Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 NBPF9-209ENST00000621645 5632 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 RTKN-201ENST00000233330 2220 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 SMARCD2-212ENST00000613943 2342 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 ARID1A-201ENST00000324856 8577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 RGMA-208ENST00000556658 1889 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC17.98■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 KDM5C-203ENST00000375383 5122 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 KRT8P20-201ENST00000423953 1409 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 ACTR5-201ENST00000243903 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 CYP21A2-222ENST00000435122 1914 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 EYA2-210ENST00000611592 2612 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC17.98■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 SMYD2-201ENST00000366957 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 RAB34-204ENST00000395245 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 AQP11-201ENST00000313578 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 NDRG2-215ENST00000553503 2162 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 RGS11-204ENST00000397770 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 CASP9-210ENST00000546424 4463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 MAP4K4-210ENST00000425019 4403 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 KRT16P3-203ENST00000580621 1939 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 AC104581.1-201ENST00000324348 2852 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 KANSL1-218ENST00000638275 5352 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 FAM217A-201ENST00000274673 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 DVL3-203ENST00000431765 2294 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 WFIKKN1-201ENST00000319070 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 NFIB-207ENST00000397579 3129 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 RIMKLB-202ENST00000357529 5830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 DMAP1-202ENST00000361745 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 KRT16P6-202ENST00000425692 1426 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 DOK1-201ENST00000233668 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 HSPD1-202ENST00000388968 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 INSM1-201ENST00000310227 2829 ntAPPRIS P1 BASIC17.96■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 BIN2-210ENST00000615107 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 JMJD4-202ENST00000438896 2502 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 CRTAC1-203ENST00000370597 2890 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 PRPS1-203ENST00000372428 1748 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC17.96■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 KIAA1456-201ENST00000400069 1982 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 GPRC5C-204ENST00000392629 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
HIF3AQ9Y2N7 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.46
HIF3AQ9Y2N7 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.46
HIF3AQ9Y2N7 PELI3-202ENST00000349459 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.46
HIF3AQ9Y2N7 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC17.96■□□□□ 0.46
HIF3AQ9Y2N7 NAT8L-201ENST00000331662 5571 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.46
HIF3AQ9Y2N7 SAXO1-202ENST00000380534 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
HIF3AQ9Y2N7 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
HIF3AQ9Y2N7 FGF14-IT1-202ENST00000607251 2123 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
HIF3AQ9Y2N7 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
HIF3AQ9Y2N7 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
HIF3AQ9Y2N7 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.95■□□□□ 0.46
HIF3AQ9Y2N7 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC17.95■□□□□ 0.46
HIF3AQ9Y2N7 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
HIF3AQ9Y2N7 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
HIF3AQ9Y2N7 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC17.95■□□□□ 0.46
HIF3AQ9Y2N7 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
HIF3AQ9Y2N7 TNFSF11-203ENST00000398795 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
HIF3AQ9Y2N7 CRLF3-201ENST00000324238 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
HIF3AQ9Y2N7 IRGQ-205ENST00000602269 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
HIF3AQ9Y2N7 DMRT2-205ENST00000382255 2367 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.1 ms