Protein–RNA interactions for Protein: O43365

HOXA3, Homeobox protein Hox-A3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 443 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA3O43365 GLG1-214ENST00000627032 2147 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXA3O43365 AC097493.4-201ENST00000641197 219 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXA3O43365 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXA3O43365 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXA3O43365 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXA3O43365 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXA3O43365 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXA3O43365 MAF1-201ENST00000322428 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 TRMU-202ENST00000381019 1381 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 AC008105.2-201ENST00000420431 579 ntTSL 4 BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 MFSD4A-206ENST00000489709 1136 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 RNASEK-202ENST00000548577 810 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 SMAD7-207ENST00000589634 1278 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 SMAGP-204ENST00000603838 816 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 AC016737.2-201ENST00000609273 358 ntTSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 CR392000.1-201ENST00000624770 1228 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 TMEM218-213ENST00000531909 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 IFNAR2-204ENST00000382264 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 KCNK17-202ENST00000453413 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 ERLIN1-203ENST00000421367 5792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 SPTBN4-207ENST00000595535 6105 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 RAMP1-204ENST00000409726 734 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 LINC01786-202ENST00000453732 389 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 AC093752.1-201ENST00000511950 605 ntTSL 4 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 AZIN1-AS1-215ENST00000522939 644 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 AC012306.2-201ENST00000609350 630 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 REXO1L10P-201ENST00000615707 1290 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 RNASEH2C-203ENST00000528220 1337 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 SUDS3-204ENST00000543473 4897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 ZNF282-204ENST00000610704 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 B4GALNT1-213ENST00000552350 1649 ntTSL 4 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 KCNQ5-207ENST00000403813 6539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 DCAKD-208ENST00000614054 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 GORAB-201ENST00000367762 1699 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
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HOXA3O43365 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 P2RY11-201ENST00000321826 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 AP006587.1-201ENST00000534129 1502 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
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HOXA3O43365 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
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HOXA3O43365 FGFR2-224ENST00000613048 4369 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 KLF13-201ENST00000307145 6825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 WNT1-201ENST00000293549 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 CDKN1B-202ENST00000396340 897 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 RCN1P1-201ENST00000400413 996 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXA3O43365 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.9 ms