Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC15.04■□□□□ -0
HOXD3P31249 RBM17P1-201ENST00000453646 1190 ntBASIC15.04■□□□□ -0
HOXD3P31249 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC15.04■□□□□ -0
HOXD3P31249 MCRIP1-206ENST00000573478 1123 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
HOXD3P31249 AC010336.4-201ENST00000595655 438 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
HOXD3P31249 WWC1-201ENST00000265293 7130 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
HOXD3P31249 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
HOXD3P31249 UBR3-203ENST00000418381 7951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
HOXD3P31249 ENTPD8-201ENST00000344119 2111 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
HOXD3P31249 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
HOXD3P31249 TPST2-202ENST00000398110 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
HOXD3P31249 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
HOXD3P31249 STK16-201ENST00000396738 1673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
HOXD3P31249 TMEM179-206ENST00000616017 1645 ntBASIC15.03■□□□□ -0
HOXD3P31249 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
HOXD3P31249 RPUSD2-202ENST00000559271 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
HOXD3P31249 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
HOXD3P31249 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
HOXD3P31249 PSMD6-201ENST00000295901 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
HOXD3P31249 MTX1-201ENST00000316721 1441 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
HOXD3P31249 KRT8P9-201ENST00000558927 1449 ntBASIC15.03■□□□□ -0
HOXD3P31249 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
HOXD3P31249 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
HOXD3P31249 BRSK2-201ENST00000308219 4089 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
HOXD3P31249 RNASEH2C-203ENST00000528220 1337 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
HOXD3P31249 ARMC10P1-201ENST00000313754 855 ntBASIC15.03■□□□□ -0
HOXD3P31249 AC093620.1-201ENST00000342963 583 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
HOXD3P31249 KRT18P35-201ENST00000510488 1269 ntBASIC15.03■□□□□ -0
HOXD3P31249 REXO1L10P-201ENST00000615707 1290 ntBASIC15.03■□□□□ -0
HOXD3P31249 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
HOXD3P31249 MTFP1-206ENST00000629597 482 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
HOXD3P31249 AL590627.2-201ENST00000637510 144 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
HOXD3P31249 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
HOXD3P31249 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
HOXD3P31249 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
HOXD3P31249 ADAD1-202ENST00000388724 1912 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
HOXD3P31249 PPP5C-202ENST00000391919 1929 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
HOXD3P31249 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
HOXD3P31249 ACAP3-201ENST00000353662 2280 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
HOXD3P31249 FBXO31-201ENST00000311635 5934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
HOXD3P31249 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
HOXD3P31249 PQLC2-201ENST00000375153 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
HOXD3P31249 B4GALT1-202ENST00000535206 1535 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
HOXD3P31249 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
HOXD3P31249 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC15.02■□□□□ -0
HOXD3P31249 CELF6-205ENST00000567083 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
HOXD3P31249 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
HOXD3P31249 SLC35E2-201ENST00000246421 1430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
HOXD3P31249 ARHGAP23-222ENST00000622683 5964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
HOXD3P31249 GRINA-201ENST00000313269 1968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
HOXD3P31249 PNMA8B-202ENST00000599531 5308 ntAPPRIS P1 BASIC15.02■□□□□ -0
HOXD3P31249 CHD1L-201ENST00000361293 2484 ntTSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
HOXD3P31249 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
HOXD3P31249 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
HOXD3P31249 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
HOXD3P31249 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC15.02■□□□□ -0
HOXD3P31249 LINC01184-202ENST00000501173 949 ntTSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
HOXD3P31249 AC093752.1-201ENST00000511950 605 ntTSL 4 BASIC15.02■□□□□ -0
HOXD3P31249 NUDT16P1-203ENST00000513809 620 ntBASIC15.02■□□□□ -0
HOXD3P31249 SLC25A11-202ENST00000544061 952 ntTSL 3 BASIC15.02■□□□□ -0
HOXD3P31249 TMEM235-204ENST00000551068 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
HOXD3P31249 AC005363.2-201ENST00000618631 242 ntBASIC15.02■□□□□ -0
HOXD3P31249 SPINK2-206ENST00000618802 608 ntTSL 3 BASIC15.02■□□□□ -0
HOXD3P31249 CR392000.1-201ENST00000624770 1228 ntBASIC15.02■□□□□ -0
HOXD3P31249 LTBP1-203ENST00000404816 6333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.02□□□□□ -0.01
HOXD3P31249 TPBGL-201ENST00000562197 2793 ntAPPRIS P1 BASIC15.02□□□□□ -0.01
HOXD3P31249 BLCAP-208ENST00000414542 2205 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.02□□□□□ -0.01
HOXD3P31249 PMPCB-202ENST00000428154 1714 ntTSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
HOXD3P31249 ABHD5-205ENST00000458276 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
HOXD3P31249 RASL12-201ENST00000220062 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
HOXD3P31249 GNA12-201ENST00000275364 4378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
HOXD3P31249 RBM14-RBM4-201ENST00000412278 1566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.02□□□□□ -0.01
HOXD3P31249 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
HOXD3P31249 MAP2K2-202ENST00000394867 1471 ntTSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
HOXD3P31249 DACH1-202ENST00000613252 5233 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
HOXD3P31249 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC15.01□□□□□ -0.01
HOXD3P31249 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
HOXD3P31249 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
HOXD3P31249 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
HOXD3P31249 KAZN-203ENST00000376030 6030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
HOXD3P31249 NAT8L-201ENST00000331662 5571 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
HOXD3P31249 WBP2-213ENST00000590221 1745 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.01□□□□□ -0.01
HOXD3P31249 PTCRA-201ENST00000304672 1080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
HOXD3P31249 ICAM4-201ENST00000340992 1176 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
HOXD3P31249 COQ10B-203ENST00000409398 879 ntTSL 3 BASIC15.01□□□□□ -0.01
HOXD3P31249 AL390955.1-201ENST00000428694 934 ntBASIC15.01□□□□□ -0.01
HOXD3P31249 PTCRA-202ENST00000441198 1005 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
HOXD3P31249 PTCRA-203ENST00000446507 759 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
HOXD3P31249 BABAM1-202ENST00000447614 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
HOXD3P31249 MFSD4A-206ENST00000489709 1136 ntTSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
HOXD3P31249 AL049597.2-201ENST00000565575 961 ntBASIC15.01□□□□□ -0.01
HOXD3P31249 C1QL1P1-201ENST00000568105 661 ntBASIC15.01□□□□□ -0.01
HOXD3P31249 ZNF561-AS1-202ENST00000586614 568 ntTSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
HOXD3P31249 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
HOXD3P31249 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
HOXD3P31249 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
HOXD3P31249 MARCH8-201ENST00000319836 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
HOXD3P31249 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
HOXD3P31249 DTX2-212ENST00000446820 1770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
HOXD3P31249 ZSCAN1-201ENST00000282326 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.4 ms