENST00000395354 1572 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP54Q70EL1 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP54Q70EL1 ASMTL-202ENST00000381333 2035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP54Q70EL1 PPP5C-202ENST00000391919 1929 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP54Q70EL1 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP54Q70EL1 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.4 ms