Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 DGCR6L-201ENST00000248879 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.21■■■■□ 3.07
CCDC88BA6NC98 GXYLT1P6-201ENST00000456472 1187 ntBASIC34.21■■■■□ 3.07
CCDC88BA6NC98 APBB3-216ENST00000511201 1014 ntTSL 5 BASIC34.21■■■■□ 3.07
CCDC88BA6NC98 LY6E-210ENST00000521182 1079 ntTSL 1 (best) BASIC34.21■■■■□ 3.07
CCDC88BA6NC98 ABHD14B-208ENST00000525795 980 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.21■■■■□ 3.07
CCDC88BA6NC98 KLHDC4-201ENST00000270583 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.21■■■■□ 3.07
CCDC88BA6NC98 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC34.21■■■■□ 3.07
CCDC88BA6NC98 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC34.21■■■■□ 3.07
CCDC88BA6NC98 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.21■■■■□ 3.07
CCDC88BA6NC98 ROMO1-202ENST00000374072 350 ntTSL 5 BASIC34.2■■■■□ 3.07
CCDC88BA6NC98 PSEN1-203ENST00000394157 1249 ntTSL 2 BASIC34.2■■■■□ 3.07
CCDC88BA6NC98 TMA7-201ENST00000438607 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.07
CCDC88BA6NC98 TMEM249-203ENST00000565365 975 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC34.2■■■■□ 3.07
CCDC88BA6NC98 AC027682.6-202ENST00000621378 795 ntTSL 2 BASIC34.2■■■■□ 3.07
CCDC88BA6NC98 AC011558.1-201ENST00000623459 338 ntBASIC34.2■■■■□ 3.07
CCDC88BA6NC98 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.2■■■■□ 3.07
CCDC88BA6NC98 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.07
CCDC88BA6NC98 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.07
CCDC88BA6NC98 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC34.2■■■■□ 3.07
CCDC88BA6NC98 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 AL353719.1-201ENST00000566847 864 ntBASIC34.2■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 AC243829.1-201ENST00000615128 1059 ntTSL 2 BASIC34.2■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 SMYD2-201ENST00000366957 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 PRMT1-201ENST00000391851 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.19■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.19■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.19■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.19■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 PFDN6-206ENST00000463584 1915 ntTSL 3 BASIC34.19■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 CCDC71-201ENST00000321895 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.19■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 AC114763.1-202ENST00000414911 867 ntTSL 3 BASIC34.19■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 AL445685.1-201ENST00000425802 762 ntTSL 3 BASIC34.19■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 C17orf62-221ENST00000581196 668 ntTSL 4 BASIC34.19■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.18■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC34.18■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 ANKRD20A18P-201ENST00000359341 492 ntBASIC34.18■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 REEP1-207ENST00000535845 1196 ntTSL 2 BASIC34.18■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 FXYD3-214ENST00000605677 633 ntTSL 2 BASIC34.18■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 AC009542.2-201ENST00000637483 1189 ntTSL 5 BASIC34.18■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.18■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 DNAJC28-201ENST00000314399 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.18■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.18■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.17■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.17■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC34.17■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 KIAA1456-201ENST00000400069 1982 ntTSL 2 BASIC34.17■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 TNFSF13-208ENST00000483039 959 ntTSL 2 BASIC34.17■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 RAB6A-207ENST00000541588 758 ntTSL 1 (best) BASIC34.17■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 AL441883.1-201ENST00000566170 1045 ntBASIC34.17■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 PSMD8-202ENST00000585598 541 ntTSL 5 BASIC34.17■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 AL121956.5-201ENST00000625261 221 ntBASIC34.17■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 BCS1L-201ENST00000359273 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.17■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 MED25-212ENST00000618715 1467 ntTSL 5 BASIC34.17■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 KRT8P41-201ENST00000533985 1514 ntBASIC34.17■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 TSGA10IP-203ENST00000532620 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.17■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.16■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC34.16■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.16■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 AC139491.1-201ENST00000512675 1516 ntTSL 1 (best) BASIC34.16■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 ELOB-202ENST00000409477 997 ntTSL 1 (best) BASIC34.16■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 TSPY17P-201ENST00000450329 467 ntBASIC34.16■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 AC005606.2-201ENST00000564438 614 ntTSL 2 BASIC34.16■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 ELAVL1-202ENST00000593807 856 ntTSL 3 BASIC34.16■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 AC008622.2-201ENST00000617006 1229 ntBASIC34.16■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.16■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 KRT87P-201ENST00000529785 1700 ntTSL 2 BASIC34.16■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 FAHD2CP-202ENST00000443258 893 ntTSL 3 BASIC34.15■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 C1QTNF8-202ENST00000621771 897 ntTSL 5 BASIC34.15■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 AC005906.2-206ENST00000638180 1029 ntTSL 5 BASIC34.15■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.15■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.15■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 ISLR2-202ENST00000419208 2306 ntTSL 1 (best) BASIC34.15■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.15■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.15■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 NAPA-210ENST00000595227 1460 ntTSL 3 BASIC34.15■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 NUBP2-201ENST00000262302 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.15■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.15■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 MTMR9LP-202ENST00000423995 1878 ntTSL 2 BASIC34.15■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 PXMP4-201ENST00000217398 979 ntTSL 2 BASIC34.14■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 GPR32-201ENST00000270590 1269 ntAPPRIS P1 BASIC34.14■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 GLI4-202ENST00000344692 1012 ntTSL 2 BASIC34.14■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 AC012618.3-203ENST00000426044 917 ntTSL 2 BASIC34.14■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 KLHL21-204ENST00000467612 1056 ntTSL 3 BASIC34.14■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 AL121894.2-201ENST00000602977 491 ntBASIC34.14■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.14■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 PKM-215ENST00000565154 2004 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC34.14■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 GMDS-208ENST00000530927 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC34.14■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC34.14■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.14■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 AC037459.1-202ENST00000430850 531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC34.14■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 KRT18P38-201ENST00000449496 1282 ntBASIC34.14■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 CA15P1-201ENST00000481698 905 ntBASIC34.14■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 DUX4-205ENST00000570263 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.06
CCDC88BA6NC98 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.05
CCDC88BA6NC98 TINAGL1-211ENST00000537531 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.13■■■■□ 3.05
CCDC88BA6NC98 TMEM235-203ENST00000550981 1786 ntTSL 2 BASIC34.13■■■■□ 3.05
CCDC88BA6NC98 TSPAN15-201ENST00000373290 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
CCDC88BA6NC98 L2HGDH-203ENST00000421284 1958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.13■■■■□ 3.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.7 ms