Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG1P18858 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG1P18858 TEX21P-204ENST00000641479 1693 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG1P18858 LONP1-201ENST00000360614 3236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG1P18858 NECTIN1-201ENST00000264025 5840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG1P18858 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG1P18858 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG1P18858 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG1P18858 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG1P18858 CELF6-205ENST00000567083 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG1P18858 NKX2-1-203ENST00000518149 2583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG1P18858 LZTS2-202ENST00000370223 2883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG1P18858 RNF146-201ENST00000309649 2624 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG1P18858 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG1P18858 PRKAR2A-206ENST00000454963 1849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG1P18858 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG1P18858 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG1P18858 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG1P18858 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG1P18858 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG1P18858 SERP1-205ENST00000487153 657 ntTSL 4 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG1P18858 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG1P18858 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG1P18858 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG1P18858 P3H1-204ENST00000397054 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG1P18858 MOXD1-203ENST00000392401 2191 ntTSL 4 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG1P18858 RCAN3-205ENST00000436717 2574 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG1P18858 PLPPR2-208ENST00000591608 2552 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG1P18858 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG1P18858 AKAP17A-201ENST00000313871 3204 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG1P18858 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG1P18858 KRT87P-201ENST00000529785 1700 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG1P18858 ADAP1-205ENST00000449296 2093 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG1P18858 MYH14-206ENST00000596571 5988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG1P18858 PRMT5-204ENST00000397441 2418 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG1P18858 TMTC1-203ENST00000539277 2758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG1P18858 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG1P18858 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG1P18858 EPN2-212ENST00000575595 1491 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG1P18858 GMPPA-213ENST00000622191 1473 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG1P18858 GMPPA-203ENST00000358215 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG1P18858 RELB-201ENST00000221452 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG1P18858 UAP1-204ENST00000367926 2294 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG1P18858 SKP2-208ENST00000546211 1589 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG1P18858 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG1P18858 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG1P18858 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG1P18858 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG1P18858 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG1P18858 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG1P18858 HIGD1A-204ENST00000452906 585 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG1P18858 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG1P18858 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG1P18858 AHCYL1-203ENST00000393614 4313 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG1P18858 ZBTB10-205ENST00000610895 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG1P18858 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG1P18858 CCND3-204ENST00000414200 1724 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG1P18858 KLHL29-203ENST00000486442 5287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG1P18858 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG1P18858 ABCG4-206ENST00000622721 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG1P18858 CHPF-201ENST00000243776 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG1P18858 B3GALNT2-201ENST00000313984 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG1P18858 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG1P18858 MOK-233ENST00000524214 1539 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIG1P18858 HSPB8-201ENST00000281938 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIG1P18858 C2orf81-201ENST00000290390 2227 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIG1P18858 NFATC4-220ENST00000555393 2235 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIG1P18858 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIG1P18858 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
LIG1P18858 AL807752.2-201ENST00000435463 301 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIG1P18858 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIG1P18858 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIG1P18858 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
LIG1P18858 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIG1P18858 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIG1P18858 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
LIG1P18858 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIG1P18858 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
LIG1P18858 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIG1P18858 KLHDC4-201ENST00000270583 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIG1P18858 SLC22A17-204ENST00000397267 2455 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIG1P18858 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIG1P18858 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIG1P18858 COX20-203ENST00000411948 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIG1P18858 MORF4L1-215ENST00000559345 1468 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIG1P18858 ATF5-201ENST00000423777 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIG1P18858 RNF146-213ENST00000610153 2070 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIG1P18858 TEPSIN-201ENST00000300714 2287 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
LIG1P18858 WNT10B-201ENST00000301061 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
LIG1P18858 ABI3-202ENST00000419580 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIG1P18858 MCIDAS-201ENST00000513312 1736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIG1P18858 SLC16A3-221ENST00000617373 2048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIG1P18858 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIG1P18858 REEP2-201ENST00000254901 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIG1P18858 AC006333.2-201ENST00000607957 2099 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
LIG1P18858 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIG1P18858 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIG1P18858 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIG1P18858 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIG1P18858 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.9 ms