Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 MOK-234ENST00000524370 1165 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 TRAF7-205ENST00000567653 666 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 AL121956.5-201ENST00000625261 221 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 ZNF771-202ENST00000434417 1454 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 H1FNT-201ENST00000335017 1300 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 CAMK4-210ENST00000512453 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 GGCT-202ENST00000275428 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 IPPK-202ENST00000375522 882 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 FAM207BP-201ENST00000447172 505 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 LRRC75A-AS1-205ENST00000475953 1201 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 GNB5-211ENST00000560116 918 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 AC011247.3-202ENST00000605062 570 ntTSL 4 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 CALM2-201ENST00000272298 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 DNTTIP1-201ENST00000372622 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 AGBL5-AS1-201ENST00000444217 407 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 CHCHD3-203ENST00000448878 1038 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 MUC1-212ENST00000457295 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 DUX4-205ENST00000570263 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 AC138207.7-201ENST00000584499 668 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 TXNL4A-211ENST00000592837 611 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 AC243829.1-201ENST00000615128 1059 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 FP565260.3-205ENST00000620481 816 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 C1QTNF8-202ENST00000621771 897 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 TWF2-203ENST00000499914 1440 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 TLCD1-201ENST00000292090 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 SCGB3A1-201ENST00000292641 521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 BET1L-202ENST00000332865 533 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 CALM3-202ENST00000391918 702 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 AP000692.2-201ENST00000608391 879 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 AC130371.2-201ENST00000619443 611 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 TRAK2-202ENST00000430254 1436 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 CACNG5-202ENST00000533854 1311 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 KCNMB3-202ENST00000349697 1228 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 SNHG7-203ENST00000436596 509 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 COX11P1-201ENST00000489116 835 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 ALKAL1-202ENST00000523939 536 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 AC011498.2-201ENST00000588798 540 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 KLK14-201ENST00000156499 1060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 NT5C1A-201ENST00000235628 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 AGTRAP-201ENST00000314340 1107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 NEURL2-201ENST00000372518 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 KRTAP5-3-201ENST00000399685 899 ntAPPRIS P1 BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 CBR1-203ENST00000439427 1024 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 AC051649.1-201ENST00000509204 330 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 CD320-202ENST00000537716 1119 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 SLC25A1P4-201ENST00000567977 778 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.9 ms