Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 NTAN1-212ENST00000624579 1115 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 BACE2-201ENST00000328735 2824 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 PIGQ-206ENST00000422307 2052 ntTSL 3 BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 NAB2-201ENST00000300131 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 CHD1L-201ENST00000361293 2484 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 RIMBP3-201ENST00000619918 6105 ntAPPRIS P1 BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 RBM14-RBM4-201ENST00000412278 1566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 AP003356.1-202ENST00000517910 2770 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 COL15A1-201ENST00000375001 5496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 DMKN-207ENST00000419602 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 DISC1-202ENST00000317586 2636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 SAXO1-202ENST00000380534 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 PQLC2-202ENST00000375155 1805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 PMF1-BGLAP-202ENST00000368276 852 ntTSL 3 BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 CCK-203ENST00000434608 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 LINC00636-201ENST00000494231 1264 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 DHDH-203ENST00000522614 776 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 FOSL1-204ENST00000532401 1132 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 TWF2-203ENST00000499914 1440 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 TOR1A-201ENST00000351698 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 ABHD5-205ENST00000458276 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 FEZF1-202ENST00000427185 1368 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 PML-204ENST00000359928 1726 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 MOB3C-202ENST00000319928 2822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 NDUFB10-201ENST00000268668 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 LCE2B-201ENST00000368780 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 CCT7-202ENST00000398422 1234 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 AC004080.6-201ENST00000467897 919 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 LHX8-202ENST00000356261 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 PFKFB3-217ENST00000626882 1965 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 PODNL1-203ENST00000538371 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 FAM131C-201ENST00000375662 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 APTR-204ENST00000440088 2029 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 PLEKHM2-202ENST00000375799 4122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 LBX2-AS1-202ENST00000603175 2083 ntBASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 SOCS2-201ENST00000340600 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 SGCE-207ENST00000447873 1597 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 DUT-201ENST00000331200 2147 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 HOOK1-201ENST00000371208 5857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 KRT8P8-201ENST00000434750 1448 ntBASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 PTPA-204ENST00000355007 2515 ntTSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 GNS-208ENST00000543646 2164 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 C1orf52-203ENST00000471115 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 HLX-AS1-201ENST00000552026 563 ntTSL 4 BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 SMAD7-207ENST00000589634 1278 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 PRKACA-209ENST00000590853 1101 ntTSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 CR392000.1-201ENST00000624770 1228 ntBASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 SAE1-201ENST00000270225 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 C17orf62-204ENST00000437807 2242 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 P2RY6-210ENST00000542092 1674 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 SOCS2-207ENST00000549206 2072 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 CCDC151-201ENST00000356392 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS28Q9UK41 TBC1D9-201ENST00000442267 5306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 RGS11-204ENST00000397770 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 CRLF3-201ENST00000324238 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 FAM214B-203ENST00000378561 5771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 HLA-G-201ENST00000360323 1427 ntAPPRIS P2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 KRT16P1-201ENST00000399124 1418 ntBASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 STMN3-201ENST00000370053 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 BIN2-210ENST00000615107 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 DUSP15-209ENST00000486996 1651 ntTSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 RHOBTB2-201ENST00000251822 5451 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 GAMT-201ENST00000252288 1121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 FAM26F-202ENST00000368605 1117 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 AL355355.2-201ENST00000442321 338 ntBASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 ANAPC11-207ENST00000572639 578 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS28Q9UK41 RIMBP3B-201ENST00000620804 6105 ntAPPRIS P1 BASIC19.95■□□□□ 0.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.5 ms