Protein–RNA interactions for Protein: Q62158

Trim27, Zinc finger protein RFP, mousemouse

Predictions only

Length 513 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim27Q62158 Tmpo-205ENSMUST00000105293 1842 ntTSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
Trim27Q62158 Snx3-203ENSMUST00000105500 753 ntTSL 5 BASIC29.32■■■□□ 2.28
Trim27Q62158 Tnfsfm13-203ENSMUST00000180587 2235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.32■■■□□ 2.28
Trim27Q62158 Mapkap1-201ENSMUST00000113123 1530 ntTSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
Trim27Q62158 Six3-201ENSMUST00000162695 2838 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
Trim27Q62158 Otud5-205ENSMUST00000115668 2543 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
Trim27Q62158 AC153890.1-201ENSMUST00000220021 2469 ntBASIC29.3■■■□□ 2.28
Trim27Q62158 E130218I03Rik-208ENSMUST00000144222 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
Trim27Q62158 Pm20d2-202ENSMUST00000119167 1339 ntTSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
Trim27Q62158 Rnf19b-201ENSMUST00000030584 2414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.28■■■□□ 2.28
Trim27Q62158 Gm20402-201ENSMUST00000174738 687 ntTSL 3 BASIC29.28■■■□□ 2.28
Trim27Q62158 Gm12523-201ENSMUST00000148844 599 ntTSL 5 BASIC29.27■■■□□ 2.28
Trim27Q62158 Gm31266-201ENSMUST00000192060 656 ntTSL 5 BASIC29.27■■■□□ 2.28
Trim27Q62158 Nans-201ENSMUST00000030018 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
Trim27Q62158 Rbmxl2-201ENSMUST00000098135 1472 ntAPPRIS P1 BASIC29.27■■■□□ 2.28
Trim27Q62158 Hoxb3os-202ENSMUST00000147410 1945 ntTSL 5 BASIC29.27■■■□□ 2.28
Trim27Q62158 Uba52-207ENSMUST00000140679 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
Trim27Q62158 Chrna5-204ENSMUST00000217408 2446 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
Trim27Q62158 Tmem260-208ENSMUST00000226400 2281 ntAPPRIS ALT2 BASIC29.24■■■□□ 2.27
Trim27Q62158 Zxdb-201ENSMUST00000101388 5619 ntAPPRIS P1 BASIC29.24■■■□□ 2.27
Trim27Q62158 Gm9939-201ENSMUST00000067161 1154 ntBASIC29.24■■■□□ 2.27
Trim27Q62158 Suv39h2-202ENSMUST00000060618 1831 ntTSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
Trim27Q62158 Ei24-202ENSMUST00000163192 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
Trim27Q62158 Cited2-201ENSMUST00000038107 1979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
Trim27Q62158 Dnajb2-202ENSMUST00000082158 1253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
Trim27Q62158 Nhlrc1-201ENSMUST00000052747 2294 ntAPPRIS P1 BASIC29.23■■■□□ 2.27
Trim27Q62158 Esrra-201ENSMUST00000025906 2242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
Trim27Q62158 Maf-201ENSMUST00000069009 3223 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
Trim27Q62158 Ebf4-203ENSMUST00000110288 2982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.21■■■□□ 2.27
Trim27Q62158 Cpsf4-205ENSMUST00000160629 1713 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
Trim27Q62158 Pex10-201ENSMUST00000103180 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
Trim27Q62158 Phox2a-201ENSMUST00000008090 1609 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
Trim27Q62158 AC122428.3-201ENSMUST00000215551 2290 ntBASIC29.19■■■□□ 2.26
Trim27Q62158 Fzd9-201ENSMUST00000062572 2293 ntAPPRIS P1 BASIC29.19■■■□□ 2.26
Trim27Q62158 Fank1-204ENSMUST00000209511 1392 ntTSL 5 BASIC29.19■■■□□ 2.26
Trim27Q62158 Tmem200b-201ENSMUST00000094666 1370 ntAPPRIS P1 BASIC29.19■■■□□ 2.26
Trim27Q62158 Grasp-201ENSMUST00000000543 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
Trim27Q62158 Adprhl2-201ENSMUST00000102617 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
Trim27Q62158 Pradc1-201ENSMUST00000032080 1038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
Trim27Q62158 Tceal5-201ENSMUST00000066819 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
Trim27Q62158 Map2k7-207ENSMUST00000110999 1578 ntTSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
Trim27Q62158 Gemin7-202ENSMUST00000117222 1023 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.12■■■□□ 2.25
Trim27Q62158 Crls1-201ENSMUST00000028835 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
Trim27Q62158 Gm6821-201ENSMUST00000107540 542 ntBASIC29.1■■■□□ 2.25
Trim27Q62158 Efcc1-202ENSMUST00000159570 2293 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.1■■■□□ 2.25
Trim27Q62158 Clk2-202ENSMUST00000121212 2154 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
Trim27Q62158 Glrx2-205ENSMUST00000145571 758 ntTSL 2 BASIC29.09■■■□□ 2.25
Trim27Q62158 Gm37847-201ENSMUST00000192163 1497 ntBASIC29.09■■■□□ 2.25
Trim27Q62158 Gm31748-201ENSMUST00000194938 1497 ntBASIC29.09■■■□□ 2.25
Trim27Q62158 Suds3-201ENSMUST00000086471 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
Trim27Q62158 Ica1-201ENSMUST00000038403 2075 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
Trim27Q62158 Pde8b-204ENSMUST00000159608 2370 ntTSL 5 BASIC29.08■■■□□ 2.25
Trim27Q62158 Iscu-203ENSMUST00000112312 1116 ntTSL 5 BASIC29.07■■■□□ 2.24
Trim27Q62158 Gpr12-201ENSMUST00000036211 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
Trim27Q62158 Tirap-205ENSMUST00000176685 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
Trim27Q62158 4931440P22Rik-201ENSMUST00000099076 1786 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
Trim27Q62158 Gm19582-201ENSMUST00000187511 841 ntTSL 2 BASIC29.05■■■□□ 2.24
Trim27Q62158 Gskip-202ENSMUST00000222284 1064 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
Trim27Q62158 Cib1-201ENSMUST00000065163 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
Trim27Q62158 Arhgdia-201ENSMUST00000067936 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
Trim27Q62158 Ccna1-202ENSMUST00000197238 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.04■■■□□ 2.24
Trim27Q62158 Dnttip1-201ENSMUST00000017443 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
Trim27Q62158 Gm28052-201ENSMUST00000150388 380 ntTSL 3 BASIC29.03■■■□□ 2.24
Trim27Q62158 Bcl7c-207ENSMUST00000207019 654 ntTSL 3 BASIC29.03■■■□□ 2.24
Trim27Q62158 Adra1d-201ENSMUST00000103184 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
Trim27Q62158 Hnrnpl-201ENSMUST00000038572 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
Trim27Q62158 Ell2-205ENSMUST00000222194 434 ntTSL 3 BASIC29.02■■■□□ 2.24
Trim27Q62158 Serpinb6a-206ENSMUST00000167163 1654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.02■■■□□ 2.24
Trim27Q62158 Ccdc136-206ENSMUST00000145310 1703 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.23
Trim27Q62158 Gm8503-201ENSMUST00000118131 455 ntBASIC29.01■■■□□ 2.23
Trim27Q62158 Smarcad1-211ENSMUST00000204696 734 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
Trim27Q62158 Phlda3-201ENSMUST00000038945 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
Trim27Q62158 Actr3b-202ENSMUST00000128727 2031 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
Trim27Q62158 Mxd4-202ENSMUST00000119171 1160 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
Trim27Q62158 Gm11529-201ENSMUST00000153012 639 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
Trim27Q62158 4930542C12Rik-201ENSMUST00000171096 1203 ntBASIC29■■■□□ 2.23
Trim27Q62158 Maz-201ENSMUST00000032916 2347 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
Trim27Q62158 Efna2-201ENSMUST00000003154 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
Trim27Q62158 Tsen34-211ENSMUST00000205287 1375 ntTSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
Trim27Q62158 Particl-201ENSMUST00000205370 1560 ntBASIC28.98■■■□□ 2.23
Trim27Q62158 Bin1-202ENSMUST00000091967 2118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
Trim27Q62158 Tmem55b-201ENSMUST00000049312 1594 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
Trim27Q62158 Ildr2-206ENSMUST00000194964 2467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
Trim27Q62158 3110021N24Rik-201ENSMUST00000178992 1812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
Trim27Q62158 Gm960-204ENSMUST00000225896 2202 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.96■■■□□ 2.23
Trim27Q62158 Cadm1-209ENSMUST00000152459 1784 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
Trim27Q62158 AY074887-201ENSMUST00000054018 769 ntAPPRIS P1 BASIC28.95■■■□□ 2.22
Trim27Q62158 Rcor3-207ENSMUST00000192866 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
Trim27Q62158 Snta1-201ENSMUST00000028991 2125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
Trim27Q62158 Cys1-207ENSMUST00000186602 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
Trim27Q62158 Eci1-201ENSMUST00000024946 1091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
Trim27Q62158 Hibadh-201ENSMUST00000031788 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
Trim27Q62158 2510039O18Rik-201ENSMUST00000103232 2731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
Trim27Q62158 Gm14121-201ENSMUST00000121441 1380 ntBASIC28.9■■■□□ 2.22
Trim27Q62158 Cln6-201ENSMUST00000034776 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
Trim27Q62158 Gas2l1-201ENSMUST00000037146 2686 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
Trim27Q62158 Dlg1-203ENSMUST00000100001 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
Trim27Q62158 Gm26536-201ENSMUST00000181072 1196 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
Trim27Q62158 Arhgap9-203ENSMUST00000219026 1946 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
Trim27Q62158 Cacfd1-203ENSMUST00000114005 1286 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24 ms