Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 ISLR2-202ENST00000419208 2306 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 TMC6-201ENST00000306591 1681 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 SLC35B1-201ENST00000240333 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 MTX1-201ENST00000316721 1441 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 ETV7-205ENST00000538992 1434 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 SCO1-203ENST00000577427 1601 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 TMEM218-213ENST00000531909 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 ILF3-217ENST00000589998 2622 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 MAP4K4-210ENST00000425019 4403 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 CNNM1-201ENST00000356713 5959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 IL17RE-206ENST00000454190 2757 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 AQP11-201ENST00000313578 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 TRMU-202ENST00000381019 1381 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 LPAR2-202ENST00000542587 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 CELF6-202ENST00000395258 1741 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 FAM217A-201ENST00000274673 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 MAFG-AS1-201ENST00000582106 1895 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 EYA2-210ENST00000611592 2612 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 DISC1-215ENST00000602281 2761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 PTPMT1-202ENST00000326674 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 HAGLROS-201ENST00000426615 1121 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 GNB5-211ENST00000560116 918 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 AL121829.2-201ENST00000620908 328 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 CARD9-201ENST00000371732 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 DLGAP4-204ENST00000373913 5056 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 POLI-202ENST00000406285 2030 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 SPTBN4-201ENST00000338932 8686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 CELF6-205ENST00000567083 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 ZBTB7B-201ENST00000292176 2129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 NYX-202ENST00000378220 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 BIN2-210ENST00000615107 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 RIIAD1-201ENST00000326413 1772 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 LHX8-202ENST00000356261 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 MICU2-201ENST00000382374 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 AC226101.2-201ENST00000458252 747 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 ZNF346-209ENST00000512315 1575 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 GNB1-201ENST00000378609 3132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 RBFOX1-215ENST00000553186 2196 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 FAM131C-201ENST00000375662 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 PTAR1-205ENST00000472967 1689 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 HEMK1-206ENST00000455834 1499 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 TINAGL1-201ENST00000271064 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 RDH13-203ENST00000415061 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 PPM1L-204ENST00000497343 1589 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 HAUS4-204ENST00000490506 1447 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 WDR74-202ENST00000311713 1153 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 TTTY14-205ENST00000454875 544 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 LINC01881-205ENST00000456398 1235 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 AC069544.1-201ENST00000609399 999 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 AP006587.1-201ENST00000534129 1502 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 ACD-214ENST00000620338 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 CRTAC1-203ENST00000370597 2890 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 AMDHD1-201ENST00000266736 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 STIM2-211ENST00000639195 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 TBC1D10A-204ENST00000403477 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 TDRP-203ENST00000523656 2622 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 RELB-202ENST00000505236 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 ST3GAL3-204ENST00000335430 1805 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 CA11-201ENST00000084798 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.6 ms