Protein–RNA interactions for Protein: Q95604

HLA-C, HLA class I histocompatibility antigen, Cw-17 alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 372 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-CQ95604 KRT18P1-202ENST00000452408 1331 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 CCDC74A-206ENST00000467992 1347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 EPHX1-201ENST00000272167 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 HBQ1-201ENST00000199708 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 IL17C-201ENST00000244241 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 RTBDN-202ENST00000393233 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.23■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 RPP21-221ENST00000428040 594 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 RPP21-224ENST00000442966 525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 AL133343.2-201ENST00000457213 370 ntTSL 3 BASIC20.23■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 RASA4DP-201ENST00000460726 1199 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 MIR130B-201ENST00000498589 1093 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 TESMIN-209ENST00000544963 1235 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 SLC25A6P4-201ENST00000586535 553 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 KLK7-206ENST00000597707 1054 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 AC020909.1-201ENST00000599632 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 TMEM179-206ENST00000616017 1645 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 CHID1-203ENST00000436108 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 CYSTM1-201ENST00000261811 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 TMEM176A-210ENST00000484928 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 SMTN-204ENST00000404574 1735 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 WWOX-202ENST00000402655 1594 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 AURKAIP1-202ENST00000338338 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 KCNK7-202ENST00000342202 1283 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 RPS14-203ENST00000407193 784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 AC093734.1-201ENST00000416100 242 ntTSL 3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 PRSS42-201ENST00000429665 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 HELT-202ENST00000505610 846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 AP002469.2-201ENST00000531724 424 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 AC004771.4-201ENST00000576752 474 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 AC084125.4-201ENST00000580385 338 ntTSL 3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 ZNF549-203ENST00000594943 556 ntTSL 4 BASIC20.22■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 FXYD3-214ENST00000605677 633 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 DMKN-207ENST00000419602 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 DPP3P2-201ENST00000416030 1696 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 SRSF1-208ENST00000584773 1317 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 ASL-205ENST00000395332 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 PGLS-201ENST00000252603 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 DMKN-215ENST00000451297 1111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 KRT8P26-201ENST00000534154 1276 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 ADAM10-217ENST00000561288 583 ntTSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 ZFPM1-205ENST00000569086 563 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 PPP1R1B-208ENST00000580825 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 NRM-203ENST00000376421 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 CCDC106-201ENST00000308964 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 AMACR-205ENST00000426255 1316 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 SELENOF-207ENST00000611507 1785 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 TAX1BP3-201ENST00000225525 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
HLA-CQ95604 CASKIN2-205ENST00000581870 1612 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 AKIP1-207ENST00000529876 1421 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 ZNF575-201ENST00000314228 1298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 TRAPPC3-202ENST00000373162 1056 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 TEX30-205ENST00000376029 959 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 KCNAB2-205ENST00000378092 1202 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 RPL36-202ENST00000394580 556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 AL645608.6-201ENST00000418300 402 ntTSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 LINC01128-207ENST00000449005 874 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 KLK12-205ENST00000529888 735 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 AC120114.3-201ENST00000611923 658 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 AC215522.2-202ENST00000633163 1143 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 CRHR1-214ENST00000619154 2370 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 PCMT1-203ENST00000367384 1938 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 HINT1-201ENST00000304043 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 GGT1-208ENST00000404920 657 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 ING5-202ENST00000406941 946 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 CHCHD2P8-201ENST00000429873 447 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 ENO1-AS1-201ENST00000442636 456 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 GGTLC2-203ENST00000480559 657 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 PNN-202ENST00000553331 656 ntTSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 CALM3-211ENST00000598871 561 ntTSL 4 BASIC20.19■□□□□ 0.82
HLA-CQ95604 AL671883.3-201ENST00000603274 991 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.9 ms