Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 SNX27-204ENST00000458013 6403 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 CRHR1-214ENST00000619154 2370 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 MATK-215ENST00000619596 1740 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 MRPL2-207ENST00000487429 905 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 PAIP2-208ENST00000511706 468 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 EIF2AK4-209ENST00000560648 687 ntTSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 DCAKD-205ENST00000588499 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 AL121829.2-201ENST00000620908 328 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 EEF1D-225ENST00000529272 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 RMND5A-201ENST00000283632 6301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 DYNLRB1-203ENST00000374846 1044 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 HAGHL-213ENST00000564545 663 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 NEK3-208ENST00000618534 2414 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 BRSK1-201ENST00000309383 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 AC007383.3-201ENST00000453039 1411 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 UBR2-203ENST00000372903 2423 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 DISC1-202ENST00000317586 2636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 WDR25-201ENST00000335290 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 HAGLROS-201ENST00000426615 1121 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 AC122129.2-201ENST00000583598 466 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 JOSD2-202ENST00000595669 733 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 ETV2-202ENST00000379026 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 PLEKHH3-204ENST00000591022 2983 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 ING1-201ENST00000333219 5119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 GFER-201ENST00000248114 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 ASPHD1-201ENST00000308748 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 CCDC88B-202ENST00000356786 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 METTL21A-204ENST00000425132 869 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 AC068831.2-201ENST00000448987 367 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 RPH3AL-203ENST00000536489 1235 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 SMIM1-203ENST00000561886 491 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 SBK1-201ENST00000341901 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 AC091564.2-201ENST00000527191 399 ntTSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 LRRC75A-AS1-225ENST00000581913 1091 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 NFIB-207ENST00000397579 3129 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 FP700111.2-201ENST00000619190 1892 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 FBXL12-205ENST00000586651 1736 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.1 ms