Protein–RNA interactions for Protein: Q9CU62

Smc1a, Structural maintenance of chromosomes protein 1A, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 1,233 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Smc1aQ9CU62 Gas2l1-201ENSMUST00000037146 2686 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
Smc1aQ9CU62 Sugct-202ENSMUST00000220514 1351 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
Smc1aQ9CU62 Gm20402-201ENSMUST00000174738 687 ntTSL 3 BASIC26.38■■□□□ 1.81
Smc1aQ9CU62 Snx3-201ENSMUST00000019939 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
Smc1aQ9CU62 Ppp4c-211ENSMUST00000206570 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
Smc1aQ9CU62 Rpsa-204ENSMUST00000217317 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
Smc1aQ9CU62 Pm20d2-201ENSMUST00000098181 1445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
Smc1aQ9CU62 Clptm1l-201ENSMUST00000022102 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
Smc1aQ9CU62 Zfp422-201ENSMUST00000057540 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
Smc1aQ9CU62 Amigo1-203ENSMUST00000106659 1360 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
Smc1aQ9CU62 Caap1-201ENSMUST00000030313 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
Smc1aQ9CU62 5730480H06Rik-201ENSMUST00000030968 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
Smc1aQ9CU62 Glrx2-205ENSMUST00000145571 758 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
Smc1aQ9CU62 Dda1-209ENSMUST00000147642 1865 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
Smc1aQ9CU62 Bckdhb-201ENSMUST00000034801 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
Smc1aQ9CU62 1700084E18Rik-202ENSMUST00000205624 729 ntBASIC26.32■■□□□ 1.8
Smc1aQ9CU62 Gm30346-201ENSMUST00000218641 1699 ntBASIC26.31■■□□□ 1.8
Smc1aQ9CU62 B4galt7-202ENSMUST00000100764 2195 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
Smc1aQ9CU62 Rbm17-201ENSMUST00000040314 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
Smc1aQ9CU62 Ctbp1-211ENSMUST00000202868 2436 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
Smc1aQ9CU62 Ica1-201ENSMUST00000038403 2075 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
Smc1aQ9CU62 Gm6345-201ENSMUST00000180378 1691 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
Smc1aQ9CU62 Gfra4-203ENSMUST00000110234 600 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
Smc1aQ9CU62 Gfra4-204ENSMUST00000110235 573 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
Smc1aQ9CU62 Osbpl1a-209ENSMUST00000122175 1203 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
Smc1aQ9CU62 Endog-201ENSMUST00000015481 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
Smc1aQ9CU62 Phlda3-201ENSMUST00000038945 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
Smc1aQ9CU62 Eif4e2-203ENSMUST00000113230 1569 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
Smc1aQ9CU62 Rundc3a-204ENSMUST00000107105 1861 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
Smc1aQ9CU62 Runx3-202ENSMUST00000119564 1855 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
Smc1aQ9CU62 Hspb1-202ENSMUST00000111155 930 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
Smc1aQ9CU62 Tada2b-202ENSMUST00000119916 1321 ntTSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
Smc1aQ9CU62 Cebpb-201ENSMUST00000070642 1504 ntAPPRIS P1 BASIC26.25■■□□□ 1.79
Smc1aQ9CU62 AC163623.1-201ENSMUST00000213738 727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.25■■□□□ 1.79
Smc1aQ9CU62 Lpcat4-201ENSMUST00000028554 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
Smc1aQ9CU62 Dtnb-211ENSMUST00000173240 2218 ntTSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
Smc1aQ9CU62 A530058N18Rik-203ENSMUST00000135729 1405 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
Smc1aQ9CU62 Nhlrc1-201ENSMUST00000052747 2294 ntAPPRIS P1 BASIC26.24■■□□□ 1.79
Smc1aQ9CU62 Ssbp3-202ENSMUST00000072753 1924 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
Smc1aQ9CU62 Zmynd12-201ENSMUST00000094819 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
Smc1aQ9CU62 Kcnq5-206ENSMUST00000173404 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
Smc1aQ9CU62 Iscu-203ENSMUST00000112312 1116 ntTSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
Smc1aQ9CU62 Susd4-202ENSMUST00000153348 1898 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
Smc1aQ9CU62 Fgf20-201ENSMUST00000034014 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
Smc1aQ9CU62 Rnf149-201ENSMUST00000062525 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
Smc1aQ9CU62 Klhl35-201ENSMUST00000037359 1954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
Smc1aQ9CU62 Smarcad1-211ENSMUST00000204696 734 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
Smc1aQ9CU62 Gm7432-201ENSMUST00000210343 879 ntBASIC26.21■■□□□ 1.79
Smc1aQ9CU62 Fam168b-201ENSMUST00000047534 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
Smc1aQ9CU62 Smarcc1-203ENSMUST00000197480 1949 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
Smc1aQ9CU62 1700003F12Rik-202ENSMUST00000109709 704 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.2■■□□□ 1.78
Smc1aQ9CU62 1700003F12Rik-201ENSMUST00000045116 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
Smc1aQ9CU62 Otud5-205ENSMUST00000115668 2543 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
Smc1aQ9CU62 Guf1-201ENSMUST00000031113 1769 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
Smc1aQ9CU62 Eed-201ENSMUST00000107234 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
Smc1aQ9CU62 Acvr2b-202ENSMUST00000165044 2093 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
Smc1aQ9CU62 Mrps7-201ENSMUST00000058109 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
Smc1aQ9CU62 Mfsd5-201ENSMUST00000051341 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
Smc1aQ9CU62 Gm15688-201ENSMUST00000161394 2418 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
Smc1aQ9CU62 Eya2-202ENSMUST00000088132 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
Smc1aQ9CU62 1110065P20Rik-201ENSMUST00000106190 968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
Smc1aQ9CU62 Fkbp8-202ENSMUST00000119353 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
Smc1aQ9CU62 Slc39a13-201ENSMUST00000073575 2469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
Smc1aQ9CU62 Clk2-201ENSMUST00000090927 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
Smc1aQ9CU62 Fam220a-204ENSMUST00000119488 2202 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
Smc1aQ9CU62 Fam220a-209ENSMUST00000200267 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
Smc1aQ9CU62 Isoc1-201ENSMUST00000025503 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
Smc1aQ9CU62 Cabp1-204ENSMUST00000112113 1621 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
Smc1aQ9CU62 Lrrc4b-201ENSMUST00000058667 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
Smc1aQ9CU62 Gpr137c-205ENSMUST00000227009 771 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
Smc1aQ9CU62 Dapk3-202ENSMUST00000178422 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
Smc1aQ9CU62 Rras2-201ENSMUST00000069449 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
Smc1aQ9CU62 Tlx3-201ENSMUST00000037746 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
Smc1aQ9CU62 Cacfd1-203ENSMUST00000114005 1286 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
Smc1aQ9CU62 Ppa2-201ENSMUST00000029644 1226 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
Smc1aQ9CU62 Ccdc50-202ENSMUST00000096127 1096 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
Smc1aQ9CU62 Rheb-201ENSMUST00000030787 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
Smc1aQ9CU62 Bcl7b-202ENSMUST00000111187 564 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
Smc1aQ9CU62 Pcbd2-201ENSMUST00000021958 544 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
Smc1aQ9CU62 Fam69b-201ENSMUST00000074240 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
Smc1aQ9CU62 Nans-201ENSMUST00000030018 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
Smc1aQ9CU62 Nisch-222ENSMUST00000172142 2780 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
Smc1aQ9CU62 Phf23-205ENSMUST00000135814 2214 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
Smc1aQ9CU62 Msi2-202ENSMUST00000107908 695 ntTSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
Smc1aQ9CU62 Gm28052-201ENSMUST00000150388 380 ntTSL 3 BASIC26.06■■□□□ 1.76
Smc1aQ9CU62 Dpf1-204ENSMUST00000108231 2040 ntTSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
Smc1aQ9CU62 P2rx2-205ENSMUST00000200037 1569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
Smc1aQ9CU62 Gm9887-201ENSMUST00000053451 624 ntAPPRIS P1 BASIC26.05■■□□□ 1.76
Smc1aQ9CU62 Hmgn3-202ENSMUST00000162246 983 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
Smc1aQ9CU62 Efemp2-201ENSMUST00000070118 1781 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
Smc1aQ9CU62 Tm6sf1-201ENSMUST00000041890 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
Smc1aQ9CU62 Pdia5-201ENSMUST00000023550 1808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
Smc1aQ9CU62 Mpp6-209ENSMUST00000204545 2418 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
Smc1aQ9CU62 Popdc3-201ENSMUST00000019994 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
Smc1aQ9CU62 St7-202ENSMUST00000052113 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
Smc1aQ9CU62 Tmem260-208ENSMUST00000226400 2281 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
Smc1aQ9CU62 Slc22a17-201ENSMUST00000050772 2290 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
Smc1aQ9CU62 Serpinb6a-201ENSMUST00000017188 1504 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
Smc1aQ9CU62 Gm11599-201ENSMUST00000118720 878 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
Smc1aQ9CU62 Tbx1-201ENSMUST00000009241 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 8.9 ms