Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 RPS2P55-201ENST00000397318 883 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 AL353807.1-201ENST00000427475 662 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 AC107956.1-201ENST00000494359 873 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 BAALC-AS1-207ENST00000522856 594 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 AL160286.2-201ENST00000567150 934 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 AL445675.2-201ENST00000620291 557 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 AL390860.1-201ENST00000449298 1541 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 RPL7-202ENST00000396465 1308 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 NPAS1-201ENST00000439365 1341 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 RBM45-201ENST00000286070 1785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 TEX21P-204ENST00000641479 1693 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 TBX21-201ENST00000177694 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 NAT6-204ENST00000443094 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 GABRD-205ENST00000638771 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 NDUFB10-201ENST00000268668 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 VKORC1-204ENST00000394971 664 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 SAPCD2P4-201ENST00000424595 1171 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 EFTUD1P1-201ENST00000558187 596 ntTSL 4 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 AC027682.2-201ENST00000563083 336 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 CR392000.1-201ENST00000624770 1228 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 ZNF281-202ENST00000367352 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 SGO1-209ENST00000442720 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 TSG101-201ENST00000251968 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 AC009041.2-204ENST00000568394 3343 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 SH3GLB2-202ENST00000372559 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 LGALS12-203ENST00000394618 1618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 FAM213B-204ENST00000419916 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 PRELID3A-201ENST00000336990 1715 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 PRELID3A-202ENST00000440960 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 TMEM132A-202ENST00000453848 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 DBNL-219ENST00000490734 2004 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 CECR2-202ENST00000342247 6178 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 SLC22A18-202ENST00000347936 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 MRM3-201ENST00000304478 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 MARC2-202ENST00000366913 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 PSEN1-203ENST00000394157 1249 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 DUSP15-205ENST00000398084 1256 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 AC004980.1-204ENST00000429707 299 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 ASH1L-AS1-202ENST00000456633 911 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 RBCK1-213ENST00000475269 1200 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 AL049780.2-201ENST00000556236 367 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 EIF3J-AS1-205ENST00000560750 1093 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 AC073195.1-201ENST00000607241 877 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 ABBA01031674.1-201ENST00000635145 728 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 DDAH2-211ENST00000375787 1330 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 CASTOR1-202ENST00000407689 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 STMN3-201ENST00000370053 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 CEP85L-205ENST00000419517 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 OTOP2-201ENST00000331427 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 CCDC151-201ENST00000356392 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 STOML1-209ENST00000564777 1849 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 KAT5-203ENST00000377046 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 AGPAT5-201ENST00000285518 3685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 NECAB3-202ENST00000375238 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 SPRYD7-204ENST00000613924 2285 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 FBLN7-202ENST00000331203 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 MAFF-202ENST00000407965 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 AK2-201ENST00000354858 1021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 FAM197Y1-201ENST00000421178 764 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 AC233702.5-201ENST00000584107 538 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 WIPF1-202ENST00000359761 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 HGFAC-204ENST00000511533 2016 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 ACTR3B-203ENST00000397282 1692 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 STARD3-209ENST00000544210 1666 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 HIC1-207ENST00000619757 6711 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 CORO1B-201ENST00000341356 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 DMRT2-201ENST00000259622 2459 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 SLC23A3-201ENST00000295738 2037 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21 ms