Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 ZNF584-202ENST00000322834 1042 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 HIST1H2APS4-201ENST00000362070 348 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 SCO2-202ENST00000395693 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 AL031133.1-201ENST00000406807 723 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 AC007563.2-201ENST00000447289 552 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 HRASLS5-205ENST00000539221 1167 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 CLN3-205ENST00000359984 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 GALNT16-204ENST00000553669 1629 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 MCRS1-202ENST00000357123 1428 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 PMF1-BGLAP-202ENST00000368276 852 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 SURF4-206ENST00000485435 1206 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 AC140504.1-202ENST00000568222 652 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 PCGF3-208ENST00000470161 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 BIRC2-206ENST00000530675 1927 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 IMMP2L-202ENST00000405709 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 TRIM73-201ENST00000323819 1358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 TRMU-202ENST00000381019 1381 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 EIF5A-204ENST00000416016 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 SPATA22-202ENST00000355380 1216 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 C18orf21-205ENST00000592875 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 BX119927.1-201ENST00000636596 1552 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 PYCR1-204ENST00000403172 1811 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 AC092720.2-201ENST00000602388 1665 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 PTGDS-202ENST00000371625 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 LINC01381-201ENST00000431650 466 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 DUSP5P1-201ENST00000441325 1139 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 ASH1L-AS1-202ENST00000456633 911 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 AL139246.2-201ENST00000456687 1297 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 LY6E-211ENST00000521699 1256 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 ZNF575-205ENST00000601282 1086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 ST6GALNAC6-215ENST00000542456 2018 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 TRAK2-202ENST00000430254 1436 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 AC012414.5-201ENST00000564214 1602 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 NMRAL1-213ENST00000574733 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 AC115618.1-201ENST00000376775 549 ntTSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 SHBG-203ENST00000416273 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 C16orf91-201ENST00000442039 978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 TNFSF13-208ENST00000483039 959 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 ALKAL1-202ENST00000523939 536 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 GPHA2-202ENST00000532246 466 ntTSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 SHBG-215ENST00000575903 1196 ntTSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 ANKRD2-202ENST00000307518 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 STK25-204ENST00000405585 1643 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 CLN8-208ENST00000635751 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 IL17RC-202ENST00000383812 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 LHX8-202ENST00000356261 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 RCC2P6-201ENST00000526625 1557 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 ERICH4-201ENST00000378187 946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 FAM41C-202ENST00000432963 504 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 YBX1P2-201ENST00000489612 999 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 SNCB-205ENST00000510387 730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 FAM53C-211ENST00000513056 923 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 EGLN1P1-201ENST00000531623 762 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 AC139887.4-201ENST00000607877 719 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 ZCCHC24-201ENST00000372333 906 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 UQCRQ-201ENST00000378665 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 COPS8-203ENST00000409334 794 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 CD70-202ENST00000423145 881 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 AC091390.4-202ENST00000476426 537 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 RAB6A-207ENST00000541588 758 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 AC103746.1-201ENST00000617440 1133 ntTSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 GPBAR1-202ENST00000519574 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 DXO-202ENST00000375349 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 SLC35A3-222ENST00000640715 1989 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 SLC36A1-209ENST00000521925 1621 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.7 ms