Protein–RNA interactions for Protein: P09027

Hoxd3, Homeobox protein Hox-D3, mousemouse

Predictions only

Length 433 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Hoxd3P09027 Odc1-201ENSMUST00000171737 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Hoxd3P09027 Terf2-203ENSMUST00000116425 2471 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Hoxd3P09027 B230208H11Rik-201ENSMUST00000180529 1112 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Hoxd3P09027 Ell2-205ENSMUST00000222194 434 ntTSL 3 BASIC18.56■□□□□ 0.56
Hoxd3P09027 Pcf11-205ENSMUST00000208255 1720 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
Hoxd3P09027 Zfp131-206ENSMUST00000223813 2561 ntAPPRIS P3 BASIC18.56■□□□□ 0.56
Hoxd3P09027 Tsen34-211ENSMUST00000205287 1375 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
Hoxd3P09027 Flt3l-211ENSMUST00000211429 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Hoxd3P09027 Gm30023-201ENSMUST00000197970 889 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
Hoxd3P09027 Fank1-204ENSMUST00000209511 1392 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
Hoxd3P09027 Snx3-203ENSMUST00000105500 753 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
Hoxd3P09027 A030003K21Rik-201ENSMUST00000222600 830 ntAPPRIS P1 BASIC18.53■□□□□ 0.56
Hoxd3P09027 Ctbp1-201ENSMUST00000079746 2279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Hoxd3P09027 Eif4ebp1-201ENSMUST00000033880 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Hoxd3P09027 Tmem200b-201ENSMUST00000094666 1370 ntAPPRIS P1 BASIC18.53■□□□□ 0.56
Hoxd3P09027 Wt1-209ENSMUST00000213301 1554 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Hoxd3P09027 Bcl7b-202ENSMUST00000111187 564 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Hoxd3P09027 1700003F12Rik-202ENSMUST00000109709 704 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Hoxd3P09027 E130102H24Rik-201ENSMUST00000144604 741 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Hoxd3P09027 1700003F12Rik-201ENSMUST00000045116 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Hoxd3P09027 Rab2a-201ENSMUST00000060232 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Hoxd3P09027 Lmo2-202ENSMUST00000111140 1706 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Hoxd3P09027 Gm43445-201ENSMUST00000198564 2091 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
Hoxd3P09027 Snrpe-202ENSMUST00000164574 597 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
Hoxd3P09027 Micu3-201ENSMUST00000068999 2219 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
Hoxd3P09027 Cdkn2b-201ENSMUST00000097981 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Hoxd3P09027 Dazap1-201ENSMUST00000092305 1994 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Hoxd3P09027 Cnnm3-201ENSMUST00000001166 5193 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Hoxd3P09027 Phf23-205ENSMUST00000135814 2214 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Hoxd3P09027 Cetn4-201ENSMUST00000071400 1808 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Hoxd3P09027 E030037K01Rik-201ENSMUST00000180928 1756 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
Hoxd3P09027 Lmo4-201ENSMUST00000120539 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Hoxd3P09027 Epb41l4b-203ENSMUST00000095076 6746 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
Hoxd3P09027 4921531C22Rik-201ENSMUST00000150145 1905 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Hoxd3P09027 Otulin-201ENSMUST00000059662 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Hoxd3P09027 Ccdc122-201ENSMUST00000048208 1721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Hoxd3P09027 Gm11599-201ENSMUST00000118720 878 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
Hoxd3P09027 Rexo2-210ENSMUST00000217037 609 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
Hoxd3P09027 Dlg1-203ENSMUST00000100001 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
Hoxd3P09027 Mtor-201ENSMUST00000057580 1003 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Hoxd3P09027 Map3k10-204ENSMUST00000138243 1621 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Hoxd3P09027 Gm27021-201ENSMUST00000181333 758 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.45■□□□□ 0.54
Hoxd3P09027 Eci1-201ENSMUST00000024946 1091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Hoxd3P09027 Hmx3-201ENSMUST00000046093 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Hoxd3P09027 Rras2-201ENSMUST00000069449 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Hoxd3P09027 Arf6-201ENSMUST00000050063 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Hoxd3P09027 Mospd3-201ENSMUST00000037620 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Hoxd3P09027 Hmgn3-202ENSMUST00000162246 983 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Hoxd3P09027 Pcbd2-201ENSMUST00000021958 544 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Hoxd3P09027 C2cd4b-201ENSMUST00000171652 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Hoxd3P09027 Galnt12-201ENSMUST00000045041 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Hoxd3P09027 C130046K22Rik-201ENSMUST00000129780 727 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
Hoxd3P09027 Tada2b-202ENSMUST00000119916 1321 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
Hoxd3P09027 Cys1-203ENSMUST00000156453 1732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
Hoxd3P09027 Ildr2-205ENSMUST00000193860 2320 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Hoxd3P09027 Map2k7-207ENSMUST00000110999 1578 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Hoxd3P09027 Jag2-201ENSMUST00000075827 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Hoxd3P09027 6330420H09Rik-201ENSMUST00000211371 1316 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Hoxd3P09027 Gm13889-202ENSMUST00000148314 1240 ntAPPRIS P1 BASIC18.39■□□□□ 0.53
Hoxd3P09027 AC131739.1-201ENSMUST00000221692 1245 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
Hoxd3P09027 Nucks1-203ENSMUST00000189946 2375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Hoxd3P09027 Cnnm3-202ENSMUST00000097776 5292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Hoxd3P09027 Babam2-209ENSMUST00000201352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Hoxd3P09027 Gm9905-201ENSMUST00000065740 1845 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
Hoxd3P09027 Mpp6-202ENSMUST00000036236 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Hoxd3P09027 Fam89b-202ENSMUST00000116558 1189 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Hoxd3P09027 Sh3rf1-201ENSMUST00000034060 5479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Hoxd3P09027 Hexdc-202ENSMUST00000106117 2149 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Hoxd3P09027 6430548M08Rik-202ENSMUST00000108948 1762 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Hoxd3P09027 Particl-201ENSMUST00000205370 1560 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
Hoxd3P09027 Basp1-201ENSMUST00000058845 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Hoxd3P09027 Lmo2-203ENSMUST00000111143 1654 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Hoxd3P09027 Gm15156-201ENSMUST00000148217 417 ntTSL 3 BASIC18.35■□□□□ 0.53
Hoxd3P09027 Gm6206-201ENSMUST00000133472 2199 ntBASIC18.35■□□□□ 0.53
Hoxd3P09027 Rtn2-201ENSMUST00000032559 1990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Hoxd3P09027 Zfp787-201ENSMUST00000094870 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Hoxd3P09027 Clk2-203ENSMUST00000121931 2112 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
Hoxd3P09027 Fam89a-201ENSMUST00000055257 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Hoxd3P09027 Lrfn1-203ENSMUST00000189877 1852 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
Hoxd3P09027 Caap1-201ENSMUST00000030313 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Hoxd3P09027 Grb2-202ENSMUST00000106495 2041 ntTSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.53
Hoxd3P09027 Ccnd3-205ENSMUST00000182209 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
Hoxd3P09027 Cldnd1-201ENSMUST00000023426 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
Hoxd3P09027 Zdhhc2-202ENSMUST00000128166 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Hoxd3P09027 Gsk3a-201ENSMUST00000071739 2260 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
Hoxd3P09027 Mpp6-203ENSMUST00000166318 2222 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Hoxd3P09027 Ppp1r3e-201ENSMUST00000168622 1852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
Hoxd3P09027 Mef2a-201ENSMUST00000032776 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Hoxd3P09027 Ptpn18-206ENSMUST00000188972 414 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Hoxd3P09027 Gemin7-202ENSMUST00000117222 1023 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
Hoxd3P09027 Tmbim4-204ENSMUST00000134797 486 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Hoxd3P09027 Trappc6b-203ENSMUST00000217863 797 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
Hoxd3P09027 Eed-201ENSMUST00000107234 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Hoxd3P09027 Nr2f6-201ENSMUST00000002466 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Hoxd3P09027 Nelfe-201ENSMUST00000097343 1607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
Hoxd3P09027 Rcor3-207ENSMUST00000192866 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Hoxd3P09027 Krtap28-13-201ENSMUST00000188005 992 ntAPPRIS P1 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Hoxd3P09027 Gm28513-201ENSMUST00000191474 613 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Hoxd3P09027 Acot5-201ENSMUST00000046422 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Hoxd3P09027 Chpt1-204ENSMUST00000117579 1043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 10.7 ms