Protein–RNA interactions for Protein: Q9D1C8

Vps28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, mousemouse

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Vps28Q9D1C8 Zxdc-201ENSMUST00000045740 1612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Vps28Q9D1C8 Cbln1-201ENSMUST00000034076 2800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Vps28Q9D1C8 Glrx2-205ENSMUST00000145571 758 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
Vps28Q9D1C8 Gm11529-201ENSMUST00000153012 639 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Vps28Q9D1C8 AC117232.3-201ENSMUST00000217817 338 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
Vps28Q9D1C8 Rras2-201ENSMUST00000069449 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
Vps28Q9D1C8 Ankrd60-202ENSMUST00000119453 1084 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
Vps28Q9D1C8 Rundc3a-203ENSMUST00000107103 1822 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
Vps28Q9D1C8 Zfyve21-201ENSMUST00000021714 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
Vps28Q9D1C8 Iscu-203ENSMUST00000112312 1116 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
Vps28Q9D1C8 Clk2-203ENSMUST00000121931 2112 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
Vps28Q9D1C8 Kras-207ENSMUST00000203147 817 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
Vps28Q9D1C8 Lmo2-202ENSMUST00000111140 1706 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
Vps28Q9D1C8 Mpp6-203ENSMUST00000166318 2222 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Vps28Q9D1C8 E030037K01Rik-201ENSMUST00000180928 1756 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
Vps28Q9D1C8 Smarcad1-211ENSMUST00000204696 734 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Vps28Q9D1C8 Amer2-203ENSMUST00000225247 2662 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
Vps28Q9D1C8 Phlda3-201ENSMUST00000038945 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Vps28Q9D1C8 1810049J17Rik-201ENSMUST00000180521 462 ntAPPRIS P1 BASIC24.48■■□□□ 1.51
Vps28Q9D1C8 Rbmxl2-201ENSMUST00000098135 1472 ntAPPRIS P1 BASIC24.48■■□□□ 1.51
Vps28Q9D1C8 Aspscr1-202ENSMUST00000103016 1689 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
Vps28Q9D1C8 Pcf11-205ENSMUST00000208255 1720 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
Vps28Q9D1C8 Mypop-203ENSMUST00000131087 1951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
Vps28Q9D1C8 Lemd2-201ENSMUST00000055117 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Vps28Q9D1C8 Gm28052-201ENSMUST00000150388 380 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
Vps28Q9D1C8 Guk1-204ENSMUST00000170202 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Vps28Q9D1C8 Cnnm3-202ENSMUST00000097776 5292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Vps28Q9D1C8 Fezf2-202ENSMUST00000224023 1917 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
Vps28Q9D1C8 Anapc11-202ENSMUST00000093140 962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Vps28Q9D1C8 Reep6-202ENSMUST00000105354 2208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Vps28Q9D1C8 Reep6-205ENSMUST00000105358 2208 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Vps28Q9D1C8 Mapkap1-201ENSMUST00000113123 1530 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
Vps28Q9D1C8 Caap1-201ENSMUST00000030313 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Vps28Q9D1C8 Hdgf-201ENSMUST00000005017 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Vps28Q9D1C8 Gm960-202ENSMUST00000177696 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
Vps28Q9D1C8 Dtnbp1-202ENSMUST00000110128 1305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
Vps28Q9D1C8 Pm20d2-202ENSMUST00000119167 1339 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Vps28Q9D1C8 Mpp6-202ENSMUST00000036236 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Vps28Q9D1C8 B230208H11Rik-201ENSMUST00000180529 1112 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Vps28Q9D1C8 Gm30023-201ENSMUST00000197970 889 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
Vps28Q9D1C8 Irx4-201ENSMUST00000022095 2589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
Vps28Q9D1C8 Igfbp3-202ENSMUST00000135887 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Vps28Q9D1C8 Lmo4-201ENSMUST00000120539 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Vps28Q9D1C8 Rragc-201ENSMUST00000030399 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Vps28Q9D1C8 Gsk3a-202ENSMUST00000108411 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
Vps28Q9D1C8 1110065P20Rik-201ENSMUST00000106190 968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
Vps28Q9D1C8 Gfra4-203ENSMUST00000110234 600 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Vps28Q9D1C8 Gfra4-204ENSMUST00000110235 573 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Vps28Q9D1C8 Gm19582-201ENSMUST00000187511 841 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
Vps28Q9D1C8 Wt1-209ENSMUST00000213301 1554 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Vps28Q9D1C8 Stradb-202ENSMUST00000114296 1348 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Vps28Q9D1C8 2410017I17Rik-202ENSMUST00000090537 2053 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
Vps28Q9D1C8 Fank1-204ENSMUST00000209511 1392 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
Vps28Q9D1C8 Lrfn1-203ENSMUST00000189877 1852 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
Vps28Q9D1C8 Gm2018-201ENSMUST00000140754 478 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
Vps28Q9D1C8 Tmem200b-201ENSMUST00000094666 1370 ntAPPRIS P1 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Vps28Q9D1C8 Snx3-203ENSMUST00000105500 753 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Vps28Q9D1C8 Cacfd1-203ENSMUST00000114005 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Vps28Q9D1C8 Mxd4-202ENSMUST00000119171 1160 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Vps28Q9D1C8 E130102H24Rik-201ENSMUST00000144604 741 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Vps28Q9D1C8 Ppa2-201ENSMUST00000029644 1226 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Vps28Q9D1C8 Nr2f6-201ENSMUST00000002466 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Vps28Q9D1C8 Cdkn2b-201ENSMUST00000097981 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Vps28Q9D1C8 1700084E18Rik-202ENSMUST00000205624 729 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
Vps28Q9D1C8 Ell2-205ENSMUST00000222194 434 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
Vps28Q9D1C8 Ccdc122-201ENSMUST00000048208 1721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Vps28Q9D1C8 Grb2-202ENSMUST00000106495 2041 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
Vps28Q9D1C8 Babam2-209ENSMUST00000201352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Vps28Q9D1C8 Hmx3-201ENSMUST00000046093 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Vps28Q9D1C8 Arf6-201ENSMUST00000050063 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Vps28Q9D1C8 Klhl25-205ENSMUST00000206019 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Vps28Q9D1C8 Tsen34-211ENSMUST00000205287 1375 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
Vps28Q9D1C8 Flt3l-211ENSMUST00000211429 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Vps28Q9D1C8 Ankrd28-201ENSMUST00000014640 6712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Vps28Q9D1C8 Mospd3-201ENSMUST00000037620 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Vps28Q9D1C8 Basp1-201ENSMUST00000058845 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Vps28Q9D1C8 Cys1-203ENSMUST00000156453 1732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
Vps28Q9D1C8 Eed-201ENSMUST00000107234 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Vps28Q9D1C8 St6galnac6-204ENSMUST00000095045 2536 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Vps28Q9D1C8 St7-202ENSMUST00000052113 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Vps28Q9D1C8 Hspb1-202ENSMUST00000111155 930 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Vps28Q9D1C8 Gm17110-201ENSMUST00000171248 735 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
Vps28Q9D1C8 Gm7432-201ENSMUST00000210343 879 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
Vps28Q9D1C8 Lmo2-203ENSMUST00000111143 1654 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Vps28Q9D1C8 A030003K21Rik-201ENSMUST00000222600 830 ntAPPRIS P1 BASIC24.23■■□□□ 1.47
Vps28Q9D1C8 Marveld2-202ENSMUST00000163163 2187 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Vps28Q9D1C8 Rgs7-206ENSMUST00000194555 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Vps28Q9D1C8 Irf2bp2-201ENSMUST00000054960 5080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
Vps28Q9D1C8 Ccnd3-205ENSMUST00000182209 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Vps28Q9D1C8 Map3k10-204ENSMUST00000138243 1621 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Vps28Q9D1C8 Gpr27-201ENSMUST00000101122 2388 ntAPPRIS P1 BASIC24.21■■□□□ 1.47
Vps28Q9D1C8 Ubp1-203ENSMUST00000116492 2111 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Vps28Q9D1C8 Eci1-201ENSMUST00000024946 1091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Vps28Q9D1C8 6430548M08Rik-202ENSMUST00000108948 1762 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Vps28Q9D1C8 Snrpe-202ENSMUST00000164574 597 ntTSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
Vps28Q9D1C8 Ppp1r3e-201ENSMUST00000168622 1852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
Vps28Q9D1C8 Map2k7-207ENSMUST00000110999 1578 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
Vps28Q9D1C8 Otulin-201ENSMUST00000059662 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
Vps28Q9D1C8 Maz-201ENSMUST00000032916 2347 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
Vps28Q9D1C8 Mtch1-202ENSMUST00000118366 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 14.3 ms