Protein–RNA interactions for Protein: Q3ULL6

Upf3b, UPF3 regulator of nonsense transcripts homolog B (yeast), mousemouse

Predictions only

Length 472 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Upf3bQ3ULL6 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC39,81■■■■□ 3,96
Upf3bQ3ULL6 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC36,62■■■■□ 3,45
Upf3bQ3ULL6 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36,35■■■■□ 3,41
Upf3bQ3ULL6 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36,2■■■■□ 3,39
Upf3bQ3ULL6 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,48■■■■□ 3,27
Upf3bQ3ULL6 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC35,2■■■■□ 3,23
Upf3bQ3ULL6 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35,16■■■■□ 3,22
Upf3bQ3ULL6 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC34,48■■■■□ 3,11
Upf3bQ3ULL6 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC34,3■■■■□ 3,08
Upf3bQ3ULL6 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,02■■■■□ 3,04
Upf3bQ3ULL6 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34■■■■□ 3,03
Upf3bQ3ULL6 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC33,67■■■□□ 2,98
Upf3bQ3ULL6 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33,58■■■□□ 2,97
Upf3bQ3ULL6 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC33,48■■■□□ 2,95
Upf3bQ3ULL6 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC33,32■■■□□ 2,92
Upf3bQ3ULL6 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33,3■■■□□ 2,92
Upf3bQ3ULL6 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC33,3■■■□□ 2,92
Upf3bQ3ULL6 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,29■■■□□ 2,92
Upf3bQ3ULL6 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,11■■■□□ 2,89
Upf3bQ3ULL6 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33,01■■■□□ 2,88
Upf3bQ3ULL6 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32,95■■■□□ 2,86
Upf3bQ3ULL6 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32,82■■■□□ 2,84
Upf3bQ3ULL6 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32,81■■■□□ 2,84
Upf3bQ3ULL6 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32,75■■■□□ 2,83
Upf3bQ3ULL6 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32,74■■■□□ 2,83
Upf3bQ3ULL6 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC32,65■■■□□ 2,82
Upf3bQ3ULL6 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32,62■■■□□ 2,81
Upf3bQ3ULL6 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32,61■■■□□ 2,81
Upf3bQ3ULL6 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32,52■■■□□ 2,8
Upf3bQ3ULL6 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC32,44■■■□□ 2,78
Upf3bQ3ULL6 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32,39■■■□□ 2,78
Upf3bQ3ULL6 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC32,34■■■□□ 2,77
Upf3bQ3ULL6 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32,3■■■□□ 2,76
Upf3bQ3ULL6 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC32,24■■■□□ 2,75
Upf3bQ3ULL6 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32,08■■■□□ 2,73
Upf3bQ3ULL6 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32,04■■■□□ 2,72
Upf3bQ3ULL6 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,77■■■□□ 2,68
Upf3bQ3ULL6 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,75■■■□□ 2,67
Upf3bQ3ULL6 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC31,72■■■□□ 2,67
Upf3bQ3ULL6 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31,67■■■□□ 2,66
Upf3bQ3ULL6 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC31,65■■■□□ 2,66
Upf3bQ3ULL6 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,49■■■□□ 2,63
Upf3bQ3ULL6 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,48■■■□□ 2,63
Upf3bQ3ULL6 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC31,43■■■□□ 2,62
Upf3bQ3ULL6 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,42■■■□□ 2,62
Upf3bQ3ULL6 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC31,34■■■□□ 2,61
Upf3bQ3ULL6 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC31,3■■■□□ 2,6
Upf3bQ3ULL6 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC31,25■■■□□ 2,59
Upf3bQ3ULL6 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31,25■■■□□ 2,59
Upf3bQ3ULL6 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC31,22■■■□□ 2,59
Upf3bQ3ULL6 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,21■■■□□ 2,59
Upf3bQ3ULL6 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,18■■■□□ 2,58
Upf3bQ3ULL6 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,18■■■□□ 2,58
Upf3bQ3ULL6 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC31,16■■■□□ 2,58
Upf3bQ3ULL6 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,14■■■□□ 2,58
Upf3bQ3ULL6 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,05■■■□□ 2,56
Upf3bQ3ULL6 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC30,93■■■□□ 2,54
Upf3bQ3ULL6 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30,92■■■□□ 2,54
Upf3bQ3ULL6 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30,88■■■□□ 2,53
Upf3bQ3ULL6 Tmem259-201ENSMUST00000052885 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30,87■■■□□ 2,53
Upf3bQ3ULL6 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC30,83■■■□□ 2,53
Upf3bQ3ULL6 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30,78■■■□□ 2,52
Upf3bQ3ULL6 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC30,78■■■□□ 2,52
Upf3bQ3ULL6 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC30,75■■■□□ 2,51
Upf3bQ3ULL6 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30,72■■■□□ 2,51
Upf3bQ3ULL6 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30,69■■■□□ 2,5
Upf3bQ3ULL6 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC30,69■■■□□ 2,5
Upf3bQ3ULL6 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC30,65■■■□□ 2,5
Upf3bQ3ULL6 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30,63■■■□□ 2,49
Upf3bQ3ULL6 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30,61■■■□□ 2,49
Upf3bQ3ULL6 Foxd3-201ENSMUST00000087285 2324 ntAPPRIS P1 BASIC30,57■■■□□ 2,48
Upf3bQ3ULL6 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30,53■■■□□ 2,48
Upf3bQ3ULL6 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30,53■■■□□ 2,48
Upf3bQ3ULL6 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC30,52■■■□□ 2,48
Upf3bQ3ULL6 Gm12100-201ENSMUST00000150255 1933 ntTSL 1 (best) BASIC30,51■■■□□ 2,47
Upf3bQ3ULL6 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30,47■■■□□ 2,47
Upf3bQ3ULL6 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC30,42■■■□□ 2,46
Upf3bQ3ULL6 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC30,42■■■□□ 2,46
Upf3bQ3ULL6 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC30,37■■■□□ 2,45
Upf3bQ3ULL6 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC30,2■■■□□ 2,42
Upf3bQ3ULL6 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30,19■■■□□ 2,42
Upf3bQ3ULL6 Glt8d1-201ENSMUST00000022476 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30,18■■■□□ 2,42
Upf3bQ3ULL6 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30,18■■■□□ 2,42
Upf3bQ3ULL6 Rab21-202ENSMUST00000218831 843 ntBASIC30,1■■■□□ 2,41
Upf3bQ3ULL6 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30,1■■■□□ 2,41
Upf3bQ3ULL6 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30,02■■■□□ 2,4
Upf3bQ3ULL6 G6pc3-202ENSMUST00000078975 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2,39
Upf3bQ3ULL6 Fbxo6-203ENSMUST00000105706 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,98■■■□□ 2,39
Upf3bQ3ULL6 Gm26699-201ENSMUST00000180825 2291 ntTSL 5 BASIC29,96■■■□□ 2,39
Upf3bQ3ULL6 Glrx5-203ENSMUST00000223244 793 ntTSL 5 BASIC29,95■■■□□ 2,39
Upf3bQ3ULL6 Vsig8-201ENSMUST00000061835 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,92■■■□□ 2,38
Upf3bQ3ULL6 Abhd17a-204ENSMUST00000191440 1529 ntTSL 1 (best) BASIC29,87■■■□□ 2,37
Upf3bQ3ULL6 Agap3-206ENSMUST00000212381 1191 ntTSL 5 BASIC29,85■■■□□ 2,37
Upf3bQ3ULL6 Ube2ql1-201ENSMUST00000065118 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,8■■■□□ 2,36
Upf3bQ3ULL6 Sept3-202ENSMUST00000116423 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,8■■■□□ 2,36
Upf3bQ3ULL6 Fam122a-201ENSMUST00000099556 855 ntAPPRIS P1 BASIC29,8■■■□□ 2,36
Upf3bQ3ULL6 Chmp4b-201ENSMUST00000044277 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,79■■■□□ 2,36
Upf3bQ3ULL6 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29,79■■■□□ 2,36
Upf3bQ3ULL6 Fam220a-203ENSMUST00000118121 919 ntTSL 1 (best) BASIC29,79■■■□□ 2,36
Upf3bQ3ULL6 Gm25262-201ENSMUST00000174934 133 ntBASIC29,79■■■□□ 2,36
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 12,2 ms