Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 ACVR1C-201ENST00000243349 8994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 NPAS1-201ENST00000439365 1341 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 KCNQ5-201ENST00000342056 6688 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 PHF20L1-214ENST00000485595 1810 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 BABAM1-213ENST00000601043 1366 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 HLA-G-202ENST00000376815 851 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 HLA-G-203ENST00000376818 1127 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 ISG20-210ENST00000560741 800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 TMEM255B-202ENST00000375353 6100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 ITGA4-202ENST00000339307 1403 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 TNFRSF25-203ENST00000351959 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 WDR25-201ENST00000335290 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 PRSS3-201ENST00000342836 1144 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 AC211429.1-201ENST00000415277 523 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 ELAVL3-202ENST00000438662 1223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 HAGHL-213ENST00000564545 663 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 FBXL17-205ENST00000542267 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 H19-201ENST00000411754 1788 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 TSPY7P-201ENST00000431358 1114 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 TSPY1-202ENST00000451548 1160 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 PAIP2-208ENST00000511706 468 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 AC090877.2-202ENST00000560363 574 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 AL031963.3-201ENST00000606441 850 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 GLG1-214ENST00000627032 2147 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 KRT8P20-201ENST00000423953 1409 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 EPN2-212ENST00000575595 1491 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 SLC35A3-205ENST00000465289 5696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 SPTBN4-207ENST00000595535 6105 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 CABP2-202ENST00000353903 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.9 ms