Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 TMEM218-213ENST00000531909 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 PCGF3-208ENST00000470161 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 EMC6-201ENST00000248378 653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 AK4P3-201ENST00000418260 669 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 ASPHD1-203ENST00000483405 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 PRKCB-209ENST00000498058 480 ntTSL 3 BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 TMEM185A-204ENST00000507237 903 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 REPIN1-217ENST00000518514 478 ntTSL 3 BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 TMEM41B-203ENST00000527813 803 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 EGLN1P1-201ENST00000531623 762 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 AC009093.4-201ENST00000567984 561 ntTSL 4 BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 ZNF652-202ENST00000430262 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 GTF3A-201ENST00000381140 1383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 TYMSOS-201ENST00000323813 844 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 TSPO2-202ENST00000373161 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 MESTP1-201ENST00000404287 994 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 UBE2C-206ENST00000405520 641 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 OOEP-AS1-201ENST00000445350 463 ntTSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 Z98884.1-201ENST00000451646 830 ntTSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 TSPO2-203ENST00000470917 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 BAALC-AS1-207ENST00000522856 594 ntTSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 PDCD2L-203ENST00000587065 492 ntTSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 UBE2C-208ENST00000617055 705 ntTSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 LRRC23-207ENST00000433346 1387 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 SLC25A3-211ENST00000548847 1369 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 CEMP1-202ENST00000567119 1374 ntAPPRIS P2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 FAM228B-210ENST00000615575 1357 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 NDUFS6-201ENST00000274137 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 LRRC23-202ENST00000323702 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 SSSCA1-206ENST00000531405 879 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 AC091076.1-201ENST00000610741 619 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 FAM66B-201ENST00000529456 1432 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 NDUFB9-206ENST00000522532 1319 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 WBP2-213ENST00000590221 1745 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 WDR25-201ENST00000335290 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 RHEBL1-201ENST00000301068 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 TSPY14P-201ENST00000303979 915 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 INSIG1-202ENST00000342407 1127 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 PRR31-201ENST00000371629 978 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 NPY-202ENST00000405982 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 BX664615.1-201ENST00000443558 458 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 TNFSF13-208ENST00000483039 959 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 NMU-205ENST00000511469 756 ntTSL 3 BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 LY6E-211ENST00000521699 1256 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 ZNF599-203ENST00000588760 948 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 TRIM73-201ENST00000323819 1358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMD1Q9UGP4 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.9 ms