Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 TMEM218-213ENST00000531909 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 GATA5-201ENST00000252997 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 DMAP1-202ENST00000361745 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 MGARP-201ENST00000398955 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 ETFA-202ENST00000433983 1346 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 ROR1-201ENST00000371079 5832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 AC110769.1-201ENST00000420161 815 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 FAM197Y1-201ENST00000421178 764 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 BX322234.1-201ENST00000444188 980 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 AC136628.4-201ENST00000520758 535 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 AC020913.2-201ENST00000601929 629 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 MTFP1-206ENST00000629597 482 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 B3GNT2-201ENST00000301998 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 TXNL1-211ENST00000590954 1339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 CIRBP-225ENST00000589710 1835 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 AGER-207ENST00000375076 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 PRSS3-201ENST00000342836 1144 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 FOSL1-204ENST00000532401 1132 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 MAF1-201ENST00000322428 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 ACTR8-202ENST00000482349 2091 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 AL355355.2-201ENST00000442321 338 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 AP003071.4-201ENST00000562276 1284 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 AC010336.4-201ENST00000595655 438 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 AC073195.1-201ENST00000607241 877 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 CPXM2-204ENST00000615851 2512 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 EML6-201ENST00000356458 8320 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 ZNF771-202ENST00000434417 1454 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 ETV7-206ENST00000615781 1776 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 TRMU-202ENST00000381019 1381 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 MRPS2-201ENST00000241600 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 GAMT-201ENST00000252288 1121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 FAM26F-202ENST00000368605 1117 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 RAP1B-203ENST00000378985 1017 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 GNB5-211ENST00000560116 918 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 GPC5-201ENST00000377067 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 GCSH-201ENST00000315467 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 ADCYAP1-202ENST00000450565 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 NTAN1-211ENST00000622833 1049 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 NTAN1-212ENST00000624579 1115 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 SKOR2-202ENST00000425639 3899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.23
TRERF1Q96PN7 CRLF3-201ENST00000324238 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.5 ms