Protein–RNA interactions for Protein: Q00780

Col8a1, Collagen alpha-1(VIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col8a1Q00780 Mbd3-203ENSMUST00000105348 1222 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
Col8a1Q00780 Pmvk-201ENSMUST00000029564 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Col8a1Q00780 Gm2415-204ENSMUST00000190235 2004 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
Col8a1Q00780 E130102H24Rik-201ENSMUST00000144604 741 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Col8a1Q00780 Slc16a8-201ENSMUST00000039752 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Col8a1Q00780 Ppp2r3d-202ENSMUST00000180270 450 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Col8a1Q00780 Gm26917-201ENSMUST00000182520 869 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
Col8a1Q00780 Faim-202ENSMUST00000112911 803 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
Col8a1Q00780 Trappc6b-207ENSMUST00000218686 785 ntTSL 3 BASIC20.23■□□□□ 0.83
Col8a1Q00780 Zfp703-201ENSMUST00000127097 587 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
Col8a1Q00780 Emc8-208ENSMUST00000181950 747 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
Col8a1Q00780 Krtap28-10-201ENSMUST00000188323 957 ntAPPRIS P1 BASIC20.21■□□□□ 0.83
Col8a1Q00780 Hmox2-202ENSMUST00000118885 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Col8a1Q00780 Cutc-201ENSMUST00000026199 1298 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Col8a1Q00780 Bri3-201ENSMUST00000056578 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Col8a1Q00780 Ywhaz-204ENSMUST00000110362 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Col8a1Q00780 Ssbp3-202ENSMUST00000072753 1924 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Col8a1Q00780 Cited1-202ENSMUST00000101336 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Col8a1Q00780 Rnaset2b-201ENSMUST00000089119 1013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Col8a1Q00780 Nsmce4a-202ENSMUST00000160289 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Col8a1Q00780 Sys1-201ENSMUST00000072452 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Col8a1Q00780 Ndufs3-201ENSMUST00000005647 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Col8a1Q00780 Gm20532-201ENSMUST00000174066 780 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
Col8a1Q00780 Mir3960-201ENSMUST00000198213 73 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
Col8a1Q00780 Sec24d-208ENSMUST00000200333 307 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Col8a1Q00780 Gm45364-201ENSMUST00000210883 159 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
Col8a1Q00780 Atp5j-201ENSMUST00000023608 809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Col8a1Q00780 Gm5812-201ENSMUST00000061073 957 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
Col8a1Q00780 Gnaq-201ENSMUST00000025541 5644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Col8a1Q00780 Dleu7-201ENSMUST00000063169 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Col8a1Q00780 Fcnaos-201ENSMUST00000127642 1351 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Col8a1Q00780 Hscb-201ENSMUST00000056937 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Col8a1Q00780 Lactb-201ENSMUST00000034929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Col8a1Q00780 AC154454.1-201ENSMUST00000225253 216 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
Col8a1Q00780 A930035D04Rik-201ENSMUST00000064013 543 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
Col8a1Q00780 Jag2-201ENSMUST00000075827 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Col8a1Q00780 Itpka-201ENSMUST00000028758 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Col8a1Q00780 Gm14523-201ENSMUST00000117260 558 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
Col8a1Q00780 Tmem98-201ENSMUST00000040865 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Col8a1Q00780 Gm9888-201ENSMUST00000150678 965 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Col8a1Q00780 2510046G10Rik-202ENSMUST00000187458 1052 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
Col8a1Q00780 Gm5067-201ENSMUST00000170449 1009 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
Col8a1Q00780 Gm20512-201ENSMUST00000172483 618 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Col8a1Q00780 Irf2bp2-201ENSMUST00000054960 5080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
Col8a1Q00780 Tpm1-216ENSMUST00000113707 1898 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Col8a1Q00780 Smad2-202ENSMUST00000091831 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
Col8a1Q00780 Pfn2-202ENSMUST00000119344 1879 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Col8a1Q00780 AC153504.1-201ENSMUST00000218379 2290 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
Col8a1Q00780 Psmg1-201ENSMUST00000023630 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
Col8a1Q00780 Mfsd5-201ENSMUST00000051341 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
Col8a1Q00780 Susd4-202ENSMUST00000153348 1898 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
Col8a1Q00780 Gm6658-202ENSMUST00000209493 1885 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
Col8a1Q00780 Pgls-201ENSMUST00000034264 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
Col8a1Q00780 Dusp22-201ENSMUST00000091672 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
Col8a1Q00780 Epb41l4b-203ENSMUST00000095076 6746 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
Col8a1Q00780 Tmco6-201ENSMUST00000007046 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
Col8a1Q00780 Tmem55b-201ENSMUST00000049312 1594 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
Col8a1Q00780 Trappc6b-201ENSMUST00000021380 1255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Col8a1Q00780 E2f5-202ENSMUST00000165922 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
Col8a1Q00780 Ring1-201ENSMUST00000025183 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Col8a1Q00780 Nudt6-204ENSMUST00000108118 935 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
Col8a1Q00780 Nudt6-201ENSMUST00000052645 1155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Col8a1Q00780 Nudt6-202ENSMUST00000099130 1070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Col8a1Q00780 Cys1-203ENSMUST00000156453 1732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
Col8a1Q00780 Pcf11-205ENSMUST00000208255 1720 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
Col8a1Q00780 H2-Q5-202ENSMUST00000172979 998 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
Col8a1Q00780 Arf6-201ENSMUST00000050063 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Col8a1Q00780 Dcaf15-202ENSMUST00000210279 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Col8a1Q00780 Btf3l4-203ENSMUST00000102741 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Col8a1Q00780 Kiss1-201ENSMUST00000007433 779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
Col8a1Q00780 Zfp91-201ENSMUST00000038627 5531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Col8a1Q00780 Hoxa13-203ENSMUST00000147595 2395 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
Col8a1Q00780 Gemin7-202ENSMUST00000117222 1023 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
Col8a1Q00780 Shox2-204ENSMUST00000162439 1081 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Col8a1Q00780 Rin3-207ENSMUST00000150795 937 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
Col8a1Q00780 Arpc2-201ENSMUST00000006467 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
Col8a1Q00780 Lmo4-201ENSMUST00000120539 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Col8a1Q00780 Cox11-201ENSMUST00000020851 1224 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Col8a1Q00780 Ywhah-201ENSMUST00000019109 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
Col8a1Q00780 Dapk3-201ENSMUST00000047665 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
Col8a1Q00780 Hsd17b11-201ENSMUST00000031251 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
Col8a1Q00780 Sft2d1-210ENSMUST00000154553 1049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
Col8a1Q00780 Runx3-202ENSMUST00000119564 1855 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
Col8a1Q00780 Kcmf1-204ENSMUST00000204598 1743 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
Col8a1Q00780 Gm15546-201ENSMUST00000122095 826 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
Col8a1Q00780 Ildr2-202ENSMUST00000192426 1238 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
Col8a1Q00780 Asph-201ENSMUST00000038564 1174 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
Col8a1Q00780 Asph-205ENSMUST00000098275 1007 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
Col8a1Q00780 Ppcs-201ENSMUST00000030385 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
Col8a1Q00780 4930426D05Rik-204ENSMUST00000144487 1393 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
Col8a1Q00780 Rtn2-201ENSMUST00000032559 1990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
Col8a1Q00780 Hook1-202ENSMUST00000107083 1506 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
Col8a1Q00780 Ldb1-206ENSMUST00000152946 2108 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
Col8a1Q00780 Vamp4-206ENSMUST00000150040 901 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
Col8a1Q00780 Kiss1-202ENSMUST00000178033 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
Col8a1Q00780 A030014E15Rik-201ENSMUST00000223400 796 ntAPPRIS P1 BASIC19.96■□□□□ 0.79
Col8a1Q00780 Fam120aos-201ENSMUST00000180775 1780 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
Col8a1Q00780 Tspan33-201ENSMUST00000046750 1994 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
Col8a1Q00780 Gfra4-206ENSMUST00000110240 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
Col8a1Q00780 Ryk-203ENSMUST00000175883 2505 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 11.6 ms