Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

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Length 1,073 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 PTGER3-209ENST00000460330 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 RCC2P6-201ENST00000526625 1557 ntBASIC18.79■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC18.79■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 SHISA7-201ENST00000376325 6033 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 GPRIN2-201ENST00000374314 1696 ntAPPRIS P1 BASIC18.79■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC18.79■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 TCF3P1-201ENST00000423021 1937 ntBASIC18.78■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 DMKN-207ENST00000419602 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 HOXD12-202ENST00000406506 1318 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.78■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 GOLGA2P10-204ENST00000618004 1349 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 NES-201ENST00000368223 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 PQLC2-201ENST00000375153 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 BTBD9-205ENST00000419706 2034 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 KRT87P-201ENST00000529785 1700 ntTSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.78■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 METTL5-201ENST00000260953 1010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 TERF1P1-201ENST00000311003 1181 ntBASIC18.78■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 FAM86C1-203ENST00000426628 952 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 AC073343.2-202ENST00000430844 532 ntTSL 4 BASIC18.78■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 ECEL1P2-202ENST00000465689 757 ntBASIC18.78■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 DGCR10-201ENST00000609839 495 ntBASIC18.78■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 CLN6-221ENST00000637494 765 ntTSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 OGG1-204ENST00000339511 1815 ntTSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 HMBS-214ENST00000542729 1469 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 SUMF2-201ENST00000275607 1894 ntTSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 FGF17-201ENST00000359441 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 KRT8P8-201ENST00000434750 1448 ntBASIC18.77■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 MICU2-201ENST00000382374 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 WIPF1-203ENST00000392546 2180 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 SBK1-201ENST00000341901 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 ZNF584-202ENST00000322834 1042 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 PBXIP1-201ENST00000368460 1175 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.77■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 PMVK-201ENST00000368467 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.77■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC18.77■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 TMEM185A-204ENST00000507237 903 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 ALKAL1-202ENST00000523939 536 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 TARBP2-220ENST00000552857 916 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 CFL2-205ENST00000555765 632 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 CDKN3-209ENST00000556102 938 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 AC087498.1-201ENST00000572493 945 ntAPPRIS P1 BASIC18.77■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 AC018521.5-202ENST00000577279 374 ntTSL 3 BASIC18.77■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 AP005242.2-201ENST00000580065 1175 ntBASIC18.77■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 AC018521.5-201ENST00000582787 496 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 AP000692.2-201ENST00000608391 879 ntBASIC18.77■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 CCDC71-201ENST00000321895 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 MINOS1-NBL1-204ENST00000602662 1623 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
USP53Q70EK8 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 EPHX1-201ENST00000272167 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 MTX1-201ENST00000316721 1441 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 GPR50-AS1-201ENST00000454196 1620 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 SLC36A1-209ENST00000521925 1621 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 AC012414.5-201ENST00000564214 1602 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 AC004951.3-201ENST00000418645 1148 ntBASIC18.76■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 AC134772.1-201ENST00000438872 885 ntTSL 3 BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 ELOVL2-AS1-202ENST00000456616 903 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 SLC39A2-203ENST00000554422 1259 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 AC006504.5-207ENST00000586220 487 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 CYGB-204ENST00000589342 815 ntTSL 3 BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 KAZN-209ENST00000636564 1197 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 MAML1-201ENST00000292599 5723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 SCYL2-201ENST00000360820 5779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 INPP4A-201ENST00000074304 6752 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 AMACR-206ENST00000502637 1598 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 AP001271.2-201ENST00000624018 1556 ntBASIC18.76■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 ACTR3B-203ENST00000397282 1692 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 FGF16-201ENST00000439435 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 ZNF276-208ENST00000568064 2203 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 AC112907.3-201ENST00000577781 2400 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 RAB5A-201ENST00000273047 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 POC1A-202ENST00000394970 1999 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 ZSCAN1-201ENST00000282326 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
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