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| RUNX3 | Q13761 | AL391834.1-201 | ENST00000609609 | 560 nt | BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL391261.4-201 | ENST00000616012 | 481 nt | BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC084757.4-201 | ENST00000616350 | 526 nt | BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC012314.7-201 | ENST00000619693 | 93 nt | BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AC022306.3-201 | ENST00000619930 | 550 nt | BASIC | 3.99 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC015908.5-201 | ENST00000623289 | 343 nt | BASIC | 3.99 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | FRG1DP-201 | ENST00000635586 | 771 nt | BASIC | 3.99 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNF111-212 | ENST00000561186 | 4536 nt | TSL 2 BASIC | 3.99 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | F8-202 | ENST00000360256 | 9059 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 3.99 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | C6orf10-203 | ENST00000442822 | 1696 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 3.99 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC024940.1-203 | ENST00000398963 | 4423 nt | APPRIS ALT2 TSL 5 BASIC | 3.99 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | OR5H14-202 | ENST00000641380 | 7323 nt | APPRIS P1 BASIC | 3.99 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ABI3BP-206 | ENST00000471714 | 6783 nt | APPRIS ALT2 TSL 5 BASIC | 3.99 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | TFPI-201 | ENST00000233156 | 3885 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 3.98 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MAPK10-372 | ENST00000641954 | 3413 nt | BASIC | 3.98 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PUS7L-201 | ENST00000344862 | 13593 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 3.98 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | OR52N4-201 | ENST00000317254 | 1037 nt | APPRIS P1 BASIC | 3.98 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | FAM26F-203 | ENST00000368606 | 546 nt | TSL 3 BASIC | 3.98 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1320P-201 | ENST00000390838 | 107 nt | BASIC | 3.98 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1269P-201 | ENST00000391139 | 107 nt | BASIC | 3.98 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ATP5F1P6-201 | ENST00000402768 | 767 nt | BASIC | 3.98 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | HDGFP1-201 | ENST00000405943 | 252 nt | BASIC | 3.98 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | FAM230B-202 | ENST00000415704 | 396 nt | TSL 3 BASIC | 3.98 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL035423.1-201 | ENST00000420331 | 213 nt | BASIC | 3.98 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SEC63P1-201 | ENST00000425785 | 1258 nt | BASIC | 3.98 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC00382-201 | ENST00000427918 | 890 nt | TSL 1 (best) BASIC | 3.98 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | NDUFA5P10-201 | ENST00000432147 | 357 nt | BASIC | 3.98 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR548XHG-203 | ENST00000437492 | 853 nt | TSL 1 (best) BASIC | 3.98 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC083863.1-201 | ENST00000438811 | 231 nt | BASIC | 3.98 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL050338.1-201 | ENST00000445585 | 786 nt | TSL 3 BASIC | 3.98 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL451050.1-201 | ENST00000450126 | 415 nt | BASIC | 3.98 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PRSS3P4-201 | ENST00000453323 | 162 nt | BASIC | 3.98 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-599P-201 | ENST00000459383 | 107 nt | BASIC | 3.98 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1193P-201 | ENST00000459461 | 107 nt | BASIC | 3.98 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC007000.3-201 | ENST00000459742 | 617 nt | TSL 3 BASIC | 3.98 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RN7SL585P-201 | ENST00000470538 | 280 nt | BASIC | 3.98 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | CREM-228 | ENST00000473940 | 1182 nt | TSL 1 (best) BASIC | 3.98 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | CDH12P2-201 | ENST00000504393 | 298 nt | BASIC | 3.98 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC01017-201 | ENST00000508823 | 768 nt | TSL 3 BASIC | 3.98 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | TBCA-203 | ENST00000517679 | 545 nt | TSL 3 BASIC | 3.98 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | IGHV3-63-201 | ENST00000518422 | 341 nt | BASIC | 3.98 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AP000942.2-201 | ENST00000526310 | 628 nt | TSL 3 BASIC | 3.98 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC025300.1-201 | ENST00000526616 | 384 nt | TSL 3 BASIC | 3.98 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SOX9-AS1-214 | ENST00000540802 | 578 nt | TSL 4 BASIC | 3.98 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC068768.1-204 | ENST00000544890 | 796 nt | TSL 4 BASIC | 3.98 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC091814.1-201 | ENST00000545258 | 719 nt | TSL 3 BASIC | 3.98 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC02274-201 | ENST00000555539 | 1174 nt | TSL 1 (best) BASIC | 3.98 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC007599.1-201 | ENST00000568688 | 1174 nt | BASIC | 3.98 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC243829.5-201 | ENST00000578447 | 247 nt | TSL 5 BASIC | 3.98 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC087399.1-201 | ENST00000579769 | 573 nt | TSL 4 BASIC | 3.98 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | OR1AB1P-201 | ENST00000585564 | 761 nt | BASIC | 3.98 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MAPKAPK5-AS1-205 | ENST00000590479 | 543 nt | TSL 2 BASIC | 3.98 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | BNIP3P27-201 | ENST00000599991 | 412 nt | BASIC | 3.98 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | 5S_rRNA.16-201 | ENST00000612928 | 119 nt | BASIC | 3.98 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | C8orf59-210 | ENST00000614462 | 734 nt | TSL 1 (best) BASIC | 3.98 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-368P-201 | ENST00000620928 | 107 nt | BASIC | 3.98 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-538P-201 | ENST00000622329 | 107 nt | BASIC | 3.98 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC00561-201 | ENST00000565815 | 2738 nt | BASIC | 3.98 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL450326.2-201 | ENST00000421913 | 1962 nt | BASIC | 3.98 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | UBA6-AS1-203 | ENST00000500538 | 3352 nt | TSL 1 (best) BASIC | 3.97 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC107027.3-201 | ENST00000565095 | 3473 nt | BASIC | 3.97 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | KANSL1L-209 | ENST00000457374 | 2264 nt | TSL 2 BASIC | 3.97 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PUS7L-207 | ENST00000551923 | 3313 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 3.97 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNFT1-201 | ENST00000305783 | 2101 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 3.97 | □□□□□ -1.77 | | |