Protein–RNA interactions for Protein: Q53GG5

PDLIM3, PDZ and LIM domain protein 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 364 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PDLIM3Q53GG5 FAM57B-204ENST00000564806 1710 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
PDLIM3Q53GG5 B4GALT2-201ENST00000309519 2004 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
PDLIM3Q53GG5 KMT5C-201ENST00000255613 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
PDLIM3Q53GG5 TMEM214-203ENST00000404032 2830 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
PDLIM3Q53GG5 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
PDLIM3Q53GG5 TRPV3-209ENST00000576742 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
PDLIM3Q53GG5 CXADR-201ENST00000284878 6254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
PDLIM3Q53GG5 TRAPPC12-202ENST00000382110 2483 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
PDLIM3Q53GG5 MOK-225ENST00000522867 1883 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
PDLIM3Q53GG5 OXT-201ENST00000217386 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
PDLIM3Q53GG5 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
PDLIM3Q53GG5 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
PDLIM3Q53GG5 HDAC1-201ENST00000373548 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
PDLIM3Q53GG5 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
PDLIM3Q53GG5 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
PDLIM3Q53GG5 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
PDLIM3Q53GG5 SFXN1-203ENST00000502393 637 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
PDLIM3Q53GG5 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
PDLIM3Q53GG5 MIEF2-207ENST00000578621 540 ntTSL 4 BASIC16.02■□□□□ 0.16
PDLIM3Q53GG5 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
PDLIM3Q53GG5 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
PDLIM3Q53GG5 CYP2T3P-201ENST00000601990 817 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
PDLIM3Q53GG5 ARMC6-202ENST00000392335 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 KBTBD2-201ENST00000304056 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 MID2-201ENST00000262843 2876 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 EVX2-201ENST00000308618 4203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 KLHL2-201ENST00000226725 3134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 AMDHD1-201ENST00000266736 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 MAP4K4-205ENST00000350878 7640 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 DPP10-203ENST00000393147 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 ASXL1-212ENST00000620121 5374 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 NIPAL2-201ENST00000341166 4581 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 PCDHA13-201ENST00000289272 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 AC093484.2-201ENST00000580996 2166 ntBASIC16.02■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 TBC1D4-202ENST00000377636 6364 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 PDZD3-203ENST00000525131 1882 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 RNASET2-214ENST00000620173 1391 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 LRCH4-201ENST00000310300 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 ARHGAP35-201ENST00000404338 8889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 AGAP5-203ENST00000581191 2779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 ENTPD6-201ENST00000354989 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 CDKN2C-201ENST00000262662 2904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 TMPOP1-202ENST00000424642 1267 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 C20orf166-AS1-202ENST00000436101 761 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 JPT2-204ENST00000561516 1065 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 SLC6A7-203ENST00000524041 2431 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 PPP1R18-201ENST00000274853 4599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 PPP1R18-205ENST00000615527 4597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 FAM109B-201ENST00000321753 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 AC098818.2-201ENST00000564925 2320 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 C5orf47-201ENST00000340147 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 STK25-204ENST00000405585 1643 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 ITGBL1-202ENST00000376180 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 SMG5-201ENST00000361813 4559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 AC087482.1-204ENST00000636067 2431 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 PPM1L-204ENST00000497343 1589 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 SLC8A3-202ENST00000356921 5250 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC16■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 CELF6-202ENST00000395258 1741 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 ADAD1-202ENST00000388724 1912 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 ITGA8-201ENST00000378076 6755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 CDC42EP3-201ENST00000295324 5700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 ESX1-201ENST00000372588 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 PIP4K2A-202ENST00000376573 3802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC16■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 MVB12A-201ENST00000317040 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 AC129492.1-201ENST00000399413 1804 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 NOMO2-212ENST00000622306 4252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 AL355987.4-201ENST00000415992 4244 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 UBFD1-201ENST00000395878 5110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 IQSEC2-202ENST00000396435 6015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 SLC22A17-211ENST00000637426 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
PDLIM3Q53GG5 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.5 ms