Protein–RNA interactions for Protein: Q5I043

Usp28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, mousemouse

Predictions only

Length 1,051 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp28Q5I043 Ybx3-201ENSMUST00000032309 1853 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
Usp28Q5I043 Zmynd12-201ENSMUST00000094819 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
Usp28Q5I043 Ica1-201ENSMUST00000038403 2075 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
Usp28Q5I043 Nelfe-201ENSMUST00000097343 1607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
Usp28Q5I043 Gm43863-201ENSMUST00000203822 1192 ntBASIC27.39■■□□□ 1.98
Usp28Q5I043 Pcsk1n-201ENSMUST00000041096 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
Usp28Q5I043 Syndig1l-204ENSMUST00000222422 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
Usp28Q5I043 Zfp131-205ENSMUST00000223812 663 ntBASIC27.34■■□□□ 1.97
Usp28Q5I043 Srcap-211ENSMUST00000189136 1960 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
Usp28Q5I043 1700016A09Rik-201ENSMUST00000192004 835 ntBASIC27.33■■□□□ 1.97
Usp28Q5I043 Basp1-201ENSMUST00000058845 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
Usp28Q5I043 Thra-202ENSMUST00000103139 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
Usp28Q5I043 Gas2l1-201ENSMUST00000037146 2686 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.96
Usp28Q5I043 Atp5a1-202ENSMUST00000114748 2674 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
Usp28Q5I043 Fam220a-206ENSMUST00000196487 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
Usp28Q5I043 Fam3c-201ENSMUST00000081288 1487 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
Usp28Q5I043 Irak1-207ENSMUST00000114360 2441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
Usp28Q5I043 Ube2i-206ENSMUST00000172618 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
Usp28Q5I043 Zfp513-202ENSMUST00000114590 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
Usp28Q5I043 Sys1-201ENSMUST00000072452 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
Usp28Q5I043 Ints11-202ENSMUST00000120794 1884 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
Usp28Q5I043 Emid1-201ENSMUST00000062821 1947 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
Usp28Q5I043 A530058N18Rik-204ENSMUST00000141209 709 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
Usp28Q5I043 Dlg1-203ENSMUST00000100001 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
Usp28Q5I043 1810026B05Rik-206ENSMUST00000187421 519 ntTSL 3 BASIC27.29■■□□□ 1.96
Usp28Q5I043 Pm20d2-201ENSMUST00000098181 1445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
Usp28Q5I043 AC157572.2-201ENSMUST00000226970 908 ntBASIC27.28■■□□□ 1.96
Usp28Q5I043 Snta1-202ENSMUST00000109728 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
Usp28Q5I043 Snta1-201ENSMUST00000028991 2125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
Usp28Q5I043 Efcc1-202ENSMUST00000159570 2293 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
Usp28Q5I043 P2rx2-205ENSMUST00000200037 1569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.96
Usp28Q5I043 Dlx6os2-201ENSMUST00000178206 1354 ntBASIC27.25■■□□□ 1.95
Usp28Q5I043 Qrich1-209ENSMUST00000194385 975 ntTSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
Usp28Q5I043 Ccnd3-205ENSMUST00000182209 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
Usp28Q5I043 Capns1-201ENSMUST00000001845 1600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
Usp28Q5I043 Gm9397-201ENSMUST00000200125 605 ntBASIC27.24■■□□□ 1.95
Usp28Q5I043 Stard3nl-210ENSMUST00000222869 1030 ntTSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
Usp28Q5I043 Vdac1-202ENSMUST00000102758 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
Usp28Q5I043 Cited2-201ENSMUST00000038107 1979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
Usp28Q5I043 D730045B01Rik-202ENSMUST00000186838 1543 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
Usp28Q5I043 Pate2-201ENSMUST00000098906 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
Usp28Q5I043 Eya2-202ENSMUST00000088132 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
Usp28Q5I043 Gas7-203ENSMUST00000108681 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.94
Usp28Q5I043 B3gat1-201ENSMUST00000115269 1665 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
Usp28Q5I043 Zxdc-201ENSMUST00000045740 1612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
Usp28Q5I043 Lmo4-201ENSMUST00000120539 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
Usp28Q5I043 AC122428.3-201ENSMUST00000215551 2290 ntBASIC27.19■■□□□ 1.94
Usp28Q5I043 Mta3-201ENSMUST00000067826 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
Usp28Q5I043 Lmo2-203ENSMUST00000111143 1654 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
Usp28Q5I043 Msi2-202ENSMUST00000107908 695 ntTSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
Usp28Q5I043 Pura-201ENSMUST00000051301 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
Usp28Q5I043 Ildr2-206ENSMUST00000194964 2467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
Usp28Q5I043 4930577N17Rik-201ENSMUST00000139771 1625 ntBASIC27.16■■□□□ 1.94
Usp28Q5I043 Pdss1-201ENSMUST00000053729 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
Usp28Q5I043 Shf-203ENSMUST00000110531 1557 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.94
Usp28Q5I043 Gm24970-201ENSMUST00000175582 82 ntBASIC27.14■■□□□ 1.94
Usp28Q5I043 Wt1-209ENSMUST00000213301 1554 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
Usp28Q5I043 Hnrnpl-201ENSMUST00000038572 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
Usp28Q5I043 1700069B07Rik-202ENSMUST00000191155 939 ntBASIC27.11■■□□□ 1.93
Usp28Q5I043 2310014F06Rik-201ENSMUST00000146145 1567 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
Usp28Q5I043 2510039O18Rik-201ENSMUST00000103232 2731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
Usp28Q5I043 Gm26508-201ENSMUST00000181285 1516 ntTSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
Usp28Q5I043 Pard6a-205ENSMUST00000212430 1261 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
Usp28Q5I043 Stard10-203ENSMUST00000164479 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
Usp28Q5I043 Acot5-201ENSMUST00000046422 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
Usp28Q5I043 Tdp2-201ENSMUST00000038039 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
Usp28Q5I043 1810026B05Rik-202ENSMUST00000184554 782 ntTSL 3 BASIC27.06■■□□□ 1.92
Usp28Q5I043 Fam174a-201ENSMUST00000059975 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
Usp28Q5I043 Ppp1r3e-201ENSMUST00000168622 1852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
Usp28Q5I043 Gm15688-201ENSMUST00000161394 2418 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
Usp28Q5I043 Cdv3-205ENSMUST00000189896 1023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
Usp28Q5I043 Tmem243-201ENSMUST00000115365 1040 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
Usp28Q5I043 Tdp2-203ENSMUST00000223804 1136 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
Usp28Q5I043 Hoxb3os-202ENSMUST00000147410 1945 ntTSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
Usp28Q5I043 Suv39h2-202ENSMUST00000060618 1831 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
Usp28Q5I043 Prr3-201ENSMUST00000055454 2727 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
Usp28Q5I043 Gm45580-201ENSMUST00000210430 889 ntTSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
Usp28Q5I043 P3h4-201ENSMUST00000066489 2178 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
Usp28Q5I043 Suds3-201ENSMUST00000086471 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
Usp28Q5I043 1190005I06Rik-201ENSMUST00000123927 844 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
Usp28Q5I043 Arx-202ENSMUST00000113947 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
Usp28Q5I043 Rpsa-204ENSMUST00000217317 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
Usp28Q5I043 Actr3b-202ENSMUST00000128727 2031 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
Usp28Q5I043 Map3k10-204ENSMUST00000138243 1621 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
Usp28Q5I043 Tead1-203ENSMUST00000084705 2543 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
Usp28Q5I043 Efna3-201ENSMUST00000029673 2363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
Usp28Q5I043 Gltp-203ENSMUST00000112214 944 ntTSL 3 BASIC26.97■■□□□ 1.91
Usp28Q5I043 Efna2-201ENSMUST00000003154 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
Usp28Q5I043 Hmx3-201ENSMUST00000046093 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
Usp28Q5I043 Adra1d-201ENSMUST00000103184 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
Usp28Q5I043 Arf6-201ENSMUST00000050063 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
Usp28Q5I043 Gm45855-201ENSMUST00000212546 880 ntBASIC26.95■■□□□ 1.9
Usp28Q5I043 1110008F13Rik-201ENSMUST00000029165 1045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
Usp28Q5I043 A530058N18Rik-203ENSMUST00000135729 1405 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
Usp28Q5I043 Zdhhc2-202ENSMUST00000128166 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
Usp28Q5I043 Cys1-203ENSMUST00000156453 1732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
Usp28Q5I043 Gm30023-201ENSMUST00000197970 889 ntBASIC26.94■■□□□ 1.9
Usp28Q5I043 B4galt2-201ENSMUST00000030266 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
Usp28Q5I043 Cdkn2c-202ENSMUST00000097921 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
Usp28Q5I043 Ccna1-202ENSMUST00000197238 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 121.6 ms