Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 NEK7-207ENST00000538004 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 AC021066.1-201ENST00000549788 647 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 IFI27L1-206ENST00000554562 571 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 AC022150.1-201ENST00000599222 640 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 AC064834.1-201ENST00000606986 503 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 AP000547.2-201ENST00000609641 661 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 POC1A-202ENST00000394970 1999 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 PEX16-202ENST00000378750 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 DXO-202ENST00000375349 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 IL17RC-202ENST00000383812 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 AKIP1-207ENST00000529876 1421 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 WIPI1-202ENST00000546360 1575 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 TMEM240-201ENST00000378733 718 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 MTG1-205ENST00000477902 1283 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 AC087623.2-201ENST00000528407 534 ntTSL 4 BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 AC020558.2-201ENST00000582325 795 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 JOSD2-204ENST00000598418 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 CALB2-202ENST00000349553 1373 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 AMACR-206ENST00000502637 1598 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 PRELID3A-201ENST00000336990 1715 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 PRELID3A-202ENST00000440960 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 TMEM235-203ENST00000550981 1786 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 CYB561D2-201ENST00000232508 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 COPE-201ENST00000262812 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 TSSC2-201ENST00000450217 709 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 AC124016.1-202ENST00000609575 619 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 ZACN-201ENST00000334586 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 MPIG6B-205ENST00000375810 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 AL603832.1-201ENST00000421943 449 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 DMKN-212ENST00000443640 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 AC009078.2-202ENST00000463353 338 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 METTL23-215ENST00000615984 1171 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 PRELID3A-203ENST00000587735 1694 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 GML-201ENST00000220940 723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 PFN1-201ENST00000225655 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 PIN1-201ENST00000247970 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 TMEM8A-201ENST00000250930 2346 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 STX18-201ENST00000306200 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 GALE-201ENST00000374497 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 PGAP1-204ENST00000409475 2443 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 IGFLR1-209ENST00000592537 1195 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 KLK7-206ENST00000597707 1054 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 TEX13A-201ENST00000600991 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 RGS3-232ENST00000620489 1503 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 AC016734.2-201ENST00000624325 1377 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 AC092720.2-201ENST00000602388 1665 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 TMEM176A-210ENST00000484928 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 TAX1BP3-201ENST00000225525 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 MICA-209ENST00000449934 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 INSL3-201ENST00000317306 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 PPIH-202ENST00000372549 327 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 ZMYM5-203ENST00000382907 1092 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 AP002383.4-201ENST00000442518 975 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 NDUFB9-202ENST00000517367 636 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 AP006621.4-201ENST00000527021 532 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 BARHL1-202ENST00000542090 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 CALM1-205ENST00000553542 877 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 SPINT1-AS1-202ENST00000564302 643 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 RNPS1-224ENST00000569598 918 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 SYNGR2-202ENST00000585591 949 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 LINC01465-201ENST00000408887 1940 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 KLHDC4-201ENST00000270583 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 ANKRD29-201ENST00000322980 1658 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 LENG8-AS1-201ENST00000416022 582 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 LINC01315-202ENST00000424852 1142 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 NUS1P1-201ENST00000446295 882 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 LINC02106-201ENST00000506534 606 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL6A1P12109 AC003688.1-201ENST00000577138 489 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.1 ms