Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.52■■■□□ 2.8
CUX1P39880 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC32.52■■■□□ 2.8
CUX1P39880 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.52■■■□□ 2.8
CUX1P39880 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC32.52■■■□□ 2.8
CUX1P39880 ZBED3-AS1-208ENST00000512001 1668 ntTSL 3 BASIC32.52■■■□□ 2.8
CUX1P39880 AC124066.1-201ENST00000581122 1660 ntTSL 5 BASIC32.52■■■□□ 2.8
CUX1P39880 PRKRA-203ENST00000432031 1344 ntTSL 1 (best) BASIC32.52■■■□□ 2.8
CUX1P39880 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.52■■■□□ 2.8
CUX1P39880 PML-204ENST00000359928 1726 ntTSL 1 (best) BASIC32.52■■■□□ 2.8
CUX1P39880 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.52■■■□□ 2.8
CUX1P39880 SYCE1L-201ENST00000378644 858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC32.51■■■□□ 2.8
CUX1P39880 AP000721.2-201ENST00000537170 650 ntTSL 4 BASIC32.51■■■□□ 2.8
CUX1P39880 LINC02317-201ENST00000555413 426 ntTSL 3 BASIC32.51■■■□□ 2.8
CUX1P39880 AL732314.6-201ENST00000627721 484 ntTSL 4 BASIC32.51■■■□□ 2.8
CUX1P39880 CEACAM3-208ENST00000630848 1110 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.51■■■□□ 2.8
CUX1P39880 DTNBP1-203ENST00000355917 1359 ntTSL 5 BASIC32.51■■■□□ 2.8
CUX1P39880 SLC35A3-224ENST00000640732 1777 ntTSL 5 BASIC32.51■■■□□ 2.8
CUX1P39880 DBN1-210ENST00000512501 1878 ntTSL 3 BASIC32.51■■■□□ 2.8
CUX1P39880 ZSCAN1-201ENST00000282326 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.51■■■□□ 2.8
CUX1P39880 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.51■■■□□ 2.8
CUX1P39880 PIGQ-204ENST00000409527 1915 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.51■■■□□ 2.8
CUX1P39880 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.51■■■□□ 2.79
CUX1P39880 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.51■■■□□ 2.79
CUX1P39880 NDUFS7-201ENST00000233627 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.51■■■□□ 2.79
CUX1P39880 CD70-201ENST00000245903 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.51■■■□□ 2.79
CUX1P39880 BUB3-202ENST00000368859 667 ntTSL 3 BASIC32.51■■■□□ 2.79
CUX1P39880 AL603832.1-201ENST00000421943 449 ntTSL 5 BASIC32.51■■■□□ 2.79
CUX1P39880 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.51■■■□□ 2.79
CUX1P39880 PQLC2-202ENST00000375155 1805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.51■■■□□ 2.79
CUX1P39880 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
CUX1P39880 PRELID3A-203ENST00000587735 1694 ntTSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
CUX1P39880 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC32.5■■■□□ 2.79
CUX1P39880 TMEM88-201ENST00000301599 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
CUX1P39880 TNFRSF10C-202ENST00000397703 1242 ntTSL 2 BASIC32.5■■■□□ 2.79
CUX1P39880 LINC01063-201ENST00000441644 348 ntTSL 3 BASIC32.5■■■□□ 2.79
CUX1P39880 FDX1P1-201ENST00000449115 551 ntBASIC32.5■■■□□ 2.79
CUX1P39880 RASA4DP-201ENST00000460726 1199 ntBASIC32.5■■■□□ 2.79
CUX1P39880 SELENOH-204ENST00000534355 818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
CUX1P39880 YPEL3-204ENST00000563788 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.5■■■□□ 2.79
CUX1P39880 KCNE1B-204ENST00000623803 811 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
CUX1P39880 PRMT2-206ENST00000397638 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
CUX1P39880 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.49■■■□□ 2.79
CUX1P39880 S100A14-201ENST00000344616 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.49■■■□□ 2.79
CUX1P39880 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.49■■■□□ 2.79
CUX1P39880 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.49■■■□□ 2.79
CUX1P39880 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.49■■■□□ 2.79
CUX1P39880 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC32.49■■■□□ 2.79
CUX1P39880 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.49■■■□□ 2.79
CUX1P39880 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.49■■■□□ 2.79
CUX1P39880 ABO-203ENST00000611156 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.49■■■□□ 2.79
CUX1P39880 PAOX-201ENST00000278060 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.49■■■□□ 2.79
CUX1P39880 FKBP8-206ENST00000596558 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC32.48■■■□□ 2.79
CUX1P39880 CCDC106-201ENST00000308964 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.48■■■□□ 2.79
CUX1P39880 C20orf196-201ENST00000303142 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.48■■■□□ 2.79
CUX1P39880 EFCAB2-203ENST00000366523 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.48■■■□□ 2.79
CUX1P39880 CCNG1-208ENST00000510664 994 ntTSL 5 BASIC32.48■■■□□ 2.79
CUX1P39880 RN7SL510P-201ENST00000581311 263 ntBASIC32.48■■■□□ 2.79
CUX1P39880 PYCR3-207ENST00000495276 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.48■■■□□ 2.79
CUX1P39880 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC32.48■■■□□ 2.79
CUX1P39880 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.48■■■□□ 2.79
CUX1P39880 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC32.47■■■□□ 2.79
CUX1P39880 SPATA6L-207ENST00000475086 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.47■■■□□ 2.79
CUX1P39880 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC32.47■■■□□ 2.79
CUX1P39880 AP002383.4-201ENST00000442518 975 ntBASIC32.47■■■□□ 2.79
CUX1P39880 ANKRD34C-AS1-201ENST00000557790 594 ntTSL 3 BASIC32.47■■■□□ 2.79
CUX1P39880 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC32.47■■■□□ 2.79
CUX1P39880 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC32.47■■■□□ 2.79
CUX1P39880 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.47■■■□□ 2.79
CUX1P39880 LGALS1-201ENST00000215909 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.46■■■□□ 2.79
CUX1P39880 CENPX-201ENST00000306704 751 ntTSL 1 (best) BASIC32.46■■■□□ 2.79
CUX1P39880 NAT6-202ENST00000417393 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.46■■■□□ 2.79
CUX1P39880 ZSCAN1-203ENST00000601162 813 ntTSL 1 (best) BASIC32.46■■■□□ 2.79
CUX1P39880 DNAJB6-218ENST00000634080 1005 ntTSL 2 BASIC32.46■■■□□ 2.79
CUX1P39880 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.46■■■□□ 2.79
CUX1P39880 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC32.46■■■□□ 2.79
CUX1P39880 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.46■■■□□ 2.79
CUX1P39880 CCM2-202ENST00000381112 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.46■■■□□ 2.79
CUX1P39880 EFCAB11-202ENST00000538485 1870 ntTSL 2 BASIC32.46■■■□□ 2.79
CUX1P39880 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.46■■■□□ 2.79
CUX1P39880 CXorf40A-208ENST00000434353 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC32.46■■■□□ 2.79
CUX1P39880 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.46■■■□□ 2.79
CUX1P39880 HOXB8-201ENST00000239144 1823 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC32.46■■■□□ 2.79
CUX1P39880 C6orf136-203ENST00000376473 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.46■■■□□ 2.79
CUX1P39880 CHTOP-202ENST00000368687 1094 ntTSL 1 (best) BASIC32.46■■■□□ 2.79
CUX1P39880 AP000347.1-202ENST00000435868 847 ntBASIC32.46■■■□□ 2.79
CUX1P39880 SDHD-206ENST00000528182 754 ntTSL 3 BASIC32.46■■■□□ 2.79
CUX1P39880 AC004076.1-201ENST00000596831 664 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.46■■■□□ 2.79
CUX1P39880 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.45■■■□□ 2.79
CUX1P39880 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC32.45■■■□□ 2.79
CUX1P39880 AL691432.2-201ENST00000607222 2038 ntBASIC32.45■■■□□ 2.79
CUX1P39880 TNFRSF19-202ENST00000382258 1625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.45■■■□□ 2.79
CUX1P39880 GMPPA-213ENST00000622191 1473 ntTSL 5 BASIC32.45■■■□□ 2.79
CUX1P39880 ACY1-210ENST00000494103 1298 ntTSL 3 BASIC32.45■■■□□ 2.78
CUX1P39880 SYNGR2-202ENST00000585591 949 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.45■■■□□ 2.78
CUX1P39880 RHBDL1-201ENST00000219551 1560 ntTSL 1 (best) BASIC32.45■■■□□ 2.78
CUX1P39880 CYSTM1-201ENST00000261811 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.45■■■□□ 2.78
CUX1P39880 SLC38A11-203ENST00000409149 1621 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC32.45■■■□□ 2.78
CUX1P39880 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC32.45■■■□□ 2.78
CUX1P39880 GTPBP8-208ENST00000619116 1378 ntTSL 5 BASIC32.44■■■□□ 2.78
CUX1P39880 KCNK4-202ENST00000422670 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.44■■■□□ 2.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.4 ms