Protein–RNA interactions for Protein: O43248

HOXC11, Homeobox protein Hox-C11, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC11O43248 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
HOXC11O43248 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
HOXC11O43248 SYT7-208ENST00000542670 1887 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
HOXC11O43248 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
HOXC11O43248 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
HOXC11O43248 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
HOXC11O43248 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXC11O43248 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXC11O43248 CEMP1-202ENST00000567119 1374 ntAPPRIS P2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXC11O43248 RUFY3-203ENST00000417478 2143 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXC11O43248 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXC11O43248 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXC11O43248 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXC11O43248 TBX6-201ENST00000279386 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXC11O43248 TBX6-205ENST00000627355 1796 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXC11O43248 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXC11O43248 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXC11O43248 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXC11O43248 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXC11O43248 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXC11O43248 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXC11O43248 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXC11O43248 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXC11O43248 C20orf166-AS1-202ENST00000436101 761 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXC11O43248 AC011445.1-201ENST00000601911 877 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXC11O43248 AL445675.2-201ENST00000620291 557 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXC11O43248 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXC11O43248 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXC11O43248 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXC11O43248 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXC11O43248 C5orf17-202ENST00000512559 1984 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXC11O43248 SETD7-202ENST00000404104 1590 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXC11O43248 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXC11O43248 PKM-215ENST00000565154 2004 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.83
HOXC11O43248 CAV2-201ENST00000222693 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 WNT1-201ENST00000293549 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 PMF1-BGLAP-202ENST00000368276 852 ntTSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 AC103855.2-201ENST00000533315 573 ntTSL 4 BASIC20.2■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC20.2■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 KANK3-205ENST00000610351 1191 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 WISP2-202ENST00000372865 1518 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 ST3GAL3-239ENST00000545417 1667 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 PODNL1-203ENST00000538371 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 METTL21A-201ENST00000272839 1210 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 TUBB8P6-201ENST00000436895 1288 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 LINC01184-202ENST00000501173 949 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 AC026271.3-201ENST00000571884 352 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 AP000525.1-201ENST00000608286 694 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 AC016737.2-201ENST00000609273 358 ntTSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 GLDC-219ENST00000640208 420 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 RGMA-208ENST00000556658 1889 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 GLT8D1-213ENST00000491606 1577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 AC009487.1-202ENST00000437683 402 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 AL031985.4-201ENST00000642138 673 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 GOLGA6L3-201ENST00000507199 1679 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 SARDH-201ENST00000298628 1484 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXC11O43248 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 74.3 ms