Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
CHMP4AQ9BY43 KLHL21-206ENST00000610898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
CHMP4AQ9BY43 NT5C1A-201ENST00000235628 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
CHMP4AQ9BY43 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
CHMP4AQ9BY43 CCDC124-201ENST00000445755 938 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
CHMP4AQ9BY43 YKT6-207ENST00000496112 1270 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
CHMP4AQ9BY43 CCDC124-203ENST00000597436 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
CHMP4AQ9BY43 AC130371.2-201ENST00000619443 611 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
CHMP4AQ9BY43 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 SLC52A2-209ENST00000530047 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 PAOX-201ENST00000278060 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 IRF7-201ENST00000330243 1992 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 RRAS-201ENST00000246792 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 C9orf129-201ENST00000375419 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 AC004951.3-201ENST00000418645 1148 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 TPGS2-221ENST00000614939 1268 ntTSL 4 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 ABBA01031674.1-201ENST00000635145 728 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 KCNK4-207ENST00000539216 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 PIGQ-204ENST00000409527 1915 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 SBK1-201ENST00000341901 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 INPP4A-201ENST00000074304 6752 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 KRT18-207ENST00000550600 1696 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 L2HGDH-203ENST00000421284 1958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 AL445645.1-201ENST00000451318 1019 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 B3GAT3P1-201ENST00000471720 806 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 ANKRD13D-216ENST00000514166 2138 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 AC003005.1-201ENST00000601674 582 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 GLDC-219ENST00000640208 420 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 PRSS50-202ENST00000315170 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 MRPL2-202ENST00000388752 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 CAMKV-205ENST00000467248 1688 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 FAM228A-201ENST00000295150 1774 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 KCNK6-201ENST00000263372 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 HOXD12-202ENST00000406506 1318 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 SLC7A10-201ENST00000253188 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 MMP28-201ENST00000605424 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 B4GALT5-201ENST00000371711 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 RAB34-204ENST00000395245 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 PVRIG-201ENST00000317271 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 AC009487.1-202ENST00000437683 402 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 RBM17P1-201ENST00000453646 1190 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 NEURL1B-202ENST00000520919 1089 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 SMIM1-203ENST00000561886 491 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 FXYD3-214ENST00000605677 633 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 MAP3K21-203ENST00000366624 5809 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 TMPRSS5-212ENST00000545579 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 LBX2-AS1-202ENST00000603175 2083 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 ZGPAT-203ENST00000357119 1896 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 FENDRR-203ENST00000595886 3095 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 TMC6-201ENST00000306591 1681 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 GMPPA-213ENST00000622191 1473 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 ITPKB-203ENST00000429204 6162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 MAP7D2-203ENST00000443379 2476 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 CXXC4-201ENST00000394767 5565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 MMP23A-201ENST00000234610 1017 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 DAB1-202ENST00000371230 1150 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 HYAL3-203ENST00000415204 959 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 BNIP3L-204ENST00000520409 739 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 TGIF1-222ENST00000577543 729 ntTSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 SMARCB1-204ENST00000407422 1643 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 GPRIN2-201ENST00000374314 1696 ntAPPRIS P1 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 RCC2P6-201ENST00000526625 1557 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 BPIFB3-201ENST00000375494 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 RTN4-207ENST00000402434 1456 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 EFCAB11-202ENST00000538485 1870 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CHMP4AQ9BY43 KRTCAP3-201ENST00000288873 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.2 ms