Protein–RNA interactions for Protein: Q13342

SP140, Nuclear body protein SP140, humanhuman

Predictions only

Length 867 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SP140Q13342 AL592146.1-201ENST00000433869 1126 ntTSL 1 (best) BASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AL022324.2-201ENST00000434827 780 ntBASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AL161793.1-201ENST00000435021 445 ntTSL 3 BASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AL139002.1-201ENST00000435281 902 ntTSL 5 BASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AC092447.2-201ENST00000435487 669 ntBASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AC100823.1-201ENST00000442274 480 ntTSL 3 BASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AC092625.1-201ENST00000442706 393 ntTSL 3 BASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 MTND2P22-201ENST00000444325 1033 ntBASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AL355601.1-201ENST00000444701 427 ntTSL 3 BASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 FAM155A-IT1-201ENST00000449551 819 ntTSL 1 (best) BASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AL445991.1-201ENST00000450381 475 ntBASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AC074286.1-201ENST00000452002 544 ntTSL 4 BASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AC009518.1-201ENST00000452219 559 ntTSL 4 BASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AL034369.1-201ENST00000453808 477 ntBASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AC104849.1-201ENST00000462623 405 ntBASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 RPSAP37-201ENST00000470913 821 ntBASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 RPS4XP17-201ENST00000479057 754 ntBASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 RN7SL502P-201ENST00000481857 290 ntBASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 RN7SL413P-201ENST00000482700 297 ntBASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 RAB7A-208ENST00000493186 329 ntTSL 5 BASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AC087667.1-201ENST00000500180 1422 ntTSL 1 (best) BASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 USP17L23-201ENST00000506619 551 ntAPPRIS P1 BASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 NPY1R-204ENST00000509586 1017 ntTSL 2 BASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AC096759.1-201ENST00000510744 473 ntTSL 3 BASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 ASNSP4-201ENST00000511103 447 ntBASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 SETP21-201ENST00000514799 892 ntBASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 COX6C-205ENST00000520468 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 CHCHD7-210ENST00000521524 703 ntTSL 5 BASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 UBTFL10-201ENST00000528532 562 ntBASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AL590385.2-201ENST00000537821 553 ntTSL 5 BASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 SPIC-201ENST00000551346 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AL512310.9-201ENST00000553311 948 ntBASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AC103740.1-202ENST00000558404 542 ntTSL 4 BASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AC023968.1-201ENST00000560719 475 ntBASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AC007014.1-201ENST00000572828 610 ntTSL 3 BASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 UBA2-208ENST00000592791 910 ntTSL 2 BASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AC011503.1-201ENST00000596326 1585 ntTSL 2 BASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 LINC01930-201ENST00000602672 870 ntTSL 5 BASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AC084373.1-201ENST00000603311 235 ntBASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 DUXAP3-201ENST00000603616 594 ntBASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AC244131.2-201ENST00000612592 512 ntTSL 3 BASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 SMR3B-204ENST00000614072 783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 MIR6503-201ENST00000622884 86 ntBASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AC004836.1-201ENST00000623032 634 ntBASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AL022323.4-201ENST00000623980 13120 ntBASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AC019080.5-201ENST00000624891 757 ntBASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AC068213.1-201ENST00000625124 226 ntBASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AC105749.1-201ENST00000631338 2008 ntBASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AC006927.2-201ENST00000639256 389 ntBASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AC008691.1-209ENST00000642094 814 ntBASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 PPIAL4G-201ENST00000419275 3856 ntAPPRIS P1 BASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AC005261.6-201ENST00000623072 1387 ntBASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 MRE11-204ENST00000407439 2684 ntTSL 2 BASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 TRPC4-201ENST00000338947 2912 ntTSL 5 BASIC6.29□□□□□ -1.4
SP140Q13342 A1CF-206ENST00000395489 9517 ntTSL 2 BASIC6.28□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AC007159.1-201ENST00000566529 4706 ntBASIC6.28□□□□□ -1.4
SP140Q13342 PDE4D-226ENST00000546160 7690 ntTSL 5 BASIC6.28□□□□□ -1.4
SP140Q13342 ANTXR2-204ENST00000404191 1469 ntTSL 1 (best) BASIC6.28□□□□□ -1.4
SP140Q13342 PSD3-202ENST00000327040 11689 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC6.28□□□□□ -1.4
SP140Q13342 IL1RL1-202ENST00000311734 3994 ntTSL 1 (best) BASIC6.28□□□□□ -1.4
SP140Q13342 CNIH1-201ENST00000216416 4793 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC6.28□□□□□ -1.4
SP140Q13342 LMO3-202ENST00000320122 3759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.28□□□□□ -1.4
SP140Q13342 UGT2B24P-201ENST00000514441 1597 ntBASIC6.28□□□□□ -1.4
SP140Q13342 OR2M3-202ENST00000641626 9913 ntAPPRIS P1 BASIC6.28□□□□□ -1.4
SP140Q13342 PLEKHA5-216ENST00000540972 1954 ntTSL 1 (best) BASIC6.28□□□□□ -1.4
SP140Q13342 PPP1R42-201ENST00000324682 1084 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC6.28□□□□□ -1.4
SP140Q13342 SNORD16-201ENST00000362803 99 ntBASIC6.28□□□□□ -1.4
SP140Q13342 TINAG-202ENST00000370864 692 ntTSL 2 BASIC6.28□□□□□ -1.4
SP140Q13342 STMN1-202ENST00000374291 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC6.28□□□□□ -1.4
SP140Q13342 VIM2P-201ENST00000402383 1294 ntBASIC6.28□□□□□ -1.4
SP140Q13342 OR2W4P-201ENST00000406496 926 ntBASIC6.28□□□□□ -1.4
SP140Q13342 MRPS21P5-201ENST00000417885 231 ntBASIC6.28□□□□□ -1.4
SP140Q13342 LINC01820-201ENST00000418415 570 ntTSL 2 BASIC6.28□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AL590999.1-205ENST00000420293 440 ntTSL 3 BASIC6.28□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AL603910.1-201ENST00000423099 370 ntTSL 3 BASIC6.28□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AL606534.4-201ENST00000427176 792 ntTSL 5 BASIC6.28□□□□□ -1.4
SP140Q13342 E2F3-IT1-201ENST00000433182 400 ntTSL 3 BASIC6.28□□□□□ -1.4
SP140Q13342 NUDT7-202ENST00000437314 930 ntTSL 1 (best) BASIC6.28□□□□□ -1.4
SP140Q13342 SOCS5P1-201ENST00000440415 949 ntBASIC6.28□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AC079763.1-201ENST00000441295 738 ntTSL 3 BASIC6.28□□□□□ -1.4
SP140Q13342 MTCO1P53-201ENST00000441633 699 ntBASIC6.28□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AL157884.3-201ENST00000448273 1184 ntBASIC6.28□□□□□ -1.4
SP140Q13342 FAM107B-217ENST00000478076 790 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC6.28□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AC020779.1-201ENST00000478757 796 ntBASIC6.28□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AC025437.3-201ENST00000523178 771 ntTSL 5 BASIC6.28□□□□□ -1.4
SP140Q13342 SNHG1-212ENST00000539975 955 ntTSL 5 BASIC6.28□□□□□ -1.4
SP140Q13342 MRPS36P5-201ENST00000551909 298 ntBASIC6.28□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AL121579.2-201ENST00000555466 590 ntBASIC6.28□□□□□ -1.4
SP140Q13342 MIR9-3HG-211ENST00000561037 779 ntTSL 5 BASIC6.28□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AC134312.6-201ENST00000568587 444 ntTSL 5 BASIC6.28□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AC005726.4-201ENST00000582858 458 ntBASIC6.28□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AC090616.1-201ENST00000583895 447 ntBASIC6.28□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AC006116.9-203ENST00000591036 566 ntTSL 4 BASIC6.28□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AL160237.3-201ENST00000604114 1013 ntBASIC6.28□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AC099785.1-201ENST00000605697 437 ntBASIC6.28□□□□□ -1.4
SP140Q13342 RNU4-5P-201ENST00000607255 135 ntBASIC6.28□□□□□ -1.4
SP140Q13342 LINC00635-219ENST00000608506 482 ntTSL 5 BASIC6.28□□□□□ -1.4
SP140Q13342 MIR6774-201ENST00000614651 70 ntBASIC6.28□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AL034549.1-201ENST00000615120 578 ntTSL 2 BASIC6.28□□□□□ -1.4
SP140Q13342 AC073052.2-202ENST00000622296 775 ntTSL 5 BASIC6.28□□□□□ -1.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 88.5 ms