Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 IGHV3-73-201ENST00000390636 437 ntAPPRIS P1 BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 RCN1P1-201ENST00000400413 996 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 MRPL36-202ENST00000505059 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 ANAPC11-207ENST00000572639 578 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 MCRIP1-206ENST00000573478 1123 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 TNFRSF12A-206ENST00000575124 1133 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 NYAP1-202ENST00000454988 2777 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 ACTR8-202ENST00000482349 2091 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 DCAKD-208ENST00000614054 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 CIRBP-225ENST00000589710 1835 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 CPNE9-202ENST00000383831 1751 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 NR2F2-201ENST00000394166 5275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 AC092720.2-201ENST00000602388 1665 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 GCSH-201ENST00000315467 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 P2RX3-204ENST00000616487 1346 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 CYP1B1-207ENST00000614273 2174 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 SELENOF-203ENST00000401030 727 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 DYNLT3-203ENST00000432389 719 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 MFSD4A-206ENST00000489709 1136 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 RNASEK-202ENST00000548577 810 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 GNB5-211ENST00000560116 918 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 CHRNA3-202ENST00000348639 2030 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 ZNF771-202ENST00000434417 1454 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 TRMU-202ENST00000381019 1381 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 LINC01521-201ENST00000504184 1943 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 TMPOP1-202ENST00000424642 1267 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 SELENOS-203ENST00000526049 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 OAF-202ENST00000531220 815 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 AC016737.2-201ENST00000609273 358 ntTSL 3 BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 CR392000.1-201ENST00000624770 1228 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 DECR2-212ENST00000627716 352 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 AL590094.1-202ENST00000634619 1131 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 PABPC4-204ENST00000372862 2470 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 CUTC-202ENST00000370476 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 RNASEH2C-203ENST00000528220 1337 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 FUOM-203ENST00000368552 762 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 NPY-202ENST00000405982 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 CBLN1-202ENST00000536749 718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 AC003005.1-201ENST00000601674 582 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 SNX11-203ENST00000452859 1601 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 DMAP1-202ENST00000361745 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 ETV7-206ENST00000615781 1776 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
USP53Q70EK8 MMP23A-201ENST00000234610 1017 ntBASIC19.08■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 ARMC10P1-201ENST00000313754 855 ntBASIC19.08■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 MLLT10-205ENST00000377100 1136 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 BABAM1-202ENST00000447614 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 LINC01786-202ENST00000453732 389 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.3 ms