Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP4Q13107 MESTP1-201ENST00000404287 994 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
USP4Q13107 PPP1R14BP5-201ENST00000440334 435 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
USP4Q13107 LRRC75A-AS1-205ENST00000475953 1201 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP4Q13107 USP46-AS1-201ENST00000503051 1048 ntTSL 3 BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP4Q13107 OAF-202ENST00000531220 815 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP4Q13107 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP4Q13107 FITM1-202ENST00000559294 800 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
USP4Q13107 AL158152.2-201ENST00000602703 235 ntTSL 3 BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP4Q13107 ABBA01031674.1-201ENST00000635145 728 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
USP4Q13107 AL031985.4-201ENST00000642138 673 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
USP4Q13107 WISP2-202ENST00000372865 1518 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP4Q13107 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP4Q13107 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
USP4Q13107 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP4Q13107 PAX1-201ENST00000398485 2838 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP4Q13107 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP4Q13107 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP4Q13107 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP4Q13107 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP4Q13107 TDRP-203ENST00000523656 2622 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP4Q13107 ZNF771-201ENST00000319296 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP4Q13107 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP4Q13107 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP4Q13107 HES2-203ENST00000377837 1222 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP4Q13107 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP4Q13107 AL390955.1-201ENST00000428694 934 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
USP4Q13107 AP005263.1-201ENST00000579126 914 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP4Q13107 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP4Q13107 CROCCP4-202ENST00000633627 573 ntTSL 3 BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP4Q13107 TSNAXIP1-202ENST00000415766 2338 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP4Q13107 SARDH-201ENST00000298628 1484 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP4Q13107 ST3GAL3-239ENST00000545417 1667 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP4Q13107 CHD1L-201ENST00000361293 2484 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP4Q13107 MARK2-204ENST00000402010 4728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP4Q13107 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP4Q13107 NOP56-201ENST00000329276 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP4Q13107 PRDM1-202ENST00000369091 2612 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP4Q13107 LHX8-202ENST00000356261 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP4Q13107 PTPA-204ENST00000355007 2515 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
USP4Q13107 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
USP4Q13107 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
USP4Q13107 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
USP4Q13107 IFI6-201ENST00000339145 822 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
USP4Q13107 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
USP4Q13107 CACYBP-202ENST00000405362 1059 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
USP4Q13107 NCAM1-AS1-201ENST00000526229 1081 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
USP4Q13107 TK2-213ENST00000563369 882 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
USP4Q13107 NARS2-201ENST00000281038 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
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USP4Q13107 MAP7D2-203ENST00000443379 2476 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
USP4Q13107 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
USP4Q13107 BX119927.1-201ENST00000636596 1552 ntBASIC20.33■□□□□ 0.84
USP4Q13107 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
USP4Q13107 PMPCB-202ENST00000428154 1714 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
USP4Q13107 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
USP4Q13107 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
USP4Q13107 TRPC1-203ENST00000476941 3061 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
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USP4Q13107 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
USP4Q13107 NAT6-201ENST00000354862 1330 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
USP4Q13107 BTBD1-202ENST00000379403 1467 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
USP4Q13107 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
USP4Q13107 SKOR2-202ENST00000425639 3899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
USP4Q13107 RHOC-204ENST00000369633 1295 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
USP4Q13107 AC004980.1-204ENST00000429707 299 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
USP4Q13107 ASPHD1-203ENST00000483405 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
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USP4Q13107 SIVA1-207ENST00000556195 674 ntTSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
USP4Q13107 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
USP4Q13107 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
USP4Q13107 NMRAL1-213ENST00000574733 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
USP4Q13107 RGMA-208ENST00000556658 1889 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
USP4Q13107 NDRG2-215ENST00000553503 2162 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
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USP4Q13107 CBLN2-201ENST00000269503 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
USP4Q13107 LRRC23-207ENST00000433346 1387 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
USP4Q13107 MSLN-201ENST00000382862 2116 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
USP4Q13107 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC20.31■□□□□ 0.84
USP4Q13107 GRB14-201ENST00000263915 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
USP4Q13107 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
USP4Q13107 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
USP4Q13107 LGALS12-203ENST00000394618 1618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
USP4Q13107 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
USP4Q13107 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
USP4Q13107 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
USP4Q13107 AL034417.2-201ENST00000445300 2044 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
USP4Q13107 SUMF2-201ENST00000275607 1894 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
USP4Q13107 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
USP4Q13107 TMEM234-203ENST00000373593 1411 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
USP4Q13107 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC20.31■□□□□ 0.84
USP4Q13107 SNAPIN-201ENST00000368685 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
USP4Q13107 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
USP4Q13107 MAP3K14-AS1-202ENST00000585351 893 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
USP4Q13107 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
USP4Q13107 CLN8-208ENST00000635751 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
USP4Q13107 RGS3-232ENST00000620489 1503 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
USP4Q13107 FEZF1-202ENST00000427185 1368 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
USP4Q13107 LENG9-203ENST00000611161 1916 ntAPPRIS P1 BASIC20.31■□□□□ 0.84
USP4Q13107 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
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