Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC30.13■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 LINC02361-201ENST00000538731 1484 ntTSL 2 BASIC30.13■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 TBX6-201ENST00000279386 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 TBX6-205ENST00000627355 1796 ntTSL 5 BASIC30.13■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 FAM197Y1-201ENST00000421178 764 ntBASIC30.12■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 RNF146-204ENST00000476956 884 ntTSL 2 BASIC30.12■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC30.12■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 AP003071.4-201ENST00000562276 1284 ntBASIC30.12■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 AC016582.3-201ENST00000589653 561 ntTSL 4 BASIC30.12■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC30.12■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC30.12■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 LENG9-203ENST00000611161 1916 ntAPPRIS P1 BASIC30.12■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.12■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 ICAM4-201ENST00000340992 1176 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 GNB5-211ENST00000560116 918 ntTSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 TNFRSF12A-206ENST00000575124 1133 ntTSL 2 BASIC30.12■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC30.12■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 AL590326.2-201ENST00000625139 305 ntBASIC30.12■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 GALNT16-204ENST00000553669 1629 ntTSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC30.11■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC30.11■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 KRT16P6-202ENST00000425692 1426 ntBASIC30.11■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 C17orf58-201ENST00000334461 1535 ntTSL 2 BASIC30.11■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 LINC01122-201ENST00000422723 675 ntTSL 3 BASIC30.11■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 Z98884.1-201ENST00000451646 830 ntTSL 3 BASIC30.11■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.11■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 NMRAL1-213ENST00000574733 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.11■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 SETD7-202ENST00000404104 1590 ntTSL 2 BASIC30.1■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.1■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 NTMT1-209ENST00000611055 1562 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.1■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.1■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 ST3GAL3-239ENST00000545417 1667 ntTSL 5 BASIC30.1■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 RNASEH2C-203ENST00000528220 1337 ntTSL 2 BASIC30.1■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.1■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 LCE2B-201ENST00000368780 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 LRRC75A-AS1-205ENST00000475953 1201 ntTSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 AL049597.2-201ENST00000565575 961 ntBASIC30.1■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 REXO1L10P-201ENST00000615707 1290 ntBASIC30.1■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.1■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.1■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 STK25-204ENST00000405585 1643 ntTSL 2 BASIC30.09■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 FAU-207ENST00000529639 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 PODNL1-203ENST00000538371 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.09■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 WBP2-213ENST00000590221 1745 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC30.09■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 RHOC-204ENST00000369633 1295 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.08■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 AL035541.1-201ENST00000424850 823 ntTSL 2 BASIC30.08■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 AP001059.1-201ENST00000442785 523 ntTSL 3 BASIC30.08■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 AC004816.2-201ENST00000622856 284 ntTSL 5 BASIC30.08■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.08■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 SMARCB1-204ENST00000407422 1643 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC30.08■■■□□ 2.41
TCOF1Q13428 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.07■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 NCF1B-202ENST00000432102 930 ntTSL 2 BASIC30.07■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 TMEM263-208ENST00000551489 621 ntTSL 4 BASIC30.07■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 P4HB-223ENST00000576390 439 ntTSL 4 BASIC30.07■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 AC020911.2-202ENST00000588945 593 ntTSL 3 BASIC30.07■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 AC007743.1-203ENST00000447423 1623 ntTSL 2 BASIC30.07■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 BCKDK-203ENST00000394950 1997 ntTSL 2 BASIC30.07■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC30.07■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 SYT7-208ENST00000542670 1887 ntTSL 5 BASIC30.07■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 MRPS2-201ENST00000241600 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC30.07■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.07■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 AP006587.1-201ENST00000534129 1502 ntBASIC30.06■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 MDK-201ENST00000359803 985 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC30.06■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC30.06■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 ABCD4-228ENST00000557588 763 ntTSL 3 BASIC30.06■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 GCHFR-205ENST00000559932 695 ntTSL 2 BASIC30.06■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 DXO-202ENST00000375349 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.06■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 LINC00511-201ENST00000453722 1716 ntTSL 2 BASIC30.06■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC30.06■■■□□ 2.4
TCOF1Q13428 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
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