Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 NDUFS7-201ENST00000233627 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 Metazoa_SRP.28-201ENST00000366402 260 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 AK2-210ENST00000548033 936 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC24.2■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 FAM104A-205ENST00000581110 512 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 AC022150.1-201ENST00000599222 640 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 CCNC-207ENST00000518714 1426 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 AP002433.1-201ENST00000525548 964 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 MVB12A-204ENST00000528515 686 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 SMIM22-203ENST00000588500 525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 AC009477.2-201ENST00000635976 171 ntAPPRIS P1 BASIC24.19■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 RBPJL-203ENST00000372743 1623 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 HSD17B10-201ENST00000168216 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 CCNJL-205ENST00000519673 940 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 OAZ1-211ENST00000602676 1148 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 BCL10-202ENST00000620248 774 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 CEACAM3-208ENST00000630848 1110 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 NRM-203ENST00000376421 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 C21orf91-202ENST00000400558 1090 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 BCL2L12-208ENST00000600947 633 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 NAPA-210ENST00000595227 1460 ntTSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 BUD23-201ENST00000265758 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 KRTCAP3-202ENST00000407293 942 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 ETS1-207ENST00000531611 2134 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 MRPL46-202ENST00000558531 1002 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 NEK4P2-201ENST00000580004 1012 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 AC008878.4-201ENST00000602083 293 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 Metazoa_SRP.33-201ENST00000613468 285 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 FAM228A-201ENST00000295150 1774 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 NUBP2-201ENST00000262302 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 C6orf136-203ENST00000376473 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 CFL1-201ENST00000308162 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 ZNF436-AS1-206ENST00000518821 461 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 NT5C-210ENST00000582160 860 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC24.17■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 CNOT9-209ENST00000627282 1621 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 HBZP1-201ENST00000354915 429 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 RASGRP2-208ENST00000394428 444 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 AC068134.1-202ENST00000439072 356 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 FAM86C2P-201ENST00000525180 435 ntTSL 4 BASIC24.16■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 CYB561-214ENST00000582034 1193 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 AL772307.1-201ENST00000639363 1066 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 TMEM42-201ENST00000302392 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 AL451069.1-201ENST00000455414 634 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 PRELID1P1-202ENST00000567272 903 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 MIR3180-1-201ENST00000580374 94 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 MIR3180-3-201ENST00000584616 94 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 AL031432.5-201ENST00000641059 760 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 PSMD6-201ENST00000295901 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 CLN8-208ENST00000635751 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 TMEM243-201ENST00000257637 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 HEBP2-201ENST00000367697 844 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 BARHL1-202ENST00000542090 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 GFOD2-207ENST00000602855 819 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 AL671883.3-201ENST00000603274 991 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 C12orf42-205ENST00000548048 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 PRKRA-203ENST00000432031 1344 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 HOXB6-201ENST00000225648 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 PRELID3A-203ENST00000587735 1694 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
BRCA1P38398 DBNDD2-202ENST00000360981 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
BRCA1P38398 AP000523.1-201ENST00000398242 1049 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
BRCA1P38398 SKP2-204ENST00000508514 821 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
BRCA1P38398 SELENOH-204ENST00000534355 818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
BRCA1P38398 RNPS1-224ENST00000569598 918 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
BRCA1P38398 LINC01785-201ENST00000598042 1112 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
BRCA1P38398 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC24.14■■□□□ 1.45
BRCA1P38398 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
BRCA1P38398 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
BRCA1P38398 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
BRCA1P38398 GNG5-202ENST00000370645 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
BRCA1P38398 LINC01237-203ENST00000430555 843 ntTSL 4 BASIC24.13■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64 ms