Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 KCNQ5-202ENST00000355194 6566 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 KCNQ5-206ENST00000402622 6596 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 SGO1-209ENST00000442720 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 TMEM218-213ENST00000531909 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 TRABD-201ENST00000303434 2329 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 AL691447.2-201ENST00000454869 2162 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 GLS-202ENST00000338435 4475 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 THAP7-AS1-203ENST00000452284 2298 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 LSR-214ENST00000621372 2274 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 HACE1-202ENST00000369125 3102 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 LIPG-203ENST00000577628 2323 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 P2RY11-201ENST00000321826 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 EIF3B-202ENST00000397011 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 KSR1-205ENST00000509603 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 PRSS33-204ENST00000576886 1755 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 EVC-201ENST00000264956 6431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 GOLGA3-203ENST00000456883 5496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 CCDC34-201ENST00000317945 2109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 STX17-212ENST00000534052 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 NFE2L1-204ENST00000536222 2172 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 AMDHD1-201ENST00000266736 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 MXD3-202ENST00000427908 2269 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 COL9A3-201ENST00000343916 2485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 CTBP2-205ENST00000411419 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 LYSMD4-202ENST00000344791 2885 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 MYH14-208ENST00000598205 6137 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 FAM69B-201ENST00000371691 2410 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 TAF5L-201ENST00000258281 3112 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 AR-209ENST00000613054 3532 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 SNAP47-202ENST00000366759 2362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 IFRD2-202ENST00000417626 2109 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 LONP1-201ENST00000360614 3236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 STAU2-229ENST00000524300 3065 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 BID-205ENST00000399774 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 SHANK3-203ENST00000445220 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 C17orf62-204ENST00000437807 2242 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 ZNF211-204ENST00000347302 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 CNOT6-201ENST00000261951 6176 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 LTBP4-201ENST00000204005 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 ANHX-202ENST00000545940 3452 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 SYN2-206ENST00000621198 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 FAM198A-202ENST00000430121 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 UPF1-201ENST00000262803 5348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.7 ms