Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 VSTM2B-201ENST00000335523 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 DMKN-207ENST00000419602 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 TINCR-201ENST00000448587 3733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 CMTM7-202ENST00000349718 1214 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 DHRS4-206ENST00000558581 1143 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 AC018445.1-201ENST00000621571 568 ntTSL 4 BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 SGCE-207ENST00000447873 1597 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 SLC7A10-201ENST00000253188 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 RELB-202ENST00000505236 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 ZNF821-221ENST00000611294 1833 ntTSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 MED25-201ENST00000312865 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 CYB561-213ENST00000581573 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 FXR2-201ENST00000250113 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 AGTRAP-203ENST00000376629 1100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 NCF1B-202ENST00000432102 930 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 NELFE-206ENST00000444811 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 AC133681.1-201ENST00000465482 601 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 AL359736.2-201ENST00000621992 437 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 NUDT15-201ENST00000258662 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 DOK7-206ENST00000515886 2263 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 MORF4L1-215ENST00000559345 1468 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 UBE2H-201ENST00000355621 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 KLRG2-201ENST00000340940 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 TSPAN15-201ENST00000373290 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS54Q9P1Q0 SLC16A5-206ENST00000580123 2019 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 AC005906.2-203ENST00000640962 2091 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 MAPT-210ENST00000535772 5718 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 NYX-202ENST00000378220 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 SETD7-202ENST00000404104 1590 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 HOTAIRM1-203ENST00000429611 722 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 RNF121-214ENST00000533380 870 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 AC009090.2-201ENST00000565829 472 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 AC013268.1-201ENST00000639717 1208 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 TMEM91-209ENST00000539627 1843 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 MARK2-204ENST00000402010 4728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 UHRF1-203ENST00000615884 2651 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 GRK2-201ENST00000308595 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 POC1A-202ENST00000394970 1999 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 MAP4K4-210ENST00000425019 4403 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 CTBP2-205ENST00000411419 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 STIM2-211ENST00000639195 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 MAP2K2-202ENST00000394867 1471 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 GPR3-201ENST00000374024 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 AC110769.1-201ENST00000420161 815 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 TUBB8P6-201ENST00000436895 1288 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 AC110285.5-201ENST00000611501 352 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 MGARP-201ENST00000398955 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 TOM1L1-202ENST00000445275 2228 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 ST3GAL3-204ENST00000335430 1805 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 FEZF1-202ENST00000427185 1368 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 DBNL-217ENST00000468694 2068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 C11orf49-201ENST00000278460 1645 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 FGFR2-208ENST00000360144 3001 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 TRMT6-202ENST00000453074 2239 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 PDE4DIP-214ENST00000479408 2746 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 SAE1-201ENST00000270225 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 ICAM2-207ENST00000579687 1154 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 GPR31-201ENST00000366834 2059 ntAPPRIS P1 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 AMACR-206ENST00000502637 1598 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS54Q9P1Q0 SLC38A11-203ENST00000409149 1621 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.1 ms