Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 LINC01465-201ENST00000408887 1940 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 BCS1L-201ENST00000359273 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 L2HGDH-203ENST00000421284 1958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 CLDN14-202ENST00000399135 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 ZCCHC24-201ENST00000372333 906 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 DERL1-203ENST00000419562 918 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 PRKCB-209ENST00000498058 480 ntTSL 3 BASIC26.06■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 AC063952.2-201ENST00000498792 1227 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 AC022616.7-201ENST00000525383 220 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 AL359399.1-201ENST00000557610 462 ntTSL 3 BASIC26.06■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 AL023803.3-201ENST00000615559 522 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 FBXL22-204ENST00000638704 729 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 PTGES2-214ENST00000617202 1344 ntTSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 SERPINH1-212ENST00000530284 1358 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC26.05■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 RHEBL1-201ENST00000301068 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 UBE2C-204ENST00000356455 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 KRTAP5-3-201ENST00000399685 899 ntAPPRIS P1 BASIC26.05■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 WDR45-218ENST00000473974 1077 ntTSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 AC008771.1-201ENST00000508000 1151 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 GLRB-205ENST00000512619 728 ntTSL 3 BASIC26.05■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 AC098864.1-204ENST00000513752 805 ntTSL 4 BASIC26.05■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 AL160286.2-201ENST00000567150 934 ntBASIC26.05■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC26.04■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 TSPAN15-201ENST00000373290 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 FGF8-202ENST00000344255 707 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 LINC01381-201ENST00000431650 466 ntTSL 3 BASIC26.04■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 CCR12P-201ENST00000446203 998 ntBASIC26.04■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC26.04■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC26.04■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 NDUFA10-214ENST00000620965 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC26.03■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 FAM212A-201ENST00000333323 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 HLA-DRB1-201ENST00000360004 1229 ntAPPRIS P1 BASIC26.03■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 UQCRQ-201ENST00000378665 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 ROPN1L-202ENST00000503804 1291 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 AC010653.2-201ENST00000623505 997 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 ASRGL1-211ENST00000628829 1161 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 AKT1-211ENST00000554848 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 RPUSD2-202ENST00000559271 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 FGF16-201ENST00000439435 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 STAU2-229ENST00000524300 3065 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 SPPL2B-212ENST00000618220 2459 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 MRPL52-201ENST00000311892 1042 ntTSL 3 BASIC26.02■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 GLI4-202ENST00000344692 1012 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 TRPT1-203ENST00000394547 865 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 TLCD1-202ENST00000394933 784 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 REPIN1-210ENST00000482680 1029 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 RBPMS-AS1-202ENST00000519753 1031 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 AC139887.4-201ENST00000607877 719 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 H1FNT-201ENST00000335017 1300 ntAPPRIS P1 BASIC26.02■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 P4HB-203ENST00000439918 1502 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 DUSP15-201ENST00000278979 1732 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 RRAS-201ENST00000246792 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
HOXC9P31274 MCRS1-202ENST00000357123 1428 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
HOXC9P31274 TNNT3-206ENST00000381579 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
HOXC9P31274 KCTD7-202ENST00000443322 1160 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
HOXC9P31274 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
HOXC9P31274 DBX1-201ENST00000524983 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
HOXC9P31274 IL15-208ENST00000529613 1355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
HOXC9P31274 ABCD4-228ENST00000557588 763 ntTSL 3 BASIC26.01■■□□□ 1.75
HOXC9P31274 RAB11B-AS1-201ENST00000593581 1013 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
HOXC9P31274 FXYD3-214ENST00000605677 633 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
HOXC9P31274 COLCA2-205ENST00000614153 1264 ntTSL 3 BASIC26.01■■□□□ 1.75
HOXC9P31274 MYC-208ENST00000641036 567 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
HOXC9P31274 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
HOXC9P31274 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
HOXC9P31274 ISM2-207ENST00000493585 1739 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
HOXC9P31274 HOXB6-201ENST00000225648 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
HOXC9P31274 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
HOXC9P31274 TMEM175-220ENST00000515740 1514 ntTSL 3 BASIC26■■□□□ 1.75
HOXC9P31274 KRT8P41-201ENST00000533985 1514 ntBASIC26■■□□□ 1.75
HOXC9P31274 CT47A1-201ENST00000433030 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
HOXC9P31274 LMCD1-AS1-204ENST00000446281 932 ntTSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
HOXC9P31274 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.3 ms