Protein–RNA interactions for Protein: Q3ULL6

Upf3b, UPF3 regulator of nonsense transcripts homolog B (yeast), mousemouse

Predictions only

Length 472 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Upf3bQ3ULL6 St7-208ENSMUST00000115419 2194 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
Upf3bQ3ULL6 Tsen34-211ENSMUST00000205287 1375 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
Upf3bQ3ULL6 Map3k10-204ENSMUST00000138243 1621 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Upf3bQ3ULL6 Mxd4-202ENSMUST00000119171 1160 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Upf3bQ3ULL6 Ebf4-203ENSMUST00000110288 2982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
Upf3bQ3ULL6 Guk1-204ENSMUST00000170202 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
Upf3bQ3ULL6 Plin1-206ENSMUST00000205915 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Upf3bQ3ULL6 Chrna5-204ENSMUST00000217408 2446 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Upf3bQ3ULL6 Tmpo-205ENSMUST00000105293 1842 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Upf3bQ3ULL6 Rcan1-202ENSMUST00000060005 2324 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Upf3bQ3ULL6 Anapc11-202ENSMUST00000093140 962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Upf3bQ3ULL6 E130218I03Rik-208ENSMUST00000144222 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Upf3bQ3ULL6 B3gat1-201ENSMUST00000115269 1665 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Upf3bQ3ULL6 Mnx1-201ENSMUST00000001608 2018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.63
Upf3bQ3ULL6 Grasp-201ENSMUST00000000543 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
Upf3bQ3ULL6 Irf2bp2-201ENSMUST00000054960 5080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.63
Upf3bQ3ULL6 Ryk-201ENSMUST00000035142 2852 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Upf3bQ3ULL6 Cacfd1-203ENSMUST00000114005 1286 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Upf3bQ3ULL6 Eci1-201ENSMUST00000024946 1091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Upf3bQ3ULL6 Phox2a-201ENSMUST00000008090 1609 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Upf3bQ3ULL6 Zfyve21-201ENSMUST00000021714 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
Upf3bQ3ULL6 1110065P20Rik-201ENSMUST00000106190 968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
Upf3bQ3ULL6 Gemin7-202ENSMUST00000117222 1023 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
Upf3bQ3ULL6 Maf-201ENSMUST00000069009 3223 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Upf3bQ3ULL6 Gxylt1-202ENSMUST00000057896 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
Upf3bQ3ULL6 Ankrd28-201ENSMUST00000014640 6712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
Upf3bQ3ULL6 Jmy-202ENSMUST00000220513 1843 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
Upf3bQ3ULL6 Ppa2-201ENSMUST00000029644 1226 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
Upf3bQ3ULL6 Ints11-202ENSMUST00000120794 1884 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
Upf3bQ3ULL6 Clptm1l-201ENSMUST00000022102 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
Upf3bQ3ULL6 Kansl2-201ENSMUST00000023727 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
Upf3bQ3ULL6 Igfbp3-202ENSMUST00000135887 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Upf3bQ3ULL6 Gfra4-203ENSMUST00000110234 600 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Upf3bQ3ULL6 Gfra4-204ENSMUST00000110235 573 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Upf3bQ3ULL6 Gpr27-201ENSMUST00000101122 2388 ntAPPRIS P1 BASIC25.13■■□□□ 1.61
Upf3bQ3ULL6 Flt3l-211ENSMUST00000211429 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Upf3bQ3ULL6 Ube2e2-205ENSMUST00000150727 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
Upf3bQ3ULL6 Preb-209ENSMUST00000202567 1869 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
Upf3bQ3ULL6 Adgrb1-203ENSMUST00000185682 2744 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
Upf3bQ3ULL6 Cpsf4-205ENSMUST00000160629 1713 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
Upf3bQ3ULL6 Thra-202ENSMUST00000103139 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
Upf3bQ3ULL6 Otulin-201ENSMUST00000059662 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Upf3bQ3ULL6 Kcna7-201ENSMUST00000107774 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
Upf3bQ3ULL6 Xkr7-201ENSMUST00000037235 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
Upf3bQ3ULL6 Csnk1g2-201ENSMUST00000079773 2348 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
Upf3bQ3ULL6 Frat2-201ENSMUST00000059231 2161 ntAPPRIS P1 BASIC25.07■■□□□ 1.6
Upf3bQ3ULL6 Dtnbp1-202ENSMUST00000110128 1305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
Upf3bQ3ULL6 Vdac1-202ENSMUST00000102758 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Upf3bQ3ULL6 Msto1-202ENSMUST00000126245 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Upf3bQ3ULL6 Zswim6-201ENSMUST00000105097 5456 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
Upf3bQ3ULL6 Particl-201ENSMUST00000205370 1560 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
Upf3bQ3ULL6 A030003K21Rik-201ENSMUST00000222600 830 ntAPPRIS P1 BASIC25.06■■□□□ 1.6
Upf3bQ3ULL6 Pex10-201ENSMUST00000103180 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Upf3bQ3ULL6 Hoxb3os-202ENSMUST00000147410 1945 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
Upf3bQ3ULL6 Mtor-201ENSMUST00000057580 1003 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
Upf3bQ3ULL6 Gnaq-201ENSMUST00000025541 5644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Upf3bQ3ULL6 Pcsk1n-201ENSMUST00000041096 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Upf3bQ3ULL6 1700084E18Rik-202ENSMUST00000205624 729 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
Upf3bQ3ULL6 Rcor3-207ENSMUST00000192866 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
Upf3bQ3ULL6 Paqr3-202ENSMUST00000112968 1875 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
Upf3bQ3ULL6 Panx2-202ENSMUST00000161372 2314 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
Upf3bQ3ULL6 Esrra-201ENSMUST00000025906 2242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
Upf3bQ3ULL6 Zfp422-201ENSMUST00000057540 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
Upf3bQ3ULL6 E2f6-201ENSMUST00000020908 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
Upf3bQ3ULL6 Snrpe-202ENSMUST00000164574 597 ntTSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
Upf3bQ3ULL6 Emid1-201ENSMUST00000062821 1947 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
Upf3bQ3ULL6 Srcap-211ENSMUST00000189136 1960 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
Upf3bQ3ULL6 Gm37847-201ENSMUST00000192163 1497 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
Upf3bQ3ULL6 Gm31748-201ENSMUST00000194938 1497 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
Upf3bQ3ULL6 Zfp91-201ENSMUST00000038627 5531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
Upf3bQ3ULL6 Gm27021-201ENSMUST00000181333 758 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25■■□□□ 1.59
Upf3bQ3ULL6 Adprhl2-201ENSMUST00000102617 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
Upf3bQ3ULL6 Serpinb6a-206ENSMUST00000167163 1654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
Upf3bQ3ULL6 C130046K22Rik-201ENSMUST00000129780 727 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
Upf3bQ3ULL6 3110021N24Rik-201ENSMUST00000178992 1812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
Upf3bQ3ULL6 Gm7432-201ENSMUST00000210343 879 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
Upf3bQ3ULL6 Fus-201ENSMUST00000077609 1831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
Upf3bQ3ULL6 Ctbp1-211ENSMUST00000202868 2436 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
Upf3bQ3ULL6 Uncx-201ENSMUST00000172997 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
Upf3bQ3ULL6 Crls1-201ENSMUST00000028835 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
Upf3bQ3ULL6 Suv39h2-202ENSMUST00000060618 1831 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
Upf3bQ3ULL6 Ccdc136-206ENSMUST00000145310 1703 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
Upf3bQ3ULL6 Hspb1-202ENSMUST00000111155 930 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
Upf3bQ3ULL6 Bcl7b-202ENSMUST00000111187 564 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
Upf3bQ3ULL6 Stradb-202ENSMUST00000114296 1348 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
Upf3bQ3ULL6 Gm15156-201ENSMUST00000148217 417 ntTSL 3 BASIC24.96■■□□□ 1.59
Upf3bQ3ULL6 AC131739.1-201ENSMUST00000221692 1245 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
Upf3bQ3ULL6 Tmem55b-201ENSMUST00000049312 1594 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
Upf3bQ3ULL6 Cited2-203ENSMUST00000219558 2411 ntAPPRIS P1 BASIC24.95■■□□□ 1.59
Upf3bQ3ULL6 Hibadh-201ENSMUST00000031788 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
Upf3bQ3ULL6 Sox3-201ENSMUST00000135107 2065 ntAPPRIS P1 BASIC24.95■■□□□ 1.58
Upf3bQ3ULL6 Dnttip1-201ENSMUST00000017443 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
Upf3bQ3ULL6 Fam89a-201ENSMUST00000055257 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
Upf3bQ3ULL6 E2f1-201ENSMUST00000000894 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
Upf3bQ3ULL6 Slc39a13-201ENSMUST00000073575 2469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
Upf3bQ3ULL6 C2cd4b-201ENSMUST00000171652 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
Upf3bQ3ULL6 Maz-204ENSMUST00000206254 2282 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
Upf3bQ3ULL6 Nudt9-201ENSMUST00000031250 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
Upf3bQ3ULL6 Gm26536-201ENSMUST00000181072 1196 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
Upf3bQ3ULL6 Rexo2-210ENSMUST00000217037 609 ntTSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 32.1 ms