Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 TSEN15-203ENST00000423085 1743 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 FAM197Y1-201ENST00000421178 764 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 BX322234.1-201ENST00000444188 980 ntTSL 3 BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 ABCC5-211ENST00000446941 883 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 EFTUD1P1-201ENST00000558187 596 ntTSL 4 BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 TK2-213ENST00000563369 882 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 AC009093.4-201ENST00000567984 561 ntTSL 4 BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 CD177P1-201ENST00000606252 935 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 TEX45-201ENST00000361664 1679 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 DPP3P2-201ENST00000416030 1696 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 TXNL1-211ENST00000590954 1339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 P2RY11-201ENST00000321826 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 QKI-201ENST00000275262 6964 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 TMEM243-201ENST00000257637 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 AL355355.2-201ENST00000442321 338 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 AP003071.4-201ENST00000562276 1284 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 TMEM163-201ENST00000281924 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 MTMR9LP-202ENST00000423995 1878 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 DUSP15-201ENST00000278979 1732 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 FAM26F-202ENST00000368605 1117 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 DNTTIP1-201ENST00000372622 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 AC008105.2-201ENST00000420431 579 ntTSL 4 BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 YPEL3-207ENST00000566134 761 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 FGF2-201ENST00000264498 6775 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 GORAB-201ENST00000367762 1699 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 AL353807.1-201ENST00000427475 662 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC19.17■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 DBNL-220ENST00000494774 2117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 NTAN1-211ENST00000622833 1049 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 NTAN1-212ENST00000624579 1115 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC19.17■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 PKM-215ENST00000565154 2004 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC19.16■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
USP53Q70EK8 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.1 ms