Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 C12orf43-206ENST00000537817 1270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.37■■■□□ 2.77
CUX1P39880 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.37■■■□□ 2.77
CUX1P39880 ASCL5-202ENST00000458416 1420 ntAPPRIS P1 BASIC32.37■■■□□ 2.77
CUX1P39880 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC32.37■■■□□ 2.77
CUX1P39880 AC093525.10-201ENST00000625130 1569 ntBASIC32.37■■■□□ 2.77
CUX1P39880 TBC1D7-202ENST00000356436 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.36■■■□□ 2.77
CUX1P39880 TBC1D7-204ENST00000379300 1276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.36■■■□□ 2.77
CUX1P39880 SSR4P1-202ENST00000429427 967 ntTSL 5 BASIC32.36■■■□□ 2.77
CUX1P39880 NOL12-207ENST00000611699 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.36■■■□□ 2.77
CUX1P39880 CERS4-201ENST00000251363 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.36■■■□□ 2.77
CUX1P39880 KRT13-208ENST00000587544 1456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.36■■■□□ 2.77
CUX1P39880 RAP1GDS1-201ENST00000264572 1686 ntTSL 5 BASIC32.36■■■□□ 2.77
CUX1P39880 KRT8P10-201ENST00000450021 1447 ntBASIC32.36■■■□□ 2.77
CUX1P39880 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.36■■■□□ 2.77
CUX1P39880 FBXW9-203ENST00000587955 1437 ntTSL 1 (best) BASIC32.36■■■□□ 2.77
CUX1P39880 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.36■■■□□ 2.77
CUX1P39880 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC32.36■■■□□ 2.77
CUX1P39880 AMACR-205ENST00000426255 1316 ntTSL 2 BASIC32.36■■■□□ 2.77
CUX1P39880 BCL11A-209ENST00000489516 1508 ntTSL 5 BASIC32.36■■■□□ 2.77
CUX1P39880 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.36■■■□□ 2.77
CUX1P39880 HAAO-201ENST00000294973 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.36■■■□□ 2.77
CUX1P39880 HOPX-201ENST00000317745 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.36■■■□□ 2.77
CUX1P39880 TSSC2-201ENST00000450217 709 ntBASIC32.36■■■□□ 2.77
CUX1P39880 KRT17P6-201ENST00000453795 1220 ntBASIC32.36■■■□□ 2.77
CUX1P39880 AC022150.1-201ENST00000599222 640 ntTSL 3 BASIC32.36■■■□□ 2.77
CUX1P39880 AC008878.4-201ENST00000602083 293 ntTSL 5 BASIC32.36■■■□□ 2.77
CUX1P39880 TP53I11-223ENST00000627720 195 ntTSL 5 BASIC32.36■■■□□ 2.77
CUX1P39880 NAT6-204ENST00000443094 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.36■■■□□ 2.77
CUX1P39880 SYTL1-201ENST00000318074 1900 ntTSL 2 BASIC32.35■■■□□ 2.77
CUX1P39880 SLC22A18-202ENST00000347936 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.35■■■□□ 2.77
CUX1P39880 ZGPAT-203ENST00000357119 1896 ntTSL 1 (best) BASIC32.35■■■□□ 2.77
CUX1P39880 MAN1B1-AS1-201ENST00000596585 1872 ntBASIC32.35■■■□□ 2.77
CUX1P39880 ATP5J-203ENST00000400090 647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.35■■■□□ 2.77
CUX1P39880 NDUFB9-202ENST00000517367 636 ntTSL 3 BASIC32.35■■■□□ 2.77
CUX1P39880 KLK8-205ENST00000593490 267 ntTSL 3 BASIC32.35■■■□□ 2.77
CUX1P39880 AC092329.2-201ENST00000598402 547 ntBASIC32.35■■■□□ 2.77
CUX1P39880 IFNL4P1-201ENST00000607083 540 ntBASIC32.35■■■□□ 2.77
CUX1P39880 AC079602.3-201ENST00000623931 403 ntBASIC32.35■■■□□ 2.77
CUX1P39880 STAU2-229ENST00000524300 3065 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC32.35■■■□□ 2.77
CUX1P39880 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC32.35■■■□□ 2.77
CUX1P39880 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.35■■■□□ 2.77
CUX1P39880 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.35■■■□□ 2.77
CUX1P39880 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.34■■■□□ 2.77
CUX1P39880 P2RY6-210ENST00000542092 1674 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.34■■■□□ 2.77
CUX1P39880 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.34■■■□□ 2.77
CUX1P39880 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.34■■■□□ 2.77
CUX1P39880 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.34■■■□□ 2.77
CUX1P39880 AURKAIP1-202ENST00000338338 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.34■■■□□ 2.77
CUX1P39880 LENG8-AS1-201ENST00000416022 582 ntTSL 3 BASIC32.34■■■□□ 2.77
CUX1P39880 MYD88-206ENST00000443433 914 ntTSL 1 (best) BASIC32.34■■■□□ 2.77
CUX1P39880 SEC1P-202ENST00000473944 940 ntBASIC32.34■■■□□ 2.77
CUX1P39880 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC32.34■■■□□ 2.77
CUX1P39880 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.34■■■□□ 2.77
CUX1P39880 GLYCTK-201ENST00000305690 1371 ntTSL 5 BASIC32.34■■■□□ 2.77
CUX1P39880 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
CUX1P39880 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.33■■■□□ 2.77
CUX1P39880 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC32.33■■■□□ 2.77
CUX1P39880 DUSP15-201ENST00000278979 1732 ntTSL 2 BASIC32.33■■■□□ 2.77
CUX1P39880 FAM57B-204ENST00000564806 1710 ntTSL 2 BASIC32.33■■■□□ 2.77
CUX1P39880 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
CUX1P39880 PSCA-201ENST00000301258 1020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
CUX1P39880 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC32.33■■■□□ 2.77
CUX1P39880 LINC02106-201ENST00000506534 606 ntTSL 2 BASIC32.33■■■□□ 2.77
CUX1P39880 AC022509.3-202ENST00000545819 566 ntTSL 3 BASIC32.33■■■□□ 2.77
CUX1P39880 AC011773.3-202ENST00000549291 790 ntTSL 3 BASIC32.33■■■□□ 2.77
CUX1P39880 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.33■■■□□ 2.77
CUX1P39880 SMN2-202ENST00000380742 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.33■■■□□ 2.77
CUX1P39880 RUBCN-206ENST00000449205 1603 ntTSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
CUX1P39880 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
CUX1P39880 SRSF1-208ENST00000584773 1317 ntTSL 5 BASIC32.33■■■□□ 2.77
CUX1P39880 PFKFB3-217ENST00000626882 1965 ntTSL 5 BASIC32.32■■■□□ 2.77
CUX1P39880 AC004982.2-201ENST00000609497 1578 ntTSL 2 BASIC32.32■■■□□ 2.77
CUX1P39880 NUDT15-201ENST00000258662 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.77
CUX1P39880 PFN1-201ENST00000225655 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
CUX1P39880 MRPS15-201ENST00000373116 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
CUX1P39880 SNHG15-203ENST00000578968 982 ntTSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
CUX1P39880 NDUFAB1-201ENST00000007516 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
CUX1P39880 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.32■■■□□ 2.76
CUX1P39880 RTBDN-207ENST00000589272 2076 ntTSL 2 BASIC32.32■■■□□ 2.76
CUX1P39880 FAM110A-204ENST00000381941 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
CUX1P39880 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
CUX1P39880 GAMT-202ENST00000447102 1769 ntTSL 2 BASIC32.32■■■□□ 2.76
CUX1P39880 CDX4-201ENST00000373514 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
CUX1P39880 PLPP4-202ENST00000398250 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
CUX1P39880 LINC01315-202ENST00000424852 1142 ntTSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
CUX1P39880 AC034232.1-201ENST00000506026 1064 ntBASIC32.31■■■□□ 2.76
CUX1P39880 AC003688.1-201ENST00000577138 489 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.31■■■□□ 2.76
CUX1P39880 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
CUX1P39880 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
CUX1P39880 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC32.31■■■□□ 2.76
CUX1P39880 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
CUX1P39880 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
CUX1P39880 PTMS-201ENST00000309083 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
CUX1P39880 HIST1H2AI-201ENST00000358739 503 ntAPPRIS P1 BASIC32.31■■■□□ 2.76
CUX1P39880 AC093901.1-201ENST00000414886 778 ntTSL 5 BASIC32.31■■■□□ 2.76
CUX1P39880 UBE2E3-209ENST00000602710 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
CUX1P39880 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
CUX1P39880 SHBG-201ENST00000340624 1311 ntTSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
CUX1P39880 KLHDC4-227ENST00000622456 1422 ntTSL 5 BASIC32.3■■■□□ 2.76
CUX1P39880 GPR42-201ENST00000454971 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.5 ms