Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 TMEM8A-201ENST00000250930 2346 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 TXNRD2-202ENST00000400518 2025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 PCDHA13-203ENST00000617769 2427 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 EPOR-208ENST00000592375 2086 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 RAB34-204ENST00000395245 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 MOB3C-202ENST00000319928 2822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 GLB1-201ENST00000307363 2616 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 PI4KB-213ENST00000529142 2603 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 BRSK2-215ENST00000544817 1842 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 DBNL-207ENST00000440166 1415 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 PIGQ-206ENST00000422307 2052 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 FUZ-201ENST00000313777 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 CHCHD10-201ENST00000401675 691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 TH-206ENST00000381178 1910 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 MOGS-201ENST00000233616 2895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 ACOT2-204ENST00000613168 1553 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 OGG1-204ENST00000339511 1815 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 EPS8L2-230ENST00000610855 1633 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 UBE2H-201ENST00000355621 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 BRSK2-201ENST00000308219 4089 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 BICRA-204ENST00000614245 5697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 DVL3-203ENST00000431765 2294 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 HSPA8-202ENST00000453788 2004 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 CLDN14-202ENST00000399135 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 CRACR2B-207ENST00000528542 1792 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 DYNLRB1-203ENST00000374846 1044 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 SMARCD2-212ENST00000613943 2342 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 LEFTY2-202ENST00000420304 2085 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 AC124283.5-201ENST00000624661 1809 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 ADAD1-202ENST00000388724 1912 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 SPOCK3-215ENST00000510741 1963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 MRGPRE-201ENST00000389832 1409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 SYT7-208ENST00000542670 1887 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 AP2M1-203ENST00000411763 1577 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 AC116351.2-201ENST00000606540 1585 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 CALM3-202ENST00000391918 702 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 AC105020.4-201ENST00000569467 563 ntTSL 4 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 METRNL-203ENST00000571814 1900 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 SLC36A1-209ENST00000521925 1621 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 ASMTL-206ENST00000534940 2048 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 LRFN4-201ENST00000309602 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 FAM212B-203ENST00000444059 1423 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.5 ms